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- PDB-6skq: OXA-655_MEM. Structural insights into the enhanced carbapenemase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6skq
タイトルOXA-655_MEM. Structural insights into the enhanced carbapenemase efficiency of OXA-655 compared to OXA-10.
要素Beta-lactamase
キーワードANTIBIOTIC / Class D beta-lactamase / crystal structures / Carbapenemases / Antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the enhanced carbapenemase efficiency of OXA-655 compared to OXA-10.
著者: Leiros, H.S. / Thomassen, A.M. / Samuelsen, O. / Flach, C.F. / Kotsakis, S.D. / Larsson, D.G.J.
履歴
登録2019年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22020年8月5日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,52613
ポリマ－118,5034
非ポリマー2,0229
水17,475970
1
A: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2156
ポリマ－59,2522
非ポリマー9634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3117
ポリマ－59,2522
非ポリマー1,0595
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.137, 82.437, 99.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.007, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 29625.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaOXA-655, blaOXA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A386YIZ1, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form


分子量: 385.478 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6.8 mg/mL, 20-23% PEG 3350 0.2 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 61827 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 4483 / CC1/2: 0.539 / Rrim(I) all: 0.824

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4s2o

4s2o


解像度: 2.1→24.05 Å / SU ML: 0.2467 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5815
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 2426 3.93 %
Rwork0.1793 --
obs0.1815 61782 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7762 0 129 970 8861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00748129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75110994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.03776183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.31121350.24553411X-RAY DIFFRACTION95.79
2.14-2.190.25231420.23353513X-RAY DIFFRACTION97.83
2.19-2.240.30861490.23253433X-RAY DIFFRACTION97.63
2.24-2.30.32341330.21983536X-RAY DIFFRACTION97.68
2.3-2.360.26921590.22033484X-RAY DIFFRACTION97.77
2.36-2.430.26421400.19553490X-RAY DIFFRACTION97.61
2.43-2.510.2571310.20043207X-RAY DIFFRACTION90.22
2.51-2.60.30861450.19623546X-RAY DIFFRACTION98.64
2.6-2.70.23711480.18623546X-RAY DIFFRACTION98.96
2.7-2.820.24121560.18613546X-RAY DIFFRACTION98.96
2.82-2.970.20641350.18593560X-RAY DIFFRACTION98.85
2.97-3.160.27381490.1883518X-RAY DIFFRACTION98.95
3.16-3.40.2531430.17883543X-RAY DIFFRACTION98.27
3.4-3.740.23571260.15853306X-RAY DIFFRACTION92.33
3.74-4.280.14791520.13563629X-RAY DIFFRACTION99.63
4.28-5.380.17841490.12453581X-RAY DIFFRACTION99.1
5.38-24.050.2071340.17583507X-RAY DIFFRACTION94.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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