PDB-6sd8: Bd2924 apo-form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sd8

タイトル

Bd2924 apo-form

要素

Probable acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / acyl-CoA dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / acyl-CoA dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Lovering, A.L. / Harding, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Target highlights in CASP13: Experimental target structures through the eyes of their authors.
著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / ...

履歴

登録	2019年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sd8.cif.gz	418.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sd8.ent.gz	341.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sd8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cvzC 6sdaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sda-1 3u33-3 4in3-d 4zt0-1 4zt0-2 5vw1-d 5x8f-d 4zt9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: Probable acyl-CoA dehydrogenase

A: Probable acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: Probable acyl-CoA dehydrogenase

A: Probable acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

X: Probable acyl-CoA dehydrogenase

A: Probable acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.750, 113.012, 89.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.840, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-1004- HOH
2	1	A-1072- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain X

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 3 - 505 / Label seq-ID: 3 - 505

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	B
2	chain X	X	A

#1: タンパク質	Probable acyl-CoA dehydrogenase 分子量: 55663.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア) 株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: Bd2924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6MJ59, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% pentaerythritol propoxylate 15% ethanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97622 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.51→81.71 Å / Num. obs: 177144 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 1198412 / Scaling rejects: 221

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.51-1.55	6.4	1.262	81267	12789	0.821	0.541	1.376	1.2	94.9
6.75-81.71	6.7	0.042	14171	2112	0.995	0.018	0.046	38.7	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→76.454 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	8578	4.95 %
R_work	0.1739	164817	-
obs	0.1749	173395	94.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.29 Å² / B_iso mean: 37.4094 Å² / B_iso min: 15.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.51→76.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7802	0	106	780	8688
B_iso mean	-	-	35.52	44.12	-
残基数	-	-	-	-	1006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8107
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	10995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.309	2975

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4640	X-RAY DIFFRACTION	4.967	TORSIONAL
1	2	X	4640	X-RAY DIFFRACTION	4.967	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.51-1.527	0.3834	261	0.3804	4956	87
1.527-1.5449	0.4034	267	0.3632	5110	89
1.5449-1.5638	0.3509	254	0.3477	5269	90
1.5638-1.5836	0.366	273	0.3393	5184	90
1.5836-1.6044	0.3446	290	0.324	5195	91
1.6044-1.6264	0.3384	269	0.3106	5255	91
1.6264-1.6496	0.3218	262	0.2945	5371	92
1.6496-1.6743	0.3215	268	0.284	5320	92
1.6743-1.7004	0.2959	300	0.2673	5349	93
1.7004-1.7283	0.2924	296	0.2545	5383	93
1.7283-1.7581	0.2564	266	0.2466	5449	94
1.7581-1.7901	0.292	301	0.2279	5438	94
1.7901-1.8245	0.2475	270	0.2222	5471	94
1.8245-1.8618	0.2132	262	0.2131	5513	95
1.8618-1.9022	0.2417	298	0.206	5477	96
1.9022-1.9465	0.2239	298	0.2014	5561	96
1.9465-1.9952	0.2139	293	0.2003	5582	96
1.9952-2.0491	0.2251	269	0.1846	5577	96
2.0491-2.1094	0.1986	283	0.1794	5632	97
2.1094-2.1775	0.193	275	0.1695	5679	97
2.1775-2.2554	0.1884	297	0.1645	5591	97
2.2554-2.3457	0.1917	304	0.1569	5623	97
2.3457-2.4524	0.1817	304	0.1629	5620	98
2.4524-2.5817	0.2012	285	0.1633	5663	98
2.5817-2.7435	0.1817	303	0.1654	5710	98
2.7435-2.9553	0.1859	310	0.1637	5723	99
2.9553-3.2527	0.2038	305	0.1716	5718	99
3.2527-3.7234	0.1842	300	0.1588	5808	99
3.7234-4.691	0.1428	329	0.1339	5748	99
4.691-76.45	0.15	286	0.1471	5842	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7487	-0.1573	0.293	0.4825	0.094	0.7194	0.0554	-0.3581	0.0148	0.2357	-0.1305	-0.0086	0.0567	-0.376	-0.0375	0.23	-0.1005	0.0603	0.4075	-0.0421	0.2069	-28.4839	78.0296	116.6073
2	0.2622	0.0108	0.0549	0.405	-0.0512	0.056	0.162	-0.0864	-0.2563	-0.064	-0.1587	-0.0937	0.306	-0.1094	0.0113	0.435	-0.1166	-0.0696	0.1969	0.0299	0.3458	-15.675	58.4567	111.7929
3	0.6621	0.0249	0.3976	0.1859	0.1477	0.7235	0.0712	-0.0766	0.0204	-0.0719	-0.1208	0.1098	0.0297	-0.2361	-0.0016	0.1928	-0.0206	-0.004	0.2791	-0.0585	0.2306	-29.2934	81.0894	98.5181
4	0.1236	0.0389	0.0854	0.0638	0.0158	0.0766	0.0549	-0.0387	0.064	-0.2155	-0.0582	0.1048	-0.065	-0.0921	-0	0.2356	0.0011	-0.0546	0.2851	-0.0814	0.2895	-38.7867	74.3881	84.7444
5	0.5942	0.3157	0.2764	0.4592	0.0374	0.6096	-0.0212	0.1157	-0.079	-0.0015	-0.0116	-0.1738	0.0658	0.1379	-0.0002	0.2	0.0274	0.0417	0.2149	0.0052	0.2118	6.9156	92.6909	86.4749
6	0.1749	0.2532	0.0584	0.4058	0.1805	0.5435	0.0241	-0.0526	0.1315	0.0258	-0.1349	0.1215	-0.1949	-0.0446	-0	0.2647	0.0125	-0.0243	0.1624	0.001	0.2591	0.2684	112.5858	98.472
7	0.6757	0.3608	0.0629	0.2408	0.1048	0.3886	-0.055	0.1793	0.0385	-0.1269	0.034	0.091	0.0268	-0.0539	-0.0011	0.2234	0.0107	-0.0139	0.2108	-0.0078	0.204	-10.8029	90.1998	82.8604
8	0.4202	-0.1339	-0.3455	0.2165	0.0047	0.5759	-0.2447	0.4767	-0.091	-0.2401	0.0496	0.3965	0.0882	-0.4286	-0.0784	0.3275	-0.0137	-0.1516	0.4979	0.0505	0.3489	-22.9857	96.9722	71.5522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'X' and (resid 3 through 168 )	X	3 - 168
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'X' and (resid 169 through 285 )	X	169 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'X' and (resid 286 through 449 )	X	286 - 449
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'X' and (resid 450 through 505 )	X	450 - 505
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 3 through 166 )	A	3 - 166
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 169 through 285 )	A	169 - 285
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 286 through 449 )	A	286 - 449
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 450 through 505 )	A	450 - 505

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)