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- PDB-6tfm: Frizzled8 CRD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tfm
タイトルFrizzled8 CRD
要素Frizzled-8
キーワードONCOPROTEIN / Wnt receptor Frizzled8 CRD
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Regulation of FZD by ubiquitination / Asymmetric localization of PCP proteins / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / neuronal dense core vesicle / canonical Wnt signaling pathway / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Regulation of FZD by ubiquitination / Asymmetric localization of PCP proteins / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / neuronal dense core vesicle / canonical Wnt signaling pathway / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / T cell differentiation in thymus / angiogenesis / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled 8, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled 8, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.343 Å
データ登録者Zhao, Y. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M000141/1 英国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Antiepileptic Drug Carbamazepine Binds to a Novel Pocket on the Wnt Receptor Frizzled-8.
著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Hillier, J. / Lu, W. / Jones, E.Y.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-8
D: Frizzled-8
B: Frizzled-8
C: Frizzled-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2604
ポリマ－63,2604
非ポリマー00
水88349
1
A: Frizzled-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8151
ポリマ－15,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Frizzled-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8151
ポリマ－15,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Frizzled-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8151
ポリマ－15,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Frizzled-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8151
ポリマ－15,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.296, 66.039, 72.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 34 through 153 or resid 156 through 162))
21(chain B and (resid 34 through 153 or resid 156 through 162))
31(chain C and resid 34 through 162)
41chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAARGARG(chain A and (resid 34 through 153 or resid 156 through 162))AA34 - 15310 - 129
12LEULEUGLYGLY(chain A and (resid 34 through 153 or resid 156 through 162))AA156 - 162132 - 138
21ALAALAARGARG(chain B and (resid 34 through 153 or resid 156 through 162))BC34 - 15310 - 129
22LEULEUGLYGLY(chain B and (resid 34 through 153 or resid 156 through 162))BC156 - 162132 - 138
31ALAALAGLYGLY(chain C and resid 34 through 162)CD34 - 16210 - 138
41ALAALAGLYGLYchain DDB34 - 16210 - 138

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要素

#1: タンパク質
Frizzled-8 / mFz8


分子量: 15815.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fzd8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61091
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→72.7 Å / Num. obs: 20741 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1024 / CC1/2: 0.89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3488精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IJY

