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万見
- PDB-5y8m: Mycobacterium tuberculosis 3-Hydroxyisobutyrate dehydrogenase (Mt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y8m
タイトルMycobacterium tuberculosis 3-Hydroxyisobutyrate dehydrogenase (MtHIBADH) + NAD + (R)-3-hydroxyisobutyrate (R-HIBA)
要素Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-Hydroxy acid Dehydrogenase / Enzyme substrate interactions / Mechanism of enzyme action
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity / L-valine catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-2-methylpentanedioic acid / ACRYLIC ACID / (2R)-3-HYDROXY-2-METHYLPROPANOIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Srikalaivani, R. / Singh, A. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structure, interactions and action ofMycobacterium tuberculosis3-hydroxyisobutyric acid dehydrogenase.
著者: Srikalaivani, R. / Singh, A. / Vijayan, M. / Surolia, A.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
B: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,08210
ポリマ－59,6742
非ポリマー1,4088
水9,926551
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.020, 129.020, 70.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / HIBADH


分子量: 29837.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mmsB, Rv0751c, MTV041.25c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNY5, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 559分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID


分子量: 72.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#4: 化合物 ChemComp-9ON / (2~{S})-2-methylpentanedioic acid


分子量: 146.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O4
#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-HIU / (2R)-3-HYDROXY-2-METHYLPROPANOIC ACID / 3-HYDROXYISOBUTYRATE


分子量: 104.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M MgCl2.6H2O, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% w/v polyacrylic acid sodium salt 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→111.73 Å / Num. obs: 42572 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / Num. unique obs: 42572 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→111.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.728 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 2141 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.154 40373 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→111.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4039 0 94 551 4684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9471.9715822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09339192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1555586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87724.214140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38415563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.651517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5371.8932336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5031.8912335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0942.8272924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0942.8282925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8582.2591918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8542.2581916
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1713.2542898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.51327.275278
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.51427.2765279
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 144 -
Rwork0.228 2985 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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