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万見
- PDB-3t4u: L29I Mutation in an Aryl Esterase from Pseudomonas fluorescens Le... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t4u
タイトルL29I Mutation in an Aryl Esterase from Pseudomonas fluorescens Leads to Unique Peptide Flip and Increased Activity
要素Arylesterase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HYDRLOASE
機能・相同性
機能・相同性情報


arylesterase / 酸化還元酵素 / arylesterase activity / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Kazlauskas, R.J. / Yin, T. / Purpero, V.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: L29I Mutation in an Aryl Esterase from Pseudomonas fluorescens Leads to Unique Peptide Flip and Increased Activity
著者: Yin, T. / Kazlauskas, R.J. / Purpero, V.M.
履歴
登録2011年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
D: Arylesterase
E: Arylesterase
F: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,29750
ポリマ－179,9646
非ポリマー3,33344
水22,9331273
1
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,59025
ポリマ－89,9823
非ポリマー1,60822
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area28050 Å2
手法PISA
2
D: Arylesterase
E: Arylesterase
F: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,70725
ポリマ－89,9823
非ポリマー1,72522
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.883, 145.883, 128.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細There are two trimers of the enzyme in one asymmetric unit. One trimer is the biological assembly.

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Arylesterase / Aryl-ester hydrolase / PFE / bromoperoxidase


分子量: 29993.955 Da / 分子数: 6 / 変異: L29I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: pL29I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Dh5alpha / 参照: UniProt: P22862, arylesterase, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 5種, 1317分子

#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1% PEG 400, 1.65M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 200730 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.01 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 2.77 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 19582 / % possible all: 97.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.12 Å48.23 Å
Translation2.12 Å48.23 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.3Lデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VA4

1va4


解像度: 2.02→48.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2377 / WRfactor Rwork: 0.2063 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8409 / SU B: 2.972 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1333 / SU Rfree: 0.1273 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 3 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 9963 5 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1939 198019 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.94 Å2 / Biso mean: 21.1125 Å2 / Biso min: 4.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.05 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12720 0 195 1273 14188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02213637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.95718551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.53851730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.96124.171645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.553152196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8241574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.22004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7161.58266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.234213327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05635371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1894.55178
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 733 -
Rwork0.225 13787 -
all-14520 -
obs-14660 97.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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