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Yorodumi- PDB-7e90: Crystal structure of the receiver domain (D51E) of the response r... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7.0E+90 | ||||||
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Title | Crystal structure of the receiver domain (D51E) of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus | ||||||
Components | DNA-binding response regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / transcriptional regulation / receiver domain / response regulator / VbrR / Vibrio parahaemolyticus | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio parahaemolyticus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Cho, S.Y. / Yoon, S.I. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2021 Title: Structural analysis of the activation and DNA interactions of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus. Authors: Cho, S.Y. / Yoon, S.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e90.cif.gz | 125.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7e90.ent.gz | 80.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e90.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7e90_validation.pdf.gz | 433.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7e90_full_validation.pdf.gz | 434.5 KB | Display | |
Data in XML | 7e90_validation.xml.gz | 10.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7e90_validation.cif.gz | 12.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e90 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7e92C 2zwmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 13976.006 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: receiver domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio parahaemolyticus (bacteria) / Gene: C1S91_03975 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A2R9VV79 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 400, Tris, lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→30 Å / Num. obs: 14862 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Num. unique obs: 708 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ZWM Resolution: 2.25→30 Å / SU ML: 0.211 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.011 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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