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Yorodumi- PDB-4zt9: Nuclease-inactive Streptococcus pyogenes Cas9 (D10A/H840A, dCas9)... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4zt9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Nuclease-inactive Streptococcus pyogenes Cas9 (D10A/H840A, dCas9) in complex with single-guide RNA at 3.1 Angstrom resolution | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE/RNA / CRISPR-Cas9 / bacteria adaptive immunity / genome editing and regulation / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmaintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Streptococcus pyogenes (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Jiang, F. / Doudna, J.A. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2015Title: A Cas9-guide RNA complex preorganized for target DNA recognition. Authors: Jiang, F. / Zhou, K. / Ma, L. / Gressel, S. / Doudna, J.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4zt9.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4zt9.ent.gz | 937.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4zt9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4zt9_validation.pdf.gz | 477.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4zt9_full_validation.pdf.gz | 513.7 KB | Display | |
| Data in XML | 4zt9_validation.xml.gz | 86.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 4zt9_validation.cif.gz | 120 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/4zt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/4zt9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4zt0SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 158661.812 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D10A, H840A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes (bacteria) / Gene: csn1, cas9, ERS445054_00848, MTB314_0777 / Production host: ![]() References: UniProt: A0A0C6FZC2, UniProt: Q99ZW2*PLUS, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | Mass: 27501.404 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes (bacteria) / Production host: ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.82 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 12% w/v PEG8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 250 mM sodium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 0.98 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2014 |
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.1→102.5 Å / Num. all: 79819 / Num. obs: 76812 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 40 % / Biso Wilson estimate: 68.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.5 |
| Reflection shell | Resolution: 3.1→3.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.499 / % possible all: 89.8 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 4ZT0 Resolution: 3.1→49.357 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.17 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→49.357 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Streptococcus pyogenes (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation









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