PDB-6tfb: Carbamazepine binds Frizzled8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tfb

タイトル

Carbamazepine binds Frizzled8

要素

Frizzled-8

キーワード

ONCOPROTEIN / Wnt receptor Frizzled8 carbamazepine

機能・相同性

機能・相同性情報

Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Regulation of FZD by ubiquitination / Asymmetric localization of PCP proteins / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / neuronal dense core vesicle / canonical Wnt signaling pathway / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Jones, E.Y.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Antiepileptic Drug Carbamazepine Binds to a Novel Pocket on the Wnt Receptor Frizzled-8.
著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Hillier, J. / Lu, W. / Jones, E.Y.

履歴

登録	2019年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tfb.cif.gz	115 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tfb.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tfmC 1ijyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bv4-2 1lju-d 7dhf-3 7dhf-4 5naj-3 1rlj-d 2m6r-d 3car-d 6tfm-4 3cao-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Frizzled-8

B: Frizzled-8

ヘテロ分子

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Frizzled-8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Frizzled-8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.002, 68.143, 73.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Frizzled-8 / mFz8 分子量: 15815.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fzd8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61091
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-N6W / benzo[b][1]benzazepine-11-carboxamide / カルバマゼピン分子量: 236.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→52 Å / Num. obs: 30318 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique obs: 1412 / CC_1/2: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IJY

1ijy

解像度: 1.68→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2654	-	-
R_work	0.2005	-	-
obs	-	45445	99.2 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.46 Å² / B_iso mean: 28 Å² / B_iso min: 2.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	54	76	2179

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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