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- PDB-6cvz: Crystal structure of the WD40-repeat of RFWD3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cvz
タイトルCrystal structure of the WD40-repeat of RFWD3
要素E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
キーワードTRANSFERASE / WD40-repeat / RFWD3 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA damage checkpoint / response to ionizing radiation / replication fork processing / site of DNA damage / interstrand cross-link repair / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / MDM2/MDM4 family protein binding / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body ...regulation of DNA damage checkpoint / response to ionizing radiation / replication fork processing / site of DNA damage / interstrand cross-link repair / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / MDM2/MDM4 family protein binding / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / p53 binding / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / DNA damage response / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3 / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者DONG, A. / LOPPNAU, P. / SEITOVA, A. / HUTCHINSON, A. / TEMPEL, W. / WEI, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. ...DONG, A. / LOPPNAU, P. / SEITOVA, A. / HUTCHINSON, A. / TEMPEL, W. / WEI, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / TONG, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Target highlights in CASP13: Experimental target structures through the eyes of their authors.
著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / ...著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / Goulding, C.W. / Gurusaran, M. / Gutsche, I. / Harding, C.J. / Hartmann, M.D. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Leiman, P.G. / Loppnau, P. / Lovering, A.L. / Lunin, V.V. / Michalska, K. / Mir-Sanchis, I. / Mitra, A.K. / Moult, J. / Phillips Jr., G.N. / Pinkas, D.M. / Rice, P.A. / Tong, Y. / Topf, M. / Walton, J.D. / Schwede, T.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
B: E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
C: E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4706
ポリマ－116,3973
非ポリマー733
水5,134285
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8232
ポリマ－38,7991
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8232
ポリマ－38,7991
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8232
ポリマ－38,7991
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.991, 91.991, 110.738
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3 / RING finger and WD repeat domain-containing protein 3 / RING finger protein 201


分子量: 38798.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFWD3, RNF201 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q6PCD5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 % / Mosaicity: 0.36 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG 3500, 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 96621 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.969 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 397184
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.834.10.68948840.7570.3860.7920.41699.9
1.83-1.8640.53947940.7950.3070.6220.44199.9
1.86-1.93.80.45548900.8430.2670.5290.46899.7
1.9-1.943.60.34147910.9020.2080.4010.52498.9
1.94-1.9840.31648750.9170.1790.3640.5499.7
1.98-2.034.40.28548440.9360.1540.3250.60899.9
2.03-2.084.50.25947990.9430.1390.2940.65999.9
2.08-2.134.50.22549310.9520.1210.2560.77199.8
2.13-2.24.40.19347920.9620.1050.220.88799.7
2.2-2.274.30.17248480.9670.0940.1971.04999.7
2.27-2.354.30.15748580.9670.0870.181.22899.6
2.35-2.444.20.14248320.9710.0790.1641.41199.5
2.44-2.554.10.13348750.970.0760.1541.67799.7
2.55-2.693.80.11847960.9770.070.1382.06999.3
2.69-2.863.70.10548230.9770.0630.1232.7799.2
2.86-3.084.40.09448680.9840.0510.1083.55499.6
3.08-3.394.30.08148180.9850.0450.0934.5599.5
3.39-3.884.10.07148110.9870.040.0825.298.6
3.88-4.883.80.06447450.9890.0380.0756.66697.8
4.88-3040.05647470.9760.0320.0654.50797.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished model

解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.723 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 962 1 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.2146 95577 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.78 Å2 / Biso mean: 35.75 Å2 / Biso min: 10.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20.39 Å2-0 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----2.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7560 0 3 293 7856
Biso mean--39.21 37.47 -
残基数----1001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.94710838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.731316097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59851027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97924.094320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.297151186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7321532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021619
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 87 -
Rwork0.309 7138 -
all-7225 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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