PDB-3u33: Crystal Structure of the E. coli adaptive response protein AidB i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u33

タイトル

Crystal Structure of the E. coli adaptive response protein AidB in the space group P3(2)

要素

Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / acyl-coenzyme A dehydrogenase / protective function in the presence of alkylating agents / DNA binding / FAD binding

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / 3-methylbutanoyl-CoA dehydrogenase activity / acyl-CoA dehydrogenase activity / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wong, C. / Jost, M. / Drennan, C.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Flavin-induced oligomerization in Escherichia coli adaptive response protein AidB.
著者: Hamill, M.J. / Jost, M. / Wong, C. / Elliott, S.J. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2011年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u33.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u33.ent.gz	2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3djlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3djl-1 5ez3-d 3wvh-d 3hlb-d 3wvg-d 3avx-d 3wvk-d 4paa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

B: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

C: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

D: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

E: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

F: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

G: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

H: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

I: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

J: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

K: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

L: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

ヘテロ分子

738 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

B: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

C: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

D: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
246 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

F: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

G: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

H: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
246 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

J: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

K: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

L: Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
246 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.720, 179.720, 204.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(chain A or chain B) and (resseq 2:162 or resseq...
2	1	1	(chain D or chain C) and (resseq 2:162 or resseq...
3	1	1	(chain E or chain F) and (resseq 2:162 or resseq...
4	1	1	(chain H or chain G) and (resseq 2:162 or resseq...
5	1	1	(chain I or chain J) and (resseq 2:162 or resseq...
6	1	1	(chain L or chain K) and (resseq 2:162 or resseq...

詳細

Three tetramers in the asymmetric unit, composed of A+B+C+D, E+F+G+H, and I+J+K+L. Tetrameric assembly independently confirmed by analytical ultracentrifugation.

#1: タンパク質	Putative acyl-CoA dehydrogenase AidB / adaptive response protein AidB 分子量: 60662.824 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: AB1157 / 遺伝子: aidB, b4187, JW5867 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P33224, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (v/v) ethanol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 174735 / Num. obs: 174735 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 45.1 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique all: 17687 / R_sym value: 0.457 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DJL

3djl

解像度: 2.8→46.254 Å / SU ML: 0.78 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2289	8633	5.01 %	random
R_work	0.2045	-	-	-
obs	0.2058	172442	94.99 %	-
all	-	174695	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 8.302 Å² / k_sol: 0.278 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2626 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.2626 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.8276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.254 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	49649	0	648	297	50594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	51457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828	69861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.752	18559
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	7635
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	9037

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	7875	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	7875	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	3	E	7884	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	4	H	7888	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	5	I	7904	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	6	L	7849	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8004-2.8322	0.3517	272	0.3091	5385	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8322-2.8655	0.3287	300	0.2965	5456	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8655-2.9005	0.3277	322	0.2936	5443	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9005-2.9372	0.3201	289	0.2864	5440	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9372-2.9758	0.2964	286	0.2747	5553	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9758-3.0166	0.2834	286	0.2587	5550	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0166-3.0597	0.3105	271	0.2605	5674	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0597-3.1053	0.28	292	0.2506	5586	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1053-3.1538	0.2699	313	0.2417	5654	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1538-3.2055	0.274	298	0.2374	5638	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2055-3.2608	0.2455	268	0.223	5620	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2608-3.3201	0.2366	308	0.2192	5677	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3201-3.3839	0.2509	312	0.2086	5646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3839-3.453	0.2404	306	0.2225	5681	X-RAY DIFFRACTION	98
3.453-3.528	0.2274	281	0.2066	5632	X-RAY DIFFRACTION	98
3.528-3.6101	0.2213	283	0.2114	5672	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6101-3.7003	0.5042	68	0.4971	1564	X-RAY DIFFRACTION	35
3.7003-3.8003	0.223	253	0.2004	4970	X-RAY DIFFRACTION	88
3.8003-3.9121	0.2387	274	0.2032	5378	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9121-4.0383	0.2111	288	0.1653	5323	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0383-4.1825	0.168	331	0.1526	5786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1825-4.3499	0.1645	297	0.1469	5700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3499-4.5477	0.1953	299	0.1461	5729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5477-4.7872	0.1817	295	0.1543	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7872-5.0868	0.1992	317	0.1684	5713	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0868-5.479	0.1937	298	0.1845	5732	X-RAY DIFFRACTION	100
5.479-6.0293	0.2169	323	0.1901	5750	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0293-6.8992	0.2344	307	0.1988	5763	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8992-8.6829	0.174	291	0.1589	5705	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6829-46.26	0.1945	305	0.1819	5650	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3718	-0.1588	-0.0177	0.4984	-0.0047	0.5661	0.0222	-0.1122	-0.2125	0.1848	0.0543	0.1342	0.1561	0.1201	0.0165	-0.2294	-0.0797	-0.0335	0.0297	0.0852	0.0371	-5.783	14.329	-67.0106
2	0.6771	0.0384	-0.0592	0.4085	-0.0818	0.5906	-0.0674	0.0564	-0.1012	0.1109	0.098	0.0592	-0.0029	-0.0909	0.0019	0.0298	0.0847	0.0178	0.1211	-0.0867	0.0374	79.9944	38.9685	-74.3771
3	0.3805	-0.0861	0.2346	0.5358	-0.1226	0.8645	0.4796	0.1649	0.2903	-0.0106	-0.0456	0.0151	-0.0371	-0.1069	0.0885	-0.4707	-0.3562	0.3063	-0.4408	0.2166	-0.2396	15.0837	101.4308	-72.1579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	((chain A or chain B or chain C or chain D)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	((chain E or chain F or chain G or chain H)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	((chain I or chain J or chain K or chain L)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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