PDB-6toc: Crystal structure of the oligomerisation domain of the transcript...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6toc

タイトル

Crystal structure of the oligomerisation domain of the transcription factor PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1 from Arabidopsis (crystal form 3).

要素

Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1

キーワード

TRANSCRIPTION / phosphate starvation / myb domain / coiled-coil domain / inositol pyrophosphate / plant nutrition

機能・相同性

機能・相同性情報

response to arsenite ion / sulfate ion homeostasis / cellular response to high light intensity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / circadian rhythm / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.853 Å

データ登録者

Hothorn, M.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Inositol pyrophosphates promote the interaction of SPX domains with the coiled-coil motif of PHR transcription factors to regulate plant phosphate homeostasis.
著者: Ried, M.K. / Wild, R. / Zhu, J. / Pipercevic, J. / Sturm, K. / Broger, L. / Harmel, R.K. / Abriata, L.A. / Hothorn, L.A. / Fiedler, D. / Hiller, S. / Hothorn, M.

履歴

登録	2019年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6toc.cif.gz	35 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6toc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6toc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6toc_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6toc_full_validation.pdf.gz	423 KB	表示
XML形式データ	6toc_validation.xml.gz	5.4 KB	表示
CIF形式データ	6toc_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6toc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6toc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6to5SC 6to9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jh6-2 6akm-1 5al6-1 3d0t-2 7e92-d 5t51-d 3m9h-1 3m9h-3 4j10-d 1lih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.3571040 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.5281/zenodo.3571040

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1

BBB: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1

18.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1

BBB: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1

AAA: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1

BBB: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
37.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.523, 31.523, 81.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1 / AtPHR1 分子量: 9372.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PHR1, At4g28610, T5F17.60 / プラスミド: pMH-HT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q94CL7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tri pH 6.5, 0.1 M NaCl, 1.5 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5053
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4947

反射

解像度: 1.85→31.523 Å / Num. obs: 6769 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 21.4

反射シェル

解像度: 1.85→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1072 / CC_1/2: 0.4 / R_rim(I) all: 2.76 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TO5

6to5

解像度: 1.853→31.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 2.66 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	334	4.936 %
R_work	0.2087	-	-
all	0.211	-	-
obs	-	6767	99.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.702 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.702 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.404 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.853→31.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	743	0	0	20	763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.649	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.23	1.576	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.575	5	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.527	24.231	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.136	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.606	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.338	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.191	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.073	3.748	350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.064	3.74	349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.084	5.599	435
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.084	5.607	436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.247	4.372	409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.244	4.37	407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.093	6.365	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.094	6.366	573
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.662	43.773	856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.667	43.832	857
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.131	0.05	1298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.853-1.901	0.339	33	0.306	433	X-RAY DIFFRACTION	98.7288
1.901-1.953	0.366	24	0.287	480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.953-2.01	0.321	19	0.266	441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.072	0.301	21	0.241	442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.072-2.139	0.357	16	0.215	436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.139-2.214	0.225	21	0.203	398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.298	0.215	23	0.185	391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.298-2.391	0.199	22	0.194	382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.497	0.208	20	0.237	368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.497-2.618	0.224	17	0.197	367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.618-2.759	0.121	13	0.221	317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.759-2.926	0.256	16	0.212	325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.926-3.127	0.268	16	0.219	292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.127-3.376	0.35	18	0.19	275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.376-3.695	0.379	11	0.173	261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.695-4.127	0.354	19	0.174	223	X-RAY DIFFRACTION	100
4.127-4.758	0.146	9	0.146	202	X-RAY DIFFRACTION	100
4.758-5.807	0.054	5	0.221	180	X-RAY DIFFRACTION	99.4624
5.807-8.131	0.279	7	0.271	139	X-RAY DIFFRACTION	100
8.131-31.5	0.589	4	0.283	81	X-RAY DIFFRACTION	98.8372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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