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- PDB-6akm: Crystal structure of SLMAP-SIKE1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6akm
タイトルCrystal structure of SLMAP-SIKE1 complex
要素
  • Sarcolemmal membrane-associated protein
  • Suppressor of IKBKE 1
キーワードPROTEIN BINDING / Coiled-coil domain / heterotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of voltage-gated sodium channel activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of sodium ion transmembrane transport / M band / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of hippo signaling / smooth endoplasmic reticulum / muscle contraction / protein localization to plasma membrane ...regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of voltage-gated sodium channel activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of sodium ion transmembrane transport / M band / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of hippo signaling / smooth endoplasmic reticulum / muscle contraction / protein localization to plasma membrane / mitochondrial membrane / sarcolemma / small GTPase binding / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein-macromolecule adaptor activity / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SIKE family / SIKE family / : / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sarcolemmal membrane-associated protein / Suppressor of IKBKE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ma, J. / Chen, M. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019
タイトル: Architecture, substructures, and dynamic assembly of STRIPAK complexes in Hippo signaling.
著者: Tang, Y. / Chen, M. / Zhou, L. / Ma, J. / Li, Y. / Zhang, H. / Shi, Z. / Xu, Q. / Zhang, X. / Gao, Z. / Zhao, Y. / Cheng, Y. / Jiao, S. / Zhou, Z.
履歴
登録2018年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of IKBKE 1
B: Sarcolemmal membrane-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6973
ポリマ－14,6052
非ポリマー921
水63135
1
A: Suppressor of IKBKE 1
B: Sarcolemmal membrane-associated protein
ヘテロ分子

A: Suppressor of IKBKE 1
B: Sarcolemmal membrane-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3956
ポリマ－29,2114
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area8500 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.763, 66.763, 61.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-222-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of IKBKE 1 / Suppressor of IKK-epsilon


分子量: 7184.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIKE1, SIKE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q9BRV8
#2: タンパク質 Sarcolemmal membrane-associated protein / Sarcolemmal-associated protein


分子量: 7421.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLMAP, KIAA1601, SLAP, UNQ1847/PRO3577 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q14BN4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5; 15% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 7336 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.821 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 713 / CC1/2: 0.948 / Rpim(I) all: 0.193 / Rrim(I) all: 0.844 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AKK

6akk


解像度: 2.3→42.08 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 734 10.06 %
Rwork0.204 --
obs0.2074 7294 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数698 0 6 35 739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8861009
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.271678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.47770.29091430.23231289X-RAY DIFFRACTION100
2.4777-2.7270.27481430.21411289X-RAY DIFFRACTION100
2.727-3.12160.27671490.2121306X-RAY DIFFRACTION100
3.1216-3.93280.20951480.18891300X-RAY DIFFRACTION100
3.9328-57.83640.2221510.20181376X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.2041.0304-0.70293.0426-1.56234.26240.4224-0.02841.0696-0.08250.29630.3516-0.3839-0.9338-0.25160.19290.0822-0.03250.57590.10140.2654-8.50014.8447.6801
28.8843-0.9176-1.64244.2021-0.61724.39570.45580.1259-0.1738-0.11230.22810.41180.6385-1.2162-0.02060.2051-0.109-0.02370.63670.09030.2855-8.4144-2.58935.1742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 163 through 208 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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