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- PDB-4qwq: Crystal structure of the DNA-binding domain of the response regul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qwq
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of the response regulator SaeR from Staphylococcus aureus
要素Response regulator SaeR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / winged helix-turn-helix / gene expression regulation / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator SaeR / Response regulator SaeR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Fan, X. / Zhu, Y. / Zhang, X. / Teng, M. / Li, X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the DNA-binding domain of the response regulator SaeR from Staphylococcus aureus.
著者: Fan, X. / Zhang, X. / Zhu, Y. / Niu, L. / Teng, M. / Sun, B. / Li, X.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Response regulator SaeR
A: Response regulator SaeR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4882
ポリマ－26,4882
非ポリマー00
水19811
1
B: Response regulator SaeR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2441
ポリマ－13,2441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Response regulator SaeR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2441
ポリマ－13,2441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.974, 62.648, 116.262
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Response regulator SaeR / SaeR / Transcriptional regulatory family protein


分子量: 13243.909 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 123-228 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: saeR, CH52_02235, X998_0755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9BRQ0, UniProt: Q2G2G2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 15% PEG 6K, 0.1M Spermidine, 0.1M Bis-Tris PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月14日
放射モノクロメーター: NI FilTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8586

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.501→31.324 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 30.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2806 381 4.65 %
Rwork0.2052 --
obs0.2087 8198 95.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.589 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4036 Å20 Å2-0 Å2
2--16.7654 Å20 Å2
3----17.169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→31.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1574 0 0 11 1585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1062172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.481550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5006-2.86230.34061200.24672393X-RAY DIFFRACTION90
2.8623-3.60530.28681270.20792602X-RAY DIFFRACTION97
3.6053-31.32640.25461340.18652822X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.1113 Å / Origin y: -3.8976 Å / Origin z: 11.7391 Å
111213212223313233
T0.1382 Å20.033 Å20.0183 Å2-0.2466 Å2-0.097 Å2--0.2139 Å2
L1.6335 °20.3762 °2-0.4101 °2-0.8412 °2-0.0121 °2--3.393 °2
S-0.0204 Å °-0.373 Å °0.3466 Å °-0.048 Å °-0.0916 Å °-0.017 Å °-0.066 Å °0.4432 Å °0.0248 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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