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- PDB-6tnp: Crystal structure of the ScFv-5E5 in complex with a Tn glycopeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tnp
タイトルCrystal structure of the ScFv-5E5 in complex with a Tn glycopeptide
要素
  • Heavy chain of our ScFv-5E5
  • Light chain of our ScFv-5E5
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / ScFv / 5E5 / anti-Tn antibody / MUC1 / cancer
機能・相同性Chem-NO8
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Macias-Leon, J. / Corzana, F. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / : 2020
タイトル: Structural characterization of an unprecedented lectin-like antitumoral anti-MUC1 antibody.
著者: Macias-Leon, J. / Bermejo, I.A. / Asin, A. / Garcia-Garcia, A. / Companon, I. / Jimenez-Moreno, E. / Coelho, H. / Mangini, V. / Albuquerque, I.S. / Marcelo, F. / Asensio, J.L. / Bernardes, G. ...著者: Macias-Leon, J. / Bermejo, I.A. / Asin, A. / Garcia-Garcia, A. / Companon, I. / Jimenez-Moreno, E. / Coelho, H. / Mangini, V. / Albuquerque, I.S. / Marcelo, F. / Asensio, J.L. / Bernardes, G.J.L. / Joshi, H.J. / Fiammengo, R. / Blixt, O. / Hurtado-Guerrero, R. / Corzana, F.
履歴
登録2019年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Light chain of our ScFv-5E5
B: Heavy chain of our ScFv-5E5
C: Light chain of our ScFv-5E5
D: Heavy chain of our ScFv-5E5
E: Light chain of our ScFv-5E5
F: Heavy chain of our ScFv-5E5
G: Light chain of our ScFv-5E5
H: Heavy chain of our ScFv-5E5
I: Heavy chain of our ScFv-5E5
J: Light chain of our ScFv-5E5
K: Heavy chain of our ScFv-5E5
L: Light chain of our ScFv-5E5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,14117
ポリマ-152,13112
非ポリマー4,0095
1629
1
A: Light chain of our ScFv-5E5
B: Heavy chain of our ScFv-5E5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1573
ポリマ-25,3552
非ポリマー8021
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
2
C: Light chain of our ScFv-5E5
D: Heavy chain of our ScFv-5E5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1573
ポリマ-25,3552
非ポリマー8021
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
3
E: Light chain of our ScFv-5E5
F: Heavy chain of our ScFv-5E5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1573
ポリマ-25,3552
非ポリマー8021
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
4
G: Light chain of our ScFv-5E5
I: Heavy chain of our ScFv-5E5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1573
ポリマ-25,3552
非ポリマー8021
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
5
H: Heavy chain of our ScFv-5E5
L: Light chain of our ScFv-5E5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1573
ポリマ-25,3552
非ポリマー8021
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
6
J: Light chain of our ScFv-5E5
K: Heavy chain of our ScFv-5E5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3552
ポリマ-25,3552
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.573, 113.195, 151.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14A
24J
15A
25L
16B
26D
17B
27F
18B
28H
19B
29I
110B
210K
111C
211E
112C
212G
113C
213J
114C
214L
115D
215F
116D
216H
117D
217I
118D
218K
119E
219G
120E
220J
121E
221L
122F
222H
123F
223I
124F
224K
125G
225J
126G
226L
127H
227I
128H
228K
129I
229K
130J
230L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULYSLYSAA2 - 1132 - 113
21LEULEULYSLYSCC2 - 1132 - 113
12LEULEULYSLYSAA2 - 1132 - 113
22LEULEULYSLYSEE2 - 1132 - 113
13LEULEULYSLYSAA2 - 1132 - 113
23LEULEULYSLYSGG2 - 1132 - 113
14LEULEULYSLYSAA2 - 1132 - 113
24LEULEULYSLYSJJ2 - 1132 - 113
15LEULEULYSLYSAA2 - 1132 - 113
25LEULEULYSLYSLL2 - 1132 - 113
