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Yorodumi- PDB-3sds: Crystal structure of a mitochondrial ornithine carbamoyltransfera... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sds | ||||||
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Title | Crystal structure of a mitochondrial ornithine carbamoyltransferase from Coccidioides immitis | ||||||
Components | Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Valley Fever / Coccidioidomycosis / OTCase / mitochondrial / pathogenic fungus / dust-borne pathogen / Carbamoyl phosphate / L-ornithine / L-citrulline / amino acid biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process / amino acid binding / mitochondrial matrix Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Coccidioides immitis (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2011 Title: Expression of proteins in Escherichia coli as fusions with maltose-binding protein to rescue non-expressed targets in a high-throughput protein-expression and purification pipeline. Authors: Hewitt, S.N. / Choi, R. / Kelley, A. / Crowther, G.J. / Napuli, A.J. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sds.cif.gz | 355.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sds.ent.gz | 291.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sds.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sds_validation.pdf.gz | 447.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3sds_full_validation.pdf.gz | 450.2 KB | Display | |
Data in XML | 3sds_validation.xml.gz | 32.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3sds_validation.cif.gz | 44.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sds | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 38346.719 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Coccidioides immitis (fungus) / Strain: RS / Gene: CIMG_04084 / Plasmid: pAVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0CL21, ornithine carbamoyltransferase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: CoimA.01230.a.MB1 PW30353 at 24.3 mg/mL against JCSG+ screen condition B2, 0.2 M PEG 3350, 0.2 M NaSCN with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 218420b2, pH 7. ...Details: CoimA.01230.a.MB1 PW30353 at 24.3 mg/mL against JCSG+ screen condition B2, 0.2 M PEG 3350, 0.2 M NaSCN with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 218420b2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 9, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. all: 29879 / Num. obs: 29749 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 59.269 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 52.79 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.1972 / WRfactor Rwork: 0.1628 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8374 / SU B: 29.288 / SU ML: 0.26 / SU R Cruickshank DPI: 3.5844 / SU Rfree: 0.3399 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.34 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.13 Å2 / Biso mean: 55.2221 Å2 / Biso min: 11.05 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 2252 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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