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- PDB-6zdt: Crystal structure of eukaryotic Fibrillarin with Nop56 N-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdt
タイトルCrystal structure of eukaryotic Fibrillarin with Nop56 N-terminal domain
要素
  • Nucleolar protein 56
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / 2'-O-Methylation / Methyltransferase / Box C/D snoRNP enzyme / Ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 2'-O-methylation / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / rRNA modification / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / regulation of transcription by RNA polymerase I / box C/D methylation guide snoRNP complex / O-methyltransferase activity / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity ...rRNA 2'-O-methylation / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / rRNA modification / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / regulation of transcription by RNA polymerase I / box C/D methylation guide snoRNP complex / O-methyltransferase activity / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nucleolar protein 58/56, N-terminal / NOP5NT (NUC127) domain / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain ...Nucleolar protein 58/56, N-terminal / NOP5NT (NUC127) domain / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Nucleolar protein 56
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Hoefler, S. / Lukat, P. / Carlomagno, T. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2021
タイトル: High-resolution structure of eukaryotic Fibrillarin interacting with Nop56 amino-terminal domain.
著者: Hofler, S. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Carlomagno, T.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
B: Nucleolar protein 56


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9122
ポリマ－45,9122
非ポリマー00
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Clear assembly formation of both proteins determined via gel filtration using S200 Increase 10/300 (Cytiva). Verified also by SDS-gelelectrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.004, 118.286, 48.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-443-

HOH

21A-480-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA- ...Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1


分子量: 27460.850 Da / 分子数: 1 / 断片: Nop1short / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cysteine 314 was found to be oxidized.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NOP1, LOT3, YDL014W, D2870 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Nucleolar protein 56 / Ribosome biosynthesis protein SIK1 / Suppressor of I kappa b protein 1


分子量: 18451.061 Da / 分子数: 1 / 断片: 56NTD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NOP56, SIK1, YLR197W, L8167.9 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12460
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M LiCl, 0.1 M HEPES, 19 % PEG 400, Cryo: 10% 2,3-butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033198 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→48.83 Å / Num. obs: 44280 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 22.56 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 22.1 / Num. measured all: 582147
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.71-1.813.11.0168360163680.8960.291.0572.6100
5.4-48.8312.30.02119171155810.0060.0228099.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.6 Å48.83 Å
Translation3.6 Å48.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc4_3812精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IPX

