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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tod | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Orexin-1 receptor in complex with EMPA | ||||||
![]() | Orexin receptor type 1 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / 7TM / GPCR | ||||||
機能・相同性 | ![]() orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events ...orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. ...Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Comparison of Orexin 1 and Orexin 2 Ligand Binding Modes Using X-ray Crystallography and Computational Analysis. 著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / ...著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 288 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 232.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 10 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 10.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6to7SC ![]() 6tosC ![]() 6totC ![]() 6tp3C ![]() 6tp4C ![]() 6tp6C ![]() 6tpgC ![]() 6tpjC ![]() 6tpnC ![]() 6tq4C ![]() 6tq6C ![]() 6tq7C ![]() 6tq9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 49分子 AB

#1: タンパク質 | 分子量: 38162.879 Da / 分子数: 2 変異: E46A I85L V95A A127T R162L N194A L198A Y211A L304V C339A C375W C376W 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EMPA bound in orthosteric site / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O43613 #6: 糖 | ChemComp-SOG / |
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-非ポリマー , 7種, 226分子 












#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / #5: 化合物 | ChemComp-CIT / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3 詳細: 0.1M TRISODIUM CITRATE 50mM SODIUM CHLORIDE 50mM LITHIUM SULPHATE 15-34% PEG400 PH範囲: 3.0-6.5 / Temp details: Stable |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stable / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→30.62 Å / Num. obs: 57581 / % possible obs: 61.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.893 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique obs: 1152 / CC1/2: 0.01 / % possible all: 5.98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6TO7 解像度: 2.11→30.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.193 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.166
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→30.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.11→2.28 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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