PDB-6sle: Structure of Reductive Aminase from Neosartorya fumigata in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sle

タイトル

Structure of Reductive Aminase from Neosartorya fumigata in complex with NADP+

要素

Oxidoreductase, putative

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Amine / Imine / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Sharma, M. / Mangas-Sanchez, J. / Turner, N.J. / Grogan, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Asymmetric synthesis of primary amines catalyzed by thermotolerant fungal reductive aminases.
著者: Mangas-Sanchez, J. / Sharma, M. / Cosgrove, S.C. / Ramsden, J.I. / Marshall, J.R. / Thorpe, T.W. / Palmer, R.B. / Grogan, G. / Turner, N.J.

履歴

登録	2019年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sle.cif.gz	393.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sle.ent.gz	314 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sle_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sle_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	6sle_validation.xml.gz	85.5 KB	表示
CIF形式データ	6sle_validation.cif.gz	108.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6sle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6sle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6skxC 6e0dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6eoh-d 6h7p-d 5g6r-d 4d3s-2 1af0-d 4b7l-2 3obb-2 6to4-2 4d3s-1 1qbz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, putative

B: Oxidoreductase, putative

C: Oxidoreductase, putative

D: Oxidoreductase, putative

E: Oxidoreductase, putative

F: Oxidoreductase, putative

G: Oxidoreductase, putative

H: Oxidoreductase, putative

ヘテロ分子

246 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase, putative

B: Oxidoreductase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Oxidoreductase, putative

H: Oxidoreductase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Oxidoreductase, putative

E: Oxidoreductase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Oxidoreductase, putative

G: Oxidoreductase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.387, 89.312, 97.932
Angle α, β, γ (deg.)	105.560, 90.000, 93.990
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	3 - 283	3 - 283
2	1	SER	SER	LYS	LYS	B	B	3 - 283	3 - 283
1	2	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 283	1 - 283
2	2	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 283	1 - 283
1	3	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 283	1 - 283
2	3	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 283	1 - 283
1	4	SER	SER	LYS	LYS	A	A	3 - 283	3 - 283
2	4	SER	SER	LYS	LYS	E	E	3 - 283	3 - 283
1	5	SER	SER	VAL	VAL	A	A	2 - 282	2 - 282
2	5	SER	SER	VAL	VAL	F	F	2 - 282	2 - 282
1	6	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 283	1 - 283
2	6	MET	MET	LYS	LYS	G	G	1 - 283	1 - 283
1	7	SER	SER	LYS	LYS	A	A	2 - 283	2 - 283
2	7	SER	SER	LYS	LYS	H	H	2 - 283	2 - 283
1	8	SER	SER	LYS	LYS	B	B	3 - 283	3 - 283
2	8	SER	SER	LYS	LYS	C	C	3 - 283	3 - 283
1	9	SER	SER	LYS	LYS	B	B	3 - 283	3 - 283
2	9	SER	SER	LYS	LYS	D	D	3 - 283	3 - 283
1	10	SER	SER	LYS	LYS	B	B	3 - 283	3 - 283
2	10	SER	SER	LYS	LYS	E	E	3 - 283	3 - 283
1	11	SER	SER	LYS	LYS	B	B	3 - 283	3 - 283
2	11	SER	SER	LYS	LYS	F	F	3 - 283	3 - 283
1	12	SER	SER	LYS	LYS	B	B	3 - 283	3 - 283
2	12	SER	SER	LYS	LYS	G	G	3 - 283	3 - 283
1	13	SER	SER	LYS	LYS	B	B	3 - 283	3 - 283
2	13	SER	SER	LYS	LYS	H	H	3 - 283	3 - 283
1	14	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 283	1 - 283
2	14	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 283	1 - 283
1	15	SER	SER	LYS	LYS	C	C	3 - 283	3 - 283
2	15	SER	SER	LYS	LYS	E	E	3 - 283	3 - 283
1	16	SER	SER	LYS	LYS	C	C	2 - 283	2 - 283
2	16	SER	SER	LYS	LYS	F	F	2 - 283	2 - 283
1	17	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 283	1 - 283
2	17	MET	MET	LYS	LYS	G	G	1 - 283	1 - 283
1	18	SER	SER	LYS	LYS	C	C	2 - 283	2 - 283
2	18	SER	SER	LYS	LYS	H	H	2 - 283	2 - 283
1	19	SER	SER	LYS	LYS	D	D	3 - 283	3 - 283
2	19	SER	SER	LYS	LYS	E	E	3 - 283	3 - 283
1	20	SER	SER	LYS	LYS	D	D	2 - 283	2 - 283
2	20	SER	SER	LYS	LYS	F	F	2 - 283	2 - 283
1	21	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 283	1 - 283
2	21	MET	MET	LYS	LYS	G	G	1 - 283	1 - 283
1	22	SER	SER	LYS	LYS	D	D	2 - 283	2 - 283
2	22	SER	SER	LYS	LYS	H	H	2 - 283	2 - 283
1	23	SER	SER	LYS	LYS	E	E	3 - 283	3 - 283
2	23	SER	SER	LYS	LYS	F	F	3 - 283	3 - 283
1	24	SER	SER	LYS	LYS	E	E	3 - 283	3 - 283
2	24	SER	SER	LYS	LYS	G	G	3 - 283	3 - 283
1	25	SER	SER	LYS	LYS	E	E	3 - 283	3 - 283
2	25	SER	SER	LYS	LYS	H	H	3 - 283	3 - 283
1	26	SER	SER	LYS	LYS	F	F	2 - 283	2 - 283
2	26	SER	SER	LYS	LYS	G	G	2 - 283	2 - 283
1	27	SER	SER	LYS	LYS	F	F	2 - 283	2 - 283
2	27	SER	SER	LYS	LYS	H	H	2 - 283	2 - 283
1	28	SER	SER	LYS	LYS	G	G	2 - 283	2 - 283
2	28	SER	SER	LYS	LYS	H	H	2 - 283	2 - 283

