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万見
- PDB-3lxm: 2.00 Angstrom resolution crystal structure of a catalytic subunit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lxm
タイトル2.00 Angstrom resolution crystal structure of a catalytic subunit of an aspartate carbamoyltransferase (pyrB) from Yersinia pestis CO92
要素Aspartate carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Subunit / Yersinia pestis CO92 / Infectious Diseases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.00 Angstrom resolution crystal structure of a catalytic subunit of an aspartate carbamoyltransferase (pyrB) from Yersinia pestis CO92
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase
C: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2214
ポリマ－112,0273
非ポリマー1941
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.620, 120.409, 126.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 37342.254 Da / 分子数: 3 / 断片: aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: pyrB, y0161, YPO3588, YP_3842 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus / 参照: UniProt: Q8ZB39, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 7.4 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME; The JCSG+ condition #2 (0.1 M tri-sodium citrate, 20% (w/v) PEG 3000), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 70940 / Num. obs: 70940 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.28
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / Num. unique all: 3480 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EKX

1ekx


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.948 / SU ML: 0.101 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21694 3574 5 %RANDOM
Rwork0.17943 ---
obs0.18134 67286 99.69 %-
all-67286 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6731 0 13 452 7196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6741.9669336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.924311150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7915857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22524.34318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.484151169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6271541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0121.54284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3211.51718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68726926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58532592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.894.52410
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 240 -
Rwork0.237 4840 -
obs-4840 98.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.56670.0335-1.07541.9203-0.12023.6646-0.02460.07290.17760.0180.0406-0.1329-0.18040.0509-0.01590.059-0.0071-0.0260.0335-0.03050.118146.2926106.096616.0524
23.1887-1.4824-1.78012.0731.67712.22720.02210.3856-0.182-0.0078-0.21950.1955-0.0898-0.28760.19740.02680.0011-0.03470.1149-0.02290.085739.410398.7846.8594
35.0642-2.25670.69285.16381.08436.15280.00960.4387-0.677-0.0498-0.14060.63760.5718-0.66750.1310.0627-0.06910.00510.2904-0.16150.217746.939983.8449-4.0194
42.8055-3.06-1.72945.16523.65964.4728-0.2679-0.0481-0.06240.58240.2713-0.21270.40950.2403-0.00350.08070.0119-0.03780.1012-0.04470.077152.584191.324910.864
54.6581-2.17810.0285.1124-0.86083.2635-0.1395-0.2596-0.01650.52320.0320.2075-0.0767-0.09130.10750.2287-0.00360.01770.1253-0.0530.115733.7484110.052842.5345
63.3478-3.25611.97465.6903-2.95152.6043-0.1895-0.4934-0.35840.43340.2990.52010.0723-0.2127-0.10950.32410.02840.12080.1701-0.03690.168923.4776112.247243.6533
73.82711.59260.55175.62491.07866.3141-0.0492-0.2352-0.50080.5556-0.24860.84610.4343-0.99650.29780.268-0.03290.19490.2625-0.12730.44626.7109118.841237.7999
84.1669-2.14952.3163.3968-0.95384.79940.03350.2986-0.08370.0936-0.19250.2681-0.058-0.0760.1590.15230.00530.06980.0764-0.08710.170320.434118.547828.0711
91.4905-0.19210.05812.66570.17284.1029-0.0647-0.2475-0.1950.2759-0.0652-0.20460.12130.10.12990.1474-0.0134-0.03190.10630.0410.137252.66689.758336.3538
101.9565-0.20660.99865.2719-0.90425.4117-0.1559-0.2175-0.18830.0350.16670.37920.1197-0.1972-0.01080.350.0257-0.07870.35460.16790.243253.473380.537955.1424
111.4860.43020.68747.41752.67223.7561-0.2602-0.5204-0.19970.76870.1460.990.1892-0.53130.11420.51760.07050.01650.55240.23780.384248.298676.149262.668
124.0082-0.478-6.24137.2064-3.386613.2554-0.5524-0.3722-0.31891.3740.32240.484-0.642-0.23550.230.7270.3368-0.02350.52350.16490.205147.891892.180953.627
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3A198 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4A257 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6B107 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7B157 - 248
8X-RAY DIFFRACTION8B249 - 309
9X-RAY DIFFRACTION9C3 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10C133 - 183
11X-RAY DIFFRACTION11C184 - 272
12X-RAY DIFFRACTION12C273 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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