16GLNGLNSERSERBB1 - 1151 - 115
26GLNGLNSERSERDD1 - 1151 - 115
17GLNGLNSERSERBB1 - 1151 - 115
27GLNGLNSERSERFF1 - 1151 - 115
18GLNGLNSERSERBB1 - 1151 - 115
28GLNGLNSERSERHH1 - 1151 - 115
19GLNGLNSERSERBB1 - 1151 - 115
29GLNGLNSERSERII1 - 1151 - 115
110GLNGLNSERSERBB1 - 1151 - 115
210GLNGLNSERSERKK1 - 1151 - 115
111LEULEULYSLYSCC2 - 1132 - 113
211LEULEULYSLYSEE2 - 1132 - 113
112LEULEULYSLYSCC2 - 1132 - 113
212LEULEULYSLYSGG2 - 1132 - 113
113LEULEULYSLYSCC2 - 1132 - 113
213LEULEULYSLYSJJ2 - 1132 - 113
114LEULEULYSLYSCC2 - 1132 - 113
214LEULEULYSLYSLL2 - 1132 - 113
115GLNGLNSERSERDD1 - 1151 - 115
215GLNGLNSERSERFF1 - 1151 - 115
116GLNGLNSERSERDD1 - 1151 - 115
216GLNGLNSERSERHH1 - 1151 - 115
117GLNGLNSERSERDD1 - 1151 - 115
217GLNGLNSERSERII1 - 1151 - 115
118GLNGLNSERSERDD1 - 1151 - 115
218GLNGLNSERSERKK1 - 1151 - 115
119LEULEULYSLYSEE2 - 1132 - 113
219LEULEULYSLYSGG2 - 1132 - 113
120LEULEULYSLYSEE2 - 1132 - 113
220LEULEULYSLYSJJ2 - 1132 - 113
121LEULEULYSLYSEE2 - 1132 - 113
221LEULEULYSLYSLL2 - 1132 - 113
122GLNGLNSERSERFF1 - 1151 - 115
222GLNGLNSERSERHH1 - 1151 - 115
123GLNGLNSERSERFF1 - 1151 - 115
223GLNGLNSERSERII1 - 1151 - 115
124GLNGLNSERSERFF1 - 1151 - 115
224GLNGLNSERSERKK1 - 1151 - 115
125LEULEULYSLYSGG2 - 1132 - 113
225LEULEULYSLYSJJ2 - 1132 - 113
126LEULEULYSLYSGG2 - 1132 - 113
226LEULEULYSLYSLL2 - 1132 - 113
127GLNGLNSERSERHH1 - 1151 - 115
227GLNGLNSERSERII1 - 1151 - 115
128GLNGLNSERSERHH1 - 1151 - 115
228GLNGLNSERSERKK1 - 1151 - 115
129GLNGLNSERSERII1 - 1151 - 115
229GLNGLNSERSERKK1 - 1151 - 115
130LEULEULYSLYSJJ2 - 1132 - 113
230LEULEULYSLYSLL2 - 1132 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30

-
要素

#1: 抗体
Light chain of our ScFv-5E5


分子量: 12409.874 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
Heavy chain of our ScFv-5E5


分子量: 12945.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-NO8 / (2~{S})-~{N}-[2-[[(2~{S})-1-[[(2~{S},3~{R})-3-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-[[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-aminocarbonylpyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-1-[(2~{S})-2-azanylpropanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 801.842 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C33H55N9O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium chloride HEPES Glycerol ethoxylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 30356 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4370 / CC1/2: 0.503 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YD5
解像度: 3→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 50.594 / SU ML: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25097 1243 4.1 %RANDOM
Rwork0.20281 ---
obs0.20479 29041 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.62 Å20 Å20 Å2
2--7.86 Å20 Å2
3----3.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10450 0 198 9 10657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01310906
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0189688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7911.66914803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3381.6122683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.51651326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5224.619459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.32151798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.3191518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5855.6425355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5845.6425354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8168.4546664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8168.4546665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5825.9325551
