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Yorodumi- PDB-6tge: NADP dependent methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase-NA... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6tge | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | NADP dependent methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase-NADP+-methenyl-H4MPT+ complex | ||||||
Components | Bifunctional NADP-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / tetrahydromethanotperin / NADP / methyotrophic bacteria / energy metabolism | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationOxidoreductases; Acting on the CH-NH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / formaldehyde catabolic process / one-carbon metabolic process / oxidoreductase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Methylorubrum extorquens (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020Title: The Hydride Transfer Process in NADP-dependent Methylene-tetrahydromethanopterin Dehydrogenase. Authors: Huang, G. / Wagner, T. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6tge.cif.gz | 2.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6tge.ent.gz | 2.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6tge.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6tge_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6tge_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
| Data in XML | 6tge_validation.xml.gz | 340.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6tge_validation.cif.gz | 483.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tge | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6tlkC ![]() 6tm3C ![]() 6yk9C ![]() 6ykaC ![]() 6ykbC ![]() 1lu9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 29771.807 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methylorubrum extorquens (bacteria) / Gene: mtdA, BV511_24355, TK0001_4179Production host: ![]() References: UniProt: A0A1P8QVR4, UniProt: P55818*PLUS, Oxidoreductases; Acting on the CH-NH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor #2: Chemical | ChemComp-NAP / #3: Chemical | ChemComp-H4M / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.09 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: 22% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2010 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 1110526 / % possible obs: 95.5 % / Redundancy: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.5→1.6 Å / Num. unique obs: 191566 / CC1/2: 0.574 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1LU9 Resolution: 1.5→48.761 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / Phase error: 30.29 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 115.18 Å2 / Biso mean: 31.2138 Å2 / Biso min: 12.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→48.761 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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