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万見
- PDB-6tm3: Structure of methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tm3
タイトルStructure of methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase from Methylorubrum extorquens AM1 in a close conformation containing NADP+ and methylene-H4MPT
要素Bifunctional protein MdtA
キーワードOXIDOREDUCTASE / One-carbon metabolism / Enzyme catalysis / Dehydrogenase / Conformational changes / Methylotrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / formaldehyde catabolic process / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal domain / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal / Methylene tetrahydromethanopterin dehydrogenase, NADP-binding domain / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal domain superfamily / Methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase, N-terminal / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Bifunctional protein MdtA
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Wagner, T. / Huang, G. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 ドイツ, 中国, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)Iron sulfur for life SH87/1-1 ドイツ
Ministry of Education (MoE, China)China Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: The Hydride Transfer Process in NADP-dependent Methylene-tetrahydromethanopterin Dehydrogenase.
著者: Huang, G. / Wagner, T. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein MdtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,02020
ポリマ－31,5131
非ポリマー2,50719
水9,026501
1
A: Bifunctional protein MdtA
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein MdtA
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein MdtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,05960
ポリマ－94,5383
非ポリマー7,52157
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area20300 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area30250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.754, 125.754, 125.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-696-

HOH

21A-795-

HOH

31A-823-

HOH

41A-871-

HOH

51A-891-

HOH

61A-927-

HOH

71A-962-

HOH

81A-978-

HOH

91A-979-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bifunctional protein MdtA


分子量: 31512.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
遺伝子: mtdA, MexAM1_META1p1728 / プラスミド: pET-24b(+)
詳細 (発現宿主): The synthesized DNA fragment was inserted into the expression vector pET-24b (+) at the NdeI and SalI restriction-enzyme digestion-sites.
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P55818, 酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 6種, 520分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-H4M / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN


分子量: 788.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H45N6O16P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: The crystallized sample was 25 mg/ml MtdA supplemented with 2.5 mM methenyl-H4MPT, 2 mM NADPH in 25 mM Tris/HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol and 2 mM dithiothreitol. 0.7 ul protein sample ...詳細: The crystallized sample was 25 mg/ml MtdA supplemented with 2.5 mM methenyl-H4MPT, 2 mM NADPH in 25 mM Tris/HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol and 2 mM dithiothreitol. 0.7 ul protein sample was mixed with 0.7 ul of the reservoir solution containing 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 100 mM Tris pH 8.0 and 200 mM lithium sulfate.
PH範囲: / / Temp details: /

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→88.922 Å / Num. all: 143688 / Num. obs: 143688 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10 % / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.049 / Net I/av σ(I): 10.3 / Net I/σ(I): 25.1 / Num. measured all: 1439110
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.08-1.144.71.4030.695042202230.7051.5781.4031.197.6
1.14-1.219.90.8680.9194538196970.2890.9150.8682.9100
1.21-1.2910.70.5651.4198949185430.180.5930.5655100
1.29-1.3911.70.3582.2202723173040.1090.3740.3588.2100
1.39-1.5311.40.1864.2181856159610.0580.1950.18614.8100
1.53-1.7111.90.0968.2172492145100.0290.10.09627.2100
1.71-1.9711.20.04915.3143991128630.0150.0520.04945.5100
1.97-2.4110.90.0323.5119084109720.0090.0310.0371.1100
2.41-3.429.80.02325.98432686140.0070.0240.02388.9100
3.42-41.9189.20.02294610950010.0070.0210.02105.199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LU9

1lu9


解像度: 1.08→41.918 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 13.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.127 7168 5 %
Rwork0.1128 136110 -
obs0.1135 143278 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.59 Å2 / Biso mean: 18.0707 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.08→41.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 144 501 2743
Biso mean--23.52 32.59 -
残基数----289
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.08-1.09230.42742230.392394888
1.0923-1.10510.33592440.3359426295
1.1051-1.11860.33912200.3035446299
1.1186-1.13280.29322430.27244539100
1.1328-1.14770.26252490.25354440100
1.1477-1.16340.23812650.22884483100
1.1634-1.180.22482160.20114517100
1.18-1.19760.20622340.18774531100
1.1976-1.21630.18472310.17444542100
1.2163-1.23630.17552350.16034484100
1.2363-1.25760.16962540.14824517100
1.2576-1.28050.1542350.14054519100
1.2805-1.30510.15442490.12374500100
1.3051-1.33170.12552110.11524546100
1.3317-1.36070.12682390.10734534100
1.3607-1.39240.13092200.10444554100
1.3924-1.42720.12862410.09534557100
1.4272-1.46580.11232350.08814558100
1.4658-1.50890.10282240.08154553100
1.5089-1.55760.09422340.07354545100
1.5576-1.61330.09852250.07254576100
1.6133-1.67790.08572410.07434592100
1.6779-1.75420.08612300.07634572100
1.7542-1.84670.09932620.07944578100
1.8467-1.96240.09512660.0844561100
1.9624-2.1140.1112190.08824648100
2.114-2.32670.09512140.08814666100
2.3267-2.66330.10642780.09574630100
2.6633-3.35530.1132600.10854735100
3.3553-41.9180.13812710.12634961100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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