1ijy


解像度: 2.343→72.666 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3004 1012 5.15 %
Rwork0.2432 --
obs0.246 19646 93.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.67 Å2 / Biso mean: 20.6271 Å2 / Biso min: 3.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.343→72.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 0 0 49 4199
Biso mean---12.94 -
残基数----513
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2532X-RAY DIFFRACTION15.108TORSIONAL
12B2532X-RAY DIFFRACTION15.108TORSIONAL
13C2532X-RAY DIFFRACTION15.108TORSIONAL
14D2532X-RAY DIFFRACTION15.108TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.343-2.46650.31651470.2842222780
2.4665-2.62110.36941280.2667243286
2.6211-2.82350.33851300.2698262593
2.8235-3.10760.31271700.2613279799
3.1076-3.55730.27981520.2452280999
3.5573-4.48170.25491470.2181284099
4.4817-72.660.30031380.2149290499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0044-0.0327-0.00490.25080.0360.00530.0601-0.0960.01870.04880.0569-0.0591-0.00390.03850.01180.1591-0.10360.04410.3433-0.05640.165914.625-30.370257.1908
20.6131-0.21660.14760.0882-0.03460.1431-0.1774-0.12820.21650.08420.0505-0.0375-0.1558-0.0307-0.09280.16530.04310.02030.05370.00570.160410.5419-26.968546.7541
30.0273-0.02610.00160.04710.01570.01440.00550.00570.0307-0.01160.00580.0108-0.016-0.0168-0.01030.09240.0930.04680.03950.09490.086114.9368-27.496742.9079
40.3980.09280.11790.02150.02940.035-0.0031-0.1434-0.09480.04270.0065-0.01250.07130.0490.02330.16950.0664-0.08370.090.03030.036224.9286-28.46752.1586
50.0604-0.06580.00460.1258-0.06870.0666-0.0159-0.00180.0376-0.0050.0151-0.006-0.0231-0.0050.0863-0.1069-0.0378-0.2021-0.07470.0746-0.039915.4709-20.863333.3761
60.1039-0.00590.02650.0033-0.00120.007-0.00130.02690.00680.0342-0.0139-0.05470.00020.1035-0.07950.14560.0285-0.14780.26410.04020.174232.4031-24.951641.4926
70.03130.02010.01710.1117-0.04340.03870.08480.005-0.094-0.1102-0.00630.05350.1628-0.01540.11040.2818-0.0056-0.08880.11510.05280.147524.7178-36.423641.5926
80.14880.1432-0.00410.1394-0.0032-0.0002-0.0045-0.04680.08050.0035-0.01370.073-0.02160.0167-0.05180.1113-0.0969-0.00050.1567-0.01450.081265.26620.351623.4481
90.12210.05120.11240.02250.03330.2574-0.02860.00350.08770.0222-0.0131-0.0237-0.07550.04010.01650.0455-0.0485-0.0080.1025-0.05240.190260.9649-2.712727.0642
100.0271-0.0506-0.00180.09530.00310.0001-0.0076-0.0091-0.056-0.0853-0.00430.06680.0639-0.009-0.02840.1305-0.03470.02840.05630.01490.147764.8538-13.93224.1077
110.08-0.00260.03980.05730.02820.0358-0.0060.064-0.0123-0.06020.0807-0.0341-0.05120.03420.20640.1087-0.10210.04870.07180.00090.068973.5178-7.09715.183
120.0766-0.01660.01290.02430.01310.01460.0153-0.00190.0243-0.02980.02330.0095-0.00540.06580.14680.1163-0.0325-0.05130.1071-0.04860.094164.4096-3.697211.2504
130.3416-0.24870.08260.1852-0.08160.1976-0.0239-0.13040.12790.0969-0.0076-0.0135-0.0252-0.0110.09730.0709-0.0491-0.0220.0767-0.02850.033453.4044-4.113123.5826
140.0258-0.0090.01770.0081-0.00880.0148-0.01610.0588-0.0061-0.0267-0.02570.0016-0.0005-0.0104-0.29890.055-0.0346-0.00330.2607-0.02870.028362.5967-9.042.8858
150.02730.02810.00310.1294-0.04120.02660.00920.0204-0.01570.02430.0179-0.1273-0.0069-0.0064-0.00980.11520.0313-0.00630.2164-0.0460.217469.8195-14.91974.4102
160.0049-0.0089-0.00220.02410.0030.00270.02360.002-0.08180.0431-0.0108-0.03490.1217-0.01790.00160.1812-0.0647-0.02090.18270.06590.324958.4122-16.540710.6897
170.0112-0.0045-0.00690.01180.00110.0046-0.04190.0086-0.0316-0.0121-0.02160.2390.0397-0.05410.00020.1686-0.04650.03130.28390.02120.238846.156-7.356713.157
180.0219-0.01430.0040.04220.00040.00530.0602-0.04720.1652-0.05320.0293-0.0749-0.08670.00910.00030.3418-0.0190.03630.1840.04580.351554.2293.478913.2161
190.0028-0.0020.00520.0477-0.04480.04620.00470.04070.0094-0.053-0.0636-0.0455-0.01010.066-0.09270.2110.0977-0.0190.41840.14470.195539.3125-2.8157-21.063
200.0127-0.0205-0.01370.03340.02160.0143-0.00290.01830.0340.0070.00690.002-0.0250.00910.02550.09260.0111-0.05240.22670.04560.200237.29111.125-11.6731
210.031-0.0137-0.06740.0408-0.01050.2293-0.04520.0304-0.06780.0223-0.0626-0.06670.0955-0.070.00020.2631-0.14880.00520.5343-0.04910.31140.1049-9.6291-18.0832
220.31760.1244-0.04490.1252-0.05660.0253-0.02180.1508-0.00760.02450.0022-0.0356-0.0575-0.0374-0.06570.06720.0618-0.04450.19370.04420.082329.8268-7.7117-7.5016
230.04470.0064-0.01560.0174-0.00830.0132-0.0073-0.02290.00360.0121-0.0239-0.00780.0031-0.0135-0.01970.11220.0177-0.0440.2759-0.00990.207237.2191-1.6063.2093
240.01290.0093-0.0090.0119-0.00060.0104-0.0044-0.0029-0.01030.00530.00890.00160.0089-0.006-0.02820.0499-0.0647-0.00720.17170.10880.101839.6883-6.0166-6.8663
250.06560.0191-0.04890.1325-0.01580.0464-0.02660.05490.0322-0.0783-0.0039-0.04430.03080.03020.03180.1311-0.04320.050.23890.13840.092549.6293-4.9646-16.2489
260.0286-0.00430.01140.1810.05210.0208-0.0786-0.0072-0.10140.0607-0.01030.06560.07150.0308-0.14710.17380.01920.03230.1230.06060.167940.3343-10.1454.7204
270.0452-0.00880.0130.0321-0.00640.0298-0.0235-0.00960.01660-0.01090.00260-0.0038-0.04560.06620.05960.0650.1047-0.02190.238932.9236-15.42533.1132
280.03210.00290.02020.1107-0.00910.0703-0.01770.0108-0.06870.004-0.01760.00590.0732-0.01810.00340.4393-0.03610.060.20240.09460.37443.9741-17.7855-3.5808
