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- PDB-6t78: Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t78
タイトルStructure of human Sox11 transcription factor in complex with a short DNA fragment
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
  • Transcription factor SOX-11
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Sox11 / transcription factor / pioneer factor / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


closure of optic fissure / positive regulation of lens epithelial cell proliferation / soft palate development / cornea development in camera-type eye / positive regulation of hippo signaling / noradrenergic neuron differentiation / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / hard palate development / lens morphogenesis in camera-type eye ...closure of optic fissure / positive regulation of lens epithelial cell proliferation / soft palate development / cornea development in camera-type eye / positive regulation of hippo signaling / noradrenergic neuron differentiation / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / hard palate development / lens morphogenesis in camera-type eye / embryonic skeletal system morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / embryonic digestive tract morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / oligodendrocyte development / sympathetic nervous system development / positive regulation of hormone secretion / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of ossification / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of glial cell proliferation / ventricular septum morphogenesis / spinal cord development / lung morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / eyelid development in camera-type eye / outflow tract morphogenesis / skeletal muscle cell differentiation / glial cell proliferation / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of neuron differentiation / kidney development / neuron differentiation / brain development / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX-12/11/4 / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor SOX-11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Dodonova, S.O. / Zhu, F. / Dienemann, C. / Taipale, J. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
European Research Council693023 ドイツ
European Molecular Biology OrganizationALTF-949-2016 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Nucleosome-bound SOX2 and SOX11 structures elucidate pioneer factor function.
著者: Svetlana O Dodonova / Fangjie Zhu / Christian Dienemann / Jussi Taipale / Patrick Cramer /
要旨: 'Pioneer' transcription factors are required for stem-cell pluripotency, cell differentiation and cell reprogramming. Pioneer factors can bind nucleosomal DNA to enable gene expression from regions ...'Pioneer' transcription factors are required for stem-cell pluripotency, cell differentiation and cell reprogramming. Pioneer factors can bind nucleosomal DNA to enable gene expression from regions of the genome with closed chromatin. SOX2 is a prominent pioneer factor that is essential for pluripotency and self-renewal of embryonic stem cells. Here we report cryo-electron microscopy structures of the DNA-binding domains of SOX2 and its close homologue SOX11 bound to nucleosomes. The structures show that SOX factors can bind and locally distort DNA at superhelical location 2. The factors also facilitate detachment of terminal nucleosomal DNA from the histone octamer, which increases DNA accessibility. SOX-factor binding to the nucleosome can also lead to a repositioning of the N-terminal tail of histone H4 that includes residue lysine 16. We speculate that this repositioning is incompatible with higher-order nucleosome stacking, which involves contacts of the H4 tail with a neighbouring nucleosome. Our results indicate that pioneer transcription factors can use binding energy to initiate chromatin opening, and thereby facilitate nucleosome remodelling and subsequent transcription.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor SOX-11
B: Transcription factor SOX-11
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2956
ポリマ－45,2956
非ポリマー00
水1086
1
A: Transcription factor SOX-11
F: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6473
ポリマ－22,6473
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9090 Å2
手法PISA
2
B: Transcription factor SOX-11
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6473
ポリマ－22,6473
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.130, 106.130, 76.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 48 through 121)
21chain B
12(chain C and resid 1 through 14)
22chain F
13(chain D and resid 3 through 16)
23chain G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 48 through 121)A48 - 121
211chain BB48 - 121
112(chain C and resid 1 through 14)C1 - 14
212chain FF1 - 12
113(chain D and resid 3 through 16)D3 - 16
213chain GG5 - 16

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor SOX-11


分子量: 12856.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOX11 / プラスミド: LIC-1B (MacroLabs) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35716
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*T)-3')


分子量: 4890.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4900.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Sodium Acetate 100 mM pH 4.5, Calcium Acetate Hydrate 200 mM, 15-18 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.956 Å / Num. obs: 17066 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.55 % / Biso Wilson estimate: 75.835 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 16.54 / Num. measured all: 350700 / Scaling rejects: 96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.5719.9732.7860.8725266127512650.662.85899.2
2.57-2.6421.0562.3251.2525352120512040.7752.38399.9
2.64-2.7220.7121.8021.6824564118811860.8041.84899.8
2.72-2.819.6011.3182.3622913116911690.9051.353100
2.8-2.8920.7520.9073.5423118111411140.9450.929100
2.89-2.9921.5040.7114.5723310108510840.9750.72899.9
2.99-3.1121.1830.5446.1322327105410540.9790.557100
3.11-3.2320.6330.3739.2720777100710070.9880.383100
3.23-3.3819.910.27112.34191149609600.9940.278100
3.38-3.5419.5690.20715.53183759399390.9960.213100
3.54-3.7321.3420.14422.16185258688680.9980.148100
3.73-3.9621.1460.11326.23178478448440.9990.116100
3.96-4.2320.9390.09631.22164377857850.9980.099100
4.23-4.5719.4220.08234.55141207277270.9990.084100
4.57-5.0121.2310.07437.96145436856850.9990.075100
5.01-5.621.1540.07639.33129046106100.9990.077100
5.6-6.4720.1710.06839.81108725395390.9990.07100
6.47-7.9220.0660.05251.7191704574570.9990.053100
7.92-11.220.3250.0464.21737836336310.041100
11.2-45.95618.3880.03670.02378820920610.03798.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.66 Å45.96 Å
Translation2.66 Å45.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GT0

1gt0


解像度: 2.504→45.956 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 853 5.01 %
Rwork0.2269 --
obs0.2284 17031 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 215.77 Å2 / Biso mean: 96.3747 Å2 / Biso min: 48.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.504→45.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1307 1019 0 6 2332
Biso mean---65.63 -
残基数----201
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A782X-RAY DIFFRACTION6.231TORSIONAL
12B782X-RAY DIFFRACTION6.231TORSIONAL
21C272X-RAY DIFFRACTION6.231TORSIONAL
22F272X-RAY DIFFRACTION6.231TORSIONAL
31D274X-RAY DIFFRACTION6.231TORSIONAL
32G274X-RAY DIFFRACTION6.231TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5045-2.66140.43941420.388266999
2.6614-2.86680.37921410.3212678100
2.8668-3.15530.2961410.29862672100
3.1553-3.61170.23921420.22912700100
3.6117-4.54970.26791430.20732710100
4.5497-45.90.22021440.19942749100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.4328 Å / Origin y: 55.5287 Å / Origin z: 23.2924 Å
111213212223313233
T0.6846 Å2-0.0374 Å2-0.0556 Å2-0.7261 Å20.0727 Å2--0.7415 Å2
L4.4731 °2-2.7281 °2-0.7697 °2-1.5084 °20.4089 °2--0.7618 °2
S-0.0085 Å °0.0747 Å °0.9103 Å °-0.0526 Å °0.0559 Å °-0.5252 Å °-0.4133 Å °0.3464 Å °-0.0989 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA46 - 122
2X-RAY DIFFRACTION1allB48 - 121
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 13
4X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 16
5X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION1allG5 - 16
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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