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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tj2 | |||||||||
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タイトル | Extracellular alpha/beta-hydrolase from Paenibacillus species shares structural and functional homology to Tobacco Salicylic Acid Binding Protein 2 | |||||||||
要素 | Alpha/beta hydrolase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta-hydrolase / methyl salicylate esterase / Paenibacillus / rhizosphere / SABP2 / salicylic acid | |||||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Paenibacillus sp. VTT E-133280 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Fulop, V. / Wilkinson, R.C. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: Extracellular alpha/beta-hydrolase from Paenibacillus species shares structural and functional homology to tobacco salicylic acid binding protein 2. 著者: Wilkinson, R.C. / Rahman Pour, R. / Jamshidi, S. / Fulop, V. / Bugg, T.D.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tj2.cif.gz | 167.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tj2.ent.gz | 130.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tj2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tj2_validation.pdf.gz | 430.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tj2_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tj2_validation.xml.gz | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tj2_validation.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tj2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3dqzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31771.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. VTT E-133280 (バクテリア) 遺伝子: CA600_10415 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A264DUQ2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.3 % / 解説: Rod |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium fluoride, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月10日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→57 Å / Num. obs: 159905 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.39 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 22076 / CC1/2: 0.737 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.807 / Rsym value: 0.739 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DQZ 解像度: 1.32→56.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.824 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.83 Å2 / Biso mean: 15.128 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.32→56.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.32→1.354 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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