PDB-7e92: Crystal structure of the DNA-binding domain of the response regul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7.0E+92

タイトル

Crystal structure of the DNA-binding domain of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus

要素

DNA-binding response regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional regulation / DNA-binding domain / response regulator / VbrR / Vibrio parahaemolyticus

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the activation and DNA interactions of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2021年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.wavelength_id
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e92.cif.gz	92.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e92.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7e92_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e92_full_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示
XML形式データ	7e92_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	7e92_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e92	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7e90C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dar-d 1uoh-d 1lih-d 5w7i-1 5cj8-d 6akm-1 5lys-2 5t51-d 1vdf-d 6toc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding response regulator

B: DNA-binding response regulator

24.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.315, 51.758, 97.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA-binding response regulator / Response regulator / Response regulator transcription factor / Transcriptional regulator 分子量: 12162.881 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: ACS84_09205, C9I78_18460, CA163_10520, CGH73_12770, D5E78_24805, F0L89_03250, F0L99_22745, WR32_19050 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8SKF9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

DNA-binding response regulator / Response regulator / Response regulator transcription factor / Transcriptional regulator

分子量: 12162.881 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: ACS84_09205, C9I78_18460, CA163_10520, CGH73_12770, D5E78_24805, F0L89_03250, F0L99_22745, WR32_19050
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8SKF9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 400, MES, PEG 3350

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PAL/PLS	7A (6B, 6C1)	1	0.9793
シンクロトロン	PAL/PLS	11C	2	0.9794, 0.9796, 0.9717

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2019年11月2日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2019年7月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9794	1
3	0.9796	1
4	0.9717	1

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 17222 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 33.7

反射シェル

解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 838 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	844	4.93 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.1882	16280	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1518	0	0	83	1601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.728	2090
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.187	921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.9128	0.2638	128	0.2302	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-2.0605	0.2849	136	0.2124	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.2677	0.2831	133	0.1939	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.5957	0.2484	148	0.2018	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5957-3.2696	0.2498	150	0.2066	2726	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8356	-2.0365	2.7149	4.7071	-0.7655	6.4855	0.7086	0.0925	-0.7497	-1.0453	-0.1112	0.6434	0.7068	0.0792	-0.4819	0.4432	0.0412	-0.0602	0.2678	0.0193	0.3519	7.6354	-2.8763	-33.8326
2	4.2557	-0.5622	0.0832	5.9553	-3.6195	2.275	-0.0304	-0.2293	-0.3415	-0.0057	0.0895	-0.0899	-0.1437	-0.4078	0.0326	0.3781	0.0596	0.0107	0.225	-0.0247	0.2599	13.7584	-3.1934	-30.0431
3	4.64	-1.6377	0.0021	4.6863	0.4888	5.7423	-0.1209	-0.1592	-0.1901	-0.1386	0.0839	-0.0836	0.2701	-0.1035	0.019	0.2006	0.0129	0.0046	0.1172	0.0003	0.13	8.8269	4.1834	-26.6608
4	5.7746	0.927	0.67	3.9828	-5.1267	7.2838	-0.2502	-0.1884	-0.2032	-0.4086	0.1985	0.0047	0.3698	-0.7205	0.0262	0.2596	0.0046	0.0421	0.2566	-0.0209	0.1843	5.7	8.5842	-15.6854
5	8.7464	6.7306	6.4293	5.3937	5.6441	6.9321	0.1548	-0.1261	-0.554	0.4829	-0.0937	-0.4554	1.0234	0.3818	-0.0451	0.2866	0.036	0.0257	0.2337	0.005	0.2835	8.2084	6.815	-6.8648
6	4.3078	-0.9913	-2.205	6.9694	4.8907	4.067	0.1502	0.1764	-0.202	0.2983	0.0385	-0.0927	0.3519	-0.4901	-0.2219	0.165	0.0072	-0.0146	0.1854	0.0256	0.2087	3.2527	17.327	3.6873
7	2.9986	3.3364	-2.0602	4.3196	-1.3303	6.6605	-0.2094	0.1885	0.3733	-0.2718	-0.0995	0.5692	-1.0153	-0.7683	0.2528	0.3243	0.1552	-0.0456	0.3724	0.0025	0.2919	0.3298	27.6039	2.36
8	9.1418	-5.0472	0.0774	2.9126	0.2561	4.5971	0.0162	-0.0494	0.4565	0.3134	-0.0851	-0.4559	-0.3085	0.274	0.0604	0.3506	0.0251	-0.044	0.2042	0.0167	0.2804	12.0492	32.995	11.8679
9	5.8701	-2.364	-0.8628	5.5872	-0.416	2.6102	-0.1847	0.3278	0.3367	0.6212	-0.0962	-0.33	0.0954	0.3312	0.293	0.3256	0.0117	-0.0439	0.2663	0.0077	0.1923	15.1604	25.9248	13.7746
10	2.804	-0.83	0.1828	6.2578	0.0144	2.3982	-0.031	0.0122	-0.1051	0.4805	-0.0432	-0.0302	-0.315	0.1705	0.0462	0.2195	0.0078	-0.0284	0.1785	-0.0384	0.1532	11.2588	23.4085	9.2417
11	6.0261	3.8734	5.2918	2.646	3.449	4.6559	-0.2307	0.4229	0.2778	-1.0979	0.0087	-0.2189	-1.3065	0.1925	0.3897	0.4893	0.0629	-0.0131	0.2412	0.0301	0.2594	7.3062	31.493	-3.1199
12	6.156	-2.7156	0.4981	5.9313	1.2825	2.1795	0.0848	-0.1664	0.5353	-0.3424	0.047	-0.3454	-0.502	0.1005	-0.1008	0.2118	-0.0299	0.0321	0.2607	-0.0054	0.1877	10.3402	20.775	-5.6048
13	6.7465	3.8149	5.502	3.332	4.747	6.7616	0.131	0.5243	-0.112	-0.4545	0.0805	-0.8479	-0.6971	0.6845	-0.2006	0.237	-0.0476	0.029	0.2243	-0.0078	0.2486	16.5524	15.483	-9.282
14	6.9541	-3.3535	-4.8672	5.5122	3.9157	4.1899	-0.0044	0.0449	0.0697	-0.3431	-0.1354	-0.3052	-0.4527	0.3943	0.0718	0.1705	-0.0085	0.0015	0.1551	0.024	0.22	12.8091	13.89	-23.9532
15	3.6171	-4.4069	-5.7326	9.0068	6.19	9.4669	-0.0625	0.1317	-0.0408	-0.2723	-0.1675	0.5894	-0.7565	-0.4006	0.2589	0.4304	0.074	-0.0162	0.243	-0.0111	0.2268	4.5105	14.7189	-29.8761
16	4.0997	3.4528	2.5034	2.9229	2.0002	2.0511	-0.093	-0.0384	0.3838	-0.2368	0.2131	-0.2692	-0.2636	-0.3497	-0.0409	0.3379	0.0905	-0.0125	0.2924	0.0274	0.2663	1.665	11.4485	-27.6096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 126 through 137 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 138 through 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 172 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 173 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 189 through 202 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 203 through 220 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 127 through 137 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 138 through 145 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 146 through 164 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 165 through 172 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 173 through 181 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 182 through 188 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 189 through 202 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 203 through 214 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 215 through 219 )

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