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Oxidoreductase, putative 分子量: 30035.359 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_5G01250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WDZ8, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 6000; 0.2 M CaCl2; 0.1M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97631 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97631 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.866
1	1	h,-k,-l	2	0.134

反射

解像度: 2.77→48.28 Å / Num. obs: 53924 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 5.2

反射シェル

解像度: 2.77→2.85 Å / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4393 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6E0D

6e0d

解像度: 2.77→48.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.884 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.814 / SU B: 16.287 / SU ML: 0.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.117
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3573	2664	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2861	-	-	-
obs	0.2896	51230	79.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.2 Å² / B_iso mean: 46.425 Å² / B_iso min: 0.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-36.06 Å²	3.91 Å²	-3.07 Å²
2-	-	58.05 Å²	19.32 Å²
3-	-	-	-21.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.77→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14698	0	384	106	15188
B_iso mean	-	-	40.02	24.92	-
残基数	-	-	-	-	2198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	15351
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13248
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.657	20988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.318	1.586	30266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.758	5	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.543	23.297	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.777	15	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.472	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	17791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3101

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6149	0.06
1	2	B	6149	0.06
2	1	A	6972	0.05
2	2	C	6972	0.05
3	1	A	7601	0.05
3	2	D	7601	0.05
4	1	A	6427	0.06
4	2	E	6427	0.06
5	1	A	7662	0.04
5	2	F	7662	0.04
6	1	A	7042	0.06
6	2	G	7042	0.06
7	1	A	7477	0.05
7	2	H	7477	0.05
8	1	B	6078	0.06
8	2	C	6078	0.06
9	1	B	6145	0.06
9	2	D	6145	0.06
10	1	B	6042	0.07
10	2	E	6042	0.07
11	1	B	6093	0.06
11	2	F	6093	0.06
12	1	B	6204	0.07
12	2	G	6204	0.07
13	1	B	6057	0.06
13	2	H	6057	0.06
14	1	C	6994	0.05
14	2	D	6994	0.05
15	1	C	6492	0.05
15	2	E	6492	0.05
16	1	C	6845	0.04
16	2	F	6845	0.04
17	1	C	6759	0.05
17	2	G	6759	0.05
18	1	C	6893	0.04
18	2	H	6893	0.04
19	1	D	6470	0.06
19	2	E	6470	0.06
20	1	D	7417	0.04
20	2	F	7417	0.04
21	1	D	6934	0.05
21	2	G	6934	0.05
22	1	D	7522	0.04
22	2	H	7522	0.04
23	1	E	6338	0.06
23	2	F	6338	0.06
24	1	E	6290	0.05
24	2	G	6290	0.05
25	1	E	6417	0.06
25	2	H	6417	0.06
26	1	F	6945	0.05
26	2	G	6945	0.05
27	1	F	7429	0.04
27	2	H	7429	0.04
28	1	G	6862	0.05
28	2	H	6862	0.05

LS精密化シェル

最高解像度: 2.77 Å / R_factor R_free error: 0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)