2ipx


解像度: 1.71→48.83 Å / SU ML: 0.1569 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.456
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 2184 4.94 %
Rwork0.1628 42027 -
obs0.165 44211 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→48.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3053 0 0 367 3420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68634337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.39951232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.740.22771320.21312587X-RAY DIFFRACTION99.93
1.74-1.790.24111090.20152588X-RAY DIFFRACTION99.89
1.79-1.830.23351290.19112608X-RAY DIFFRACTION99.96
1.83-1.880.22921370.18462617X-RAY DIFFRACTION99.93
1.88-1.930.23531190.17462588X-RAY DIFFRACTION99.89
1.93-20.20251290.1732576X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.21761490.16812611X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.150.21111390.16192581X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.250.21091310.15072614X-RAY DIFFRACTION99.96
2.25-2.370.2011300.15012626X-RAY DIFFRACTION99.96
2.37-2.520.1931220.15552638X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.710.19591510.15862625X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.980.19651500.16752620X-RAY DIFFRACTION99.96
2.98-3.410.20561670.16522625X-RAY DIFFRACTION100
3.41-4.30.18681520.14442688X-RAY DIFFRACTION100
4.3-48.830.21561380.16812835X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.366666464320.6047776181621.136353364841.50160257121-0.1891569009111.400891134170.0909492760843-0.0155125918374-0.12226294332-0.1097213717910.0521248982813-0.06887894776050.2033965399550.02950192876540.01452344019960.1768936801730.02276944543410.01397964501390.186778531878-0.004895635690760.2053057279817.6584544178-15.170110208911.9827311097
20.2084952264360.00651558336047-0.3661579394520.5576680141470.4209012497950.9552012724130.0463755958155-0.2912611001630.1854489183560.283159924408-0.0696293356388-0.0648382870524-0.04658923004940.05950391839170.0001090886360180.186892614715-0.00873418753120.005346299717240.227753473274-0.004953794827730.22428005683420.82667275623.4863061536123.5291557365
30.54246588777-0.2459213546030.1006153428670.3088292505380.2707748881220.496377402467-0.078904862015-0.1030882275650.484251340388-0.190053280918-0.04992225041630.502152177258-0.324477974903-0.444514843957-0.02040727785780.3308214913280.0637904786971-0.05899368081160.2464558381810.02652407734310.3865066457116.7941786031127.79951084096.377823715
40.8640064485730.1477619511040.2619380126571.03996572242-0.6028608945530.673313493981-0.0805593135409-0.09148113478980.2075026825590.01851139008990.08322633486690.0443676618832-0.251803204274-0.103432896326-3.37839312459E-50.2604102152650.0087202357041-0.004102848680930.206544314282-0.02053248187790.22742912181411.739911006523.240573790210.9103199722
50.762465654986-0.0826257133287-0.02350115272781.34170366250.01030713663060.535554764879-0.0440683877181-0.04164831801860.11537105084-0.006566242837890.0512070528594-0.127184381755-0.01560605342130.01616126768095.71708036775E-60.144927170829-0.003614334269660.007980449332720.193273231557-0.00666017552330.16661675859320.98585362129.2499045321415.10972138
60.204536956885-0.05260743351740.3013366738390.451338594610.06581392354530.6475008386190.000804398979366-0.02341538163850.13795950453-0.2463388470990.00341718535528-0.219946159292-0.01235934525550.2133230159266.029541433E-60.22894153102-0.02014603383880.05798654446190.237152357907-0.0007075066355010.23094785534822.06883938563.185694212363.90751984074
70.0674592814991-0.092653096229-0.02780546251710.4096781209040.4220906818530.488273952852-0.3017408256240.396865015698-0.144465089141-0.5689282235620.278396651662-0.356880689408-0.06578400061290.0135618511427-0.004155965567020.319175209362-0.06627115701030.05976725904350.261956491562-0.004443129239710.25045244112921.50343022278.50063718111-2.20734155659
80.0635377518753-0.06188741640710.01118875560860.254235714080.1154466529710.0891913077104-0.4698571877560.03155164946980.000377058217817-0.7454207815440.305649326597-0.498979708814-0.01665323072530.130419530579-0.09528510184530.51283826983-0.09344101011030.1431603791170.397887680763-0.01926455186990.29248250322725.65010648216.13792803677-10.2856397523
90.46805678235-0.522601467431-0.5573500101921.070061687730.1566935305571.07159940841-0.1382843066810.203817068019-0.0292042112321-1.146407656010.00889274428578-0.2934502646340.07210167318560.201144027610.02729233788780.409836257267-0.08015356639070.02301426265990.2763544001090.02369786302950.20535145570217.762980017410.3373374261-5.98041311207
100.403135086119-0.2980647250140.1733044880510.468236421441-0.2984967175340.3727115377540.04752249906030.0482811998529-0.165327085422-0.08313787583450.006423312739410.03046351999640.1238565510440.1317568109189.89154573446E-50.2214267756430.0148910825036-0.001155323853350.177416246544-0.01825696308260.20100879314513.8371700836-19.222164876710.0355242528
110.129964137589-0.0597454996014-0.07394745255680.8447936142760.00392899707350.222378308555-0.03487900414940.399679966071-0.19792283843-0.8238268259160.167297884260.411733149060.266200273352-0.08576483436940.04437259193590.356750431436-0.01501690691830.0007628347520150.330401224503-0.05612627657770.2731129294655.79192889964-14.10025036780.638537937597
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130.752531784573-0.429905423590.08709345495190.682548551204-0.5475294475861.269765934030.07416002508070.0166717366422-0.2075754138070.2412569640730.0778386474958-0.1174748577550.339162281240.09666415094820.0002297413814440.2592269021290.00972625495392-0.01865179967270.1964495281630.002038705775260.22611600272321.9607926129-19.250335771121.0490068997
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 96 through 145 )BB96 - 145102 - 152
22chain 'B' and (resid 146 through 165 )BB146 - 165153 - 175
33chain 'A' and (resid 86 through 109 )AA86 - 1091 - 24
44chain 'A' and (resid 110 through 168 )AA110 - 16825 - 83
55chain 'A' and (resid 169 through 233 )AA169 - 23384 - 158
66chain 'A' and (resid 234 through 260 )AA234 - 260159 - 185
77chain 'A' and (resid 261 through 281 )AA261 - 281186 - 204
88chain 'A' and (resid 282 through 296 )AA282 - 296205 - 219
99chain 'A' and (resid 297 through 326 )AA297 - 326220 - 253
1010chain 'B' and (resid -1 through 26 )BB-1 - 261 - 28
1111chain 'B' and (resid 27 through 47 )BB27 - 4729 - 49
1212chain 'B' and (resid 48 through 58 )BB48 - 5850 - 60
1313chain 'B' and (resid 59 through 95 )BB59 - 9561 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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