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- PDB-4zt9: Nuclease-inactive Streptococcus pyogenes Cas9 (D10A/H840A, dCas9)... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zt9 | ||||||
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Title | Nuclease-inactive Streptococcus pyogenes Cas9 (D10A/H840A, dCas9) in complex with single-guide RNA at 3.1 Angstrom resolution | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/RNA / CRISPR-Cas9 / bacteria adaptive immunity / genome editing and regulation / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, F. / Doudna, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Cas9-guide RNA complex preorganized for target DNA recognition. Authors: Jiang, F. / Zhou, K. / Ma, L. / Gressel, S. / Doudna, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 937.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 477.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 513.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 86.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 120 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zt0SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 158661.812 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D10A, H840A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0C6FZC2, UniProt: Q99ZW2*PLUS, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | Mass: 27501.404 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 12% w/v PEG8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 250 mM sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2014 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→102.5 Å / Num. all: 79819 / Num. obs: 76812 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 40 % / Biso Wilson estimate: 68.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.499 / % possible all: 89.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 4ZT0 Resolution: 3.1→49.357 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→49.357 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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