PDB-6suv: Horse cytochrome c complexed by octa-anionic calixarene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6suv

タイトル

Horse cytochrome c complexed by octa-anionic calixarene

要素

Cytochrome c

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Complex / host-guest / calixarene

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Geremia, S. / Brancatelli, G.

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Probing the determinants of porosity in protein frameworks: co-crystals of cytochrome c and an octa-anionic calix[4]arene
著者: Alex, J.M. / Brancatelli, G. / Volpi, S. / Bonaccorso, C. / Casnati, A. / Geremia, S. / Crowley, P.B.

履歴

登録	2019年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6suv.cif.gz	211.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6suv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6suv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6suv_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6suv_full_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示
XML形式データ	6suv_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	6suv_validation.cif.gz	59.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6suv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6suv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a15-15 1c2r-2 1hh7-d 1jdl-d 5hmh-1 5vk0-11 1vyd-1 1gd6-d 4qwq-1 5a15-14 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (6) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (6)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (6)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

AaA: Cytochrome c

BaB: Cytochrome c

CaC: Cytochrome c

DaD: Cytochrome c

EaE: Cytochrome c

FaF: Cytochrome c

GaG: Cytochrome c

HaH: Cytochrome c

ヘテロ分子

108 kDa, 8 ポリマー
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1

AaA: Cytochrome c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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2

BaB: Cytochrome c

ヘテロ分子

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3

CaC: Cytochrome c

ヘテロ分子

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13.5 kDa, 1 ポリマー
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4

DaD: Cytochrome c

ヘテロ分子

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5

EaE: Cytochrome c

ヘテロ分子

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6

FaF: Cytochrome c

ヘテロ分子

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7

GaG: Cytochrome c

ヘテロ分子

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13.5 kDa, 1 ポリマー
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8

HaH: Cytochrome c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.591, 65.591, 250.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Cytochrome c 分子量: 11725.598 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#3: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-LVQ / octa-anionic calixarene 分子量: 1119.857 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₃₇AsNaO₂₅S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 56% PEG 3350, 0.05 M sodium cacodylate pH 5.5 and 0.0017 M gadolinium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月20日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.4988
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.5012

反射

解像度: 2.5→46.38 Å / Num. obs: 34903 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / CC_1/2: 0.943 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.178 / Χ²: 0.83 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3775 / CC_1/2: 0.739 / R_pim(I) all: 0.243 / R_rim(I) all: 0.4 / Χ²: 0.58 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
DENZO		データ削減
Aimless		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.502→46.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / SU B: 6.473 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.063

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	1791	5.132 %
R_work	0.1695	-	-
all	0.173	-	-
obs	-	34902	96.096 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.085 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-14.085 Å²	-0 Å²
3-	-	-	28.171 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→46.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6584	0	920	472	7976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	7792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.346	1.96	10784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.722	5	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.983	23.919	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.676	15	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.221	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	5108
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.292	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.993	2.561	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.155	3.825	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.217	2.553	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.28	3.764	6632
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.378	32.44	12626
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.012	0.05	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.031	0.05	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.015	0.05	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.019	0.05	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.026	0.05	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.014	0.05	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.017	0.05	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.03	0.05	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.014	0.05	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.017	0.05	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.026	0.05	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.01	0.05	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.018	0.05	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.025	0.05	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.029	0.05	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.039	0.05	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.026	0.05	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.028	0.05	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.02	0.05	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.025	0.05	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.014	0.05	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.02	0.05	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.031	0.05	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.019	0.05	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.023	0.05	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.027	0.05	3321
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.029	0.05	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.018	0.05	3329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.502-2.567	0.417	123	0.247	2286	X-RAY DIFFRACTION	90.2924
2.567-2.637	0.294	108	0.201	2391	X-RAY DIFFRACTION	95.2363
2.637-2.713	0.286	138	0.192	2284	X-RAY DIFFRACTION	95.4671
2.713-2.797	0.288	102	0.196	2248	X-RAY DIFFRACTION	95.9967
2.797-2.888	0.31	115	0.19	2157	X-RAY DIFFRACTION	95.4622
2.888-2.989	0.252	106	0.174	2168	X-RAY DIFFRACTION	96.4377
2.989-3.102	0.289	116	0.174	2045	X-RAY DIFFRACTION	97.3423
3.102-3.228	0.308	95	0.201	1972	X-RAY DIFFRACTION	97.5
3.228-3.371	0.248	101	0.197	1858	X-RAY DIFFRACTION	94.9588
3.371-3.536	0.193	104	0.166	1813	X-RAY DIFFRACTION	96.8182
3.536-3.726	0.183	94	0.159	1718	X-RAY DIFFRACTION	96.6916
3.726-3.951	0.2	79	0.15	1644	X-RAY DIFFRACTION	97.8421
3.951-4.223	0.195	100	0.145	1555	X-RAY DIFFRACTION	97.8132
4.223-4.56	0.197	67	0.125	1444	X-RAY DIFFRACTION	98.2445
4.56-4.993	0.169	85	0.124	1331	X-RAY DIFFRACTION	97.5207
4.993-5.578	0.209	70	0.145	1189	X-RAY DIFFRACTION	96.9207
5.578-6.433	0.192	59	0.16	1040	X-RAY DIFFRACTION	95.8152
6.433-7.86	0.289	67	0.169	870	X-RAY DIFFRACTION	96.7975
7.86-11.037	0.188	50	0.182	691	X-RAY DIFFRACTION	97.6285
11.037-46.38	0.313	12	0.193	407	X-RAY DIFFRACTION	96.9907

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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