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5825.9335552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8718.7578140
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.86462.5511153
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.86462.55611154
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A33930.04
12C33930.04
21A33830.05
22E33830.05
31A33070.11
32G33070.11
41A33800.06
42J33800.06
51A33460.07
52L33460.07
61B34520.1
62D34520.1
71B34950.09
72F34950.09
81B34560.11
82H34560.11
91B33210.09
92I33210.09
101B29910.07
102K29910.07
111C34070.04
112E34070.04
121C33030.11
122G33030.11
131C34020.06
132J34020.06
141C33610.07
142L33610.07
151D34620.1
152F34620.1
161D34850.1
162H34850.1
171D32410.1
172I32410.1
181D29490.09
182K29490.09
191E32950.1
192G32950.1
201E34050.05
202J34050.05
211E33720.07
212L33720.07
221F34700.1
222H34700.1
231F33060.09
232I33060.09
241F29560.08
242K29560.08
251G33180.1
252J33180.1
261G32950.1
262L32950.1
271H32550.1
272I32550.1
281H29380.09
282K29380.09
291I29680.08
292K29680.08
301J33590.08
302L33590.08
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 87 -
Rwork0.325 2118 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57870.14970.91750.60780.89372.0656-0.0431-0.07540.0211-0.04190.1327-0.18660.0924-0.2201-0.08960.4746-0.01950.02080.455-0.03770.418313.8814-15.365520.586
22.80560.2720.0480.065-0.09562.1115-0.2055-0.20690.163-0.1101-0.0286-0.02960.1401-0.49930.23410.2558-0.0010.0180.8124-0.00280.3008-7.0307-12.532726.3133
32.7049-0.6708-0.27380.3087-0.25930.8649-0.0667-0.07120.1344-0.07480.1216-0.0290.1711-0.066-0.05490.41770.0317-0.00710.4809-0.14350.464237.068-18.028828.4858
41.1596-1.03540.0041.4283-0.25992.39330.0065-0.43280.0147-0.186-0.01780.2853-0.27070.78960.01140.2841-0.07760.00740.7315-0.27570.384952.988-9.293540.493
51.00230.60990.80910.43740.7894.3028-0.1540.223-0.1748-0.02590.12930.0052-0.1190.55840.02470.38130.0288-0.02260.4897-0.00590.513444.3846-10.5234-18.3024
61.59820.28580.24030.8238-0.36393.63310.0212-0.24450.23450.1593-0.09470.0541-0.27790.38770.07350.4501-0.1489-0.18340.4125-0.05350.411142.89125.2301-2.9831
70.5943-0.578-0.59491.893-0.42162.3047-0.16810.29250.3347-0.11590.6263-0.45560.5511-0.9069-0.45830.5269-0.4097-0.0110.8190.02450.278653.072834.707113.0156
80.54160.4648-0.33581.8257-0.14063.2275-0.01340.2955-0.05820.29740.0509-0.26660.1002-0.3145-0.03750.4652-0.0358-0.08290.379-0.06750.41215.934-23.9773-13.7689
92.2132.42170.00513.3489-1.38123.0946-0.18690.0539-0.1205-0.52720.1114-0.31241.0162-0.03020.07550.8175-0.0420.03170.1946-0.14480.474962.748419.687425.8644
101.52141.6662-0.88242.4308-0.05153.04630.1557-0.2496-0.1241-0.4194-0.5876-0.1356-0.7746-0.79040.43190.8130.3719-0.01560.5028-0.14320.23785.106116.192231.9799
114.6673-0.92560.36720.4483-0.15823.1760.4676-0.1268-0.0089-0.42910.2155-0.3049-0.9342-0.161-0.68311.0215-0.22510.63520.1365-0.19050.557523.267813.392418.5561
121.55150.08510.65171.9876-1.00580.9017-0.1747-0.04650.24580.18290.0818-0.1494-0.058-0.18230.09290.54770.0936-0.09360.5061-0.05680.370312.3749-3.2677-6.6983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 201
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 201
10X-RAY DIFFRACTION10J2 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 115
12X-RAY DIFFRACTION12L2 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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