290.03020.03810.02370.05780.05570.0924-0.0122-0.00940.00390.01970.0295-0.0272-0.0050.06150.0130.13580.01850.04760.38720.06670.166457.1098-8.9005-7.4135
300.27610.10470.20560.09820.03380.188-0.034-0.01180.17510.07550.05610.1181-0.174-0.0545-0.08130.1646-0.0031-0.00570.16460.13980.230748.83692.8428-5.4417
310.1777-0.0342-0.120.06090.06050.27640.020.05360.0028-0.0324-0.0049-0.00310.00120.01410.10360.05830.0792-0.03540.2152-0.03210.052540.1745-33.195512.469
320.01150.02250.00050.0825-0.0090.0041-0.01480.0242-0.0010.0098-0.01140.0273-0.0042-0.0083-0.00140.1279-0.01650.01290.1981-0.0710.209436.5017-30.85069.2607
330.36740.0828-0.01830.0819-0.02680.2957-0.04770.18060.098-0.04730.08340.0425-0.0717-0.07980.1130.11-0.0384-0.00530.2862-0.02320.136245.6483-23.910418.1343
340.08210.0410.00920.0232-0.00510.0884-0.0176-0.016-0.02680.00390.0062-0.00470.0074-0.0074-0.01550.10750.08050.03480.1614-0.03580.167740.991-31.437132.2517
350.05830.03660.00590.02310.00380.00110.01320.00930.0120.00090.00180.0132-0.0002-0.01180.06070.0650.08730.01630.2126-0.02250.052138.7656-27.564222.0029
360.0676-0.019-0.05760.0237-0.01150.091-0.06230.0781-0.0416-0.0366-0.00650.02020.0335-0.0624-0.12590.1018-0.0416-0.0040.1214-0.13680.045428.7977-28.889612.6368
370.8437-0.45810.80280.6873-0.71380.9408-0.0969-0.05770.0894-0.0147-0.1562-0.088-0.02070.1766-0.21160.10150.01480.01240.2967-0.03180.090137.9502-22.776533.3187
380.0001-0.00310.00060.0748-0.01410.0024-0.0110.01310.0367-0.00780.00930.0018-0.0171-0.0079-0.02080.10850.0355-0.01520.06110.06150.194145.6145-17.545431.3965
390.1577-0.0832-0.03960.125-0.06650.1064-0.00010.01260.0369-0.1158-0.0094-0.13480.0090.0018-0.07830.29960.0279-0.06570.0726-0.03620.150634.2166-15.721324.6259
400.03210.0097-0.02570.14240.01070.2676-0.0215-0.03430.01570.00340.0430.0022-0.0367-0.03380.07790.15930.0861-0.02610.2445-0.04160.057921.3633-24.662721.3068
410.62990.2555-0.11550.2131-0.02320.0269-0.0201-0.0946-0.12970.09990.0181-0.00430.20120.0792-0.02420.2592-0.0590.04410.401-0.11440.213229.494-35.47623.5079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 40 )A33 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 83 )A41 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 92 )A84 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 107 )A93 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 108 through 137 )A108 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 147 )A138 - 147
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 148 through 162 )A148 - 162
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 34 through 48 )D34 - 48
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 49 through 53 )D49 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 54 through 61 )D54 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 62 through 78 )D62 - 78
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 79 through 92 )D79 - 92
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 93 through 107 )D93 - 107
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 108 through 124 )D108 - 124
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 125 through 130 )D125 - 130
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 131 through 137 )D131 - 137
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 138 through 148 )D138 - 148
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 149 through 162 )D149 - 162
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 33 through 40 )B33 - 40
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 41 through 48 )B41 - 48
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 49 through 61 )B49 - 61
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 62 through 78 )B62 - 78
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 79 through 83 )B79 - 83
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 84 through 92 )B84 - 92
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 93 through 107 )B93 - 107
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 108 through 124 )B108 - 124
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 125 through 130 )B125 - 130
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 131 through 137 )B131 - 137
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 138 through 148 )B138 - 148
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 149 through 162 )B149 - 162
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 33 through 48 )C33 - 48
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 49 through 53 )C49 - 53
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 54 through 78 )C54 - 78
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'C' and (resid 79 through 83 )C79 - 83
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 84 through 92 )C84 - 92
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'C' and (resid 93 through 107 )C93 - 107
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'C' and (resid 108 through 124 )C108 - 124
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'C' and (resid 125 through 130 )C125 - 130
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'C' and (resid 131 through 137 )C131 - 137
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'C' and (resid 138 through 148 )C138 - 148
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'C' and (resid 149 through 162 )C149 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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