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- PDB-5x8f: Ternary complex structure of a double mutant I454RA456K of o-Succ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x8f | ||||||
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Title | Ternary complex structure of a double mutant I454RA456K of o-Succinylbenzoate CoA Synthetase (MenE) from Bacillus Subtilis bound with AMP and its product analogue OSB-NCoA at 1.76 angstrom | ||||||
![]() | 2-succinylbenzoate--CoA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / Adenylate-forming Enzyme / acyl-CoA synthetase / thioester conformation / CoA / pantetheine tunnel / ADP binding subsite / domain alternation / large conformational change / inter-domain linker | ||||||
Function / homology | ![]() o-succinylbenzoate-CoA ligase / o-succinylbenzoate-CoA ligase activity / CoA-ligase activity / menaquinone biosynthetic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Y. / Guo, Z. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the thioesterification conformation of Bacillus subtilis o-succinylbenzoyl-CoA synthetase reveals a distinct substrate-binding mode Authors: Chen, Y. / Li, T.L. / Lin, X. / Li, X. / Li, X.D. / Guo, Z. | ||||||
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 658.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 94.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 139.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5x8gC ![]() 5buqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 54222.945 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 2-486 / Mutation: I454R, A456K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 168 / Gene: menE, BSU30790 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 2108 molecules ![](data/chem/img/S0N.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-S0N / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-PEG / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: Reservoir solution: 32% PEG300, 0.1M cacodylate pH6.7, 0.2M Ca(OAc)2, protein solution: 2.5mM OSBNCoA, 0.8mM AMP, 19mg/mL bsMenE I454RA456K, incubated for 4days PH range: 6.2-6.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 11, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→36.99 Å / Num. obs: 230857 / % possible obs: 92.1 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 21.19 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 10.5 / Net I/σ(I): 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5BUQ Resolution: 1.763→29.957 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 19.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.96 Å2 / Biso mean: 29.562 Å2 / Biso min: 7.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.763→29.957 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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