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- PDB-5fwn: Imine Reductase from Amycolatopsis orientalis. Closed form in in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fwn
タイトルImine Reductase from Amycolatopsis orientalis. Closed form in in complex with (R)- Methyltetrahydroisoquinoline
要素IMINE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMINE / AMINE / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / (1R)-1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline / Putative dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Man, H. / Aleku, G. / Turner, N.J. / Grogan, G.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2016
タイトル: Stereoselectivity and Structural Characterization of an Imine Reductase (Ired) from Amycolatopsis Orientalis
著者: Aleku, G.A. / Man, H. / France, S.P. / Leipold, F. / Hussain, S. / Toca-Gonzalez, L. / Marchington, R. / Hart, S. / Turkenburg, J.P. / Grogan, G. / Turner, N.J.
履歴
登録2016年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMINE REDUCTASE
B: IMINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2568
ポリマ－60,9812
非ポリマー1,2756
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-143.8 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.852, 65.671, 147.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 290 / Label seq-ID: 5 - 290

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 IMINE REDUCTASE


分子量: 30490.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R4SNK4, EC: 1.5.1.48
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-YLG / (1R)-1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline


分子量: 147.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.25 M LI2SO4, 0.1 M BISTRIS PH 6.5, 23% W/V PEG 3350, 1 MM NADPH AND 1 MM RAC-AMINE.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→73.78 Å / Num. obs: 29186 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A9R

5a9r


解像度: 2.14→73.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.053 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22377 1426 4.9 %RANDOM
Rwork0.17132 ---
obs0.17401 27700 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→73.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4071 0 62 213 4346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8251.9865791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5013.0019160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6495565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46424.178146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57815603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5011518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3362.7072257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3292.7062256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3454.0422814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3454.0422815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1483.111972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.113.091957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.554.532951
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.81123.0244900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.8123.0314901
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 28078 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.196 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 94 -
Rwork0.188 2037 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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