[日本語] English
万見
- PDB-1gd6: STRUCTURE OF THE BOMBYX MORI LYSOZYME -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gd6
タイトルSTRUCTURE OF THE BOMBYX MORI LYSOZYME
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE / LYSOZYME / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE / BMLZ
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Matsuura, A. / Aizawa, T. / Yao, M. / Kawano, K. / Tanaka, I. / Nitta, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural analysis of an insect lysozyme exhibiting catalytic efficiency at low temperatures.
著者: Matsuura, A. / Yao, M. / Aizawa, T. / Koganesawa, N. / Masaki, K. / Miyazawa, M. / Demura, M. / Tanaka, I. / Kawano, K. / Nitta, K.
履歴
登録2000年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7781
ポリマ－13,7781
非ポリマー00
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.268, 77.268, 72.925
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 LYSOZYME


分子量: 13777.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P48816, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.957779 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9623903 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 69 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium sulfate1drop
326 %(w/v)PEG80001drop
40.1 Msodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 55985 / Num. obs: 7862 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.12 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 3.8388 / Num. unique all: 742 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 97639
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.08 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.84

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINTS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2226 747 9.4 %RAMDOM
Rwork0.1809 ---
all-7917 --
obs-7685 97.1 %-
溶媒の処理Bsol: 30.2625 Å2 / ksol: 0.358547 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.068 Å20 Å20 Å2
2--5.068 Å20 Å2
3----10.136 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.322 Å0.27 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 0 64 1027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008512
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55289
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg23.47519
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.73009
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.47519
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73009
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.3059 -
Rwork0.3019 550
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.47519
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73009

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る