PDB-6sc0: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sc0

タイトル

THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J22

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / THERMOLYSIN / METALLOPROTEASE / FRAGMENT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J22
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	6sc0.cif.gz	231.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sc0.ent.gz	153.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6sc0_validation.pdf.gz	714.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sc0_full_validation.pdf.gz	714.6 KB	表示
XML形式データ	6sc0_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	6sc0_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sb9 6sbk
類似構造データ	2whz-d 1pe5-d 3p7p-d 1kkk-d 6sc1-d 1thl-d 5n2z-d 2tli-d 1fjt-d 1gxw-d 1y3g-d 4h57-d 1qf0-d 5wr5-d 6ymr-d 3dnz-d 5l41-d 1kro-d 6sel-d 4tnl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.572, 92.572, 129.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-700- HOH
2	1	E-719- HOH
3	1	E-726- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 8種, 273分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#7: 化合物	ChemComp-L5Q / 5-methyl-~{N}-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]-1,2-oxazole-3-carboxamide 分子量: 208.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇F₃N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 49092 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.29 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.27
反射シェル	解像度: 1.53→1.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.11 / Num. unique obs: 7698 / CC_1/2: 0.923 / R_sym value: 0.464 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.53→46.29 Å / SU ML: 0.1144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.3267

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1664	2455	5 %
R_work	0.1454	-	-
obs	0.1464	49089	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→46.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2413	0	39	263	2715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	2573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9431	3519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	473
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3944	1466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.56	0.205	131	0.1916	2492	X-RAY DIFFRACTION	96.19
1.56-1.59	0.2135	132	0.1768	2515	X-RAY DIFFRACTION	97.71
1.59-1.63	0.197	133	0.1594	2512	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.63-1.66	0.1735	133	0.1582	2533	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.66-1.71	0.2004	134	0.151	2545	X-RAY DIFFRACTION	98.24
1.71-1.75	0.1724	134	0.1467	2541	X-RAY DIFFRACTION	98.13
1.75-1.8	0.1656	135	0.1388	2560	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.8-1.86	0.1775	133	0.1352	2545	X-RAY DIFFRACTION	98.75
1.86-1.93	0.1422	137	0.1336	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.93-2.01	0.1674	136	0.1288	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.01-2.1	0.145	137	0.1248	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.1-2.21	0.1445	138	0.1281	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.21-2.35	0.1324	137	0.1228	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.35-2.53	0.1666	138	0.1261	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.53-2.78	0.133	139	0.133	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.78-3.18	0.1531	139	0.1439	2643	X-RAY DIFFRACTION	98.44
3.18-4.01	0.1776	141	0.1463	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.74
4.01-46.29	0.1941	148	0.1781	2807	X-RAY DIFFRACTION	97.11

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.160761716709	-0.0309378156737	0.176419605744	0.0394490929521	-0.0112550170073	0.194628431181	0.042791487775	-0.0684194853189	0.0421465242091	0.12878203572	0.0215057127171	-0.0691147119248	-0.0148373333171	-0.0329452790815	3.19210613422E-5	0.146943663653	0.012141821032	0.00918863123886	0.178792082506	0.022007427826	0.121752719456	28.0266724568	27.4953961168	11.0058239808
2	0.557585101861	-0.087492625508	0.379024700574	0.337170114458	0.0011295126262	0.360960165643	0.018514394472	-0.0177496561289	-0.0482306349321	0.052401654461	-0.0226923036438	-0.0458875831923	-0.0217797299958	0.00651398992494	7.09918997701E-6	0.133380176286	0.0130856820917	0.0176206882366	0.146970730369	0.0118242633656	0.11034031127	25.9687027661	31.3565105802	4.60851792231
3	0.519888445678	-0.0267423609956	0.122594677935	0.120999706668	-0.0494930496413	0.108138753121	0.0324341003785	0.0612126497449	-0.00405024357069	-0.0414521136823	-0.0519511472232	-0.00880238590266	-0.0105522431089	0.000494205868557	6.70274309311E-6	0.121275930243	0.0233704492226	0.0162477480467	0.139010746709	0.00701383064962	0.10576570562	20.7288338171	33.9414517709	-4.53936234061
4	0.605570745601	0.0178570763896	0.0968155844391	0.264952707761	0.195789264572	0.346091269044	0.016265973279	-0.0330611921597	0.000322601265106	-0.013869711561	-0.0188702270018	0.0392008417671	-0.0211264142355	-0.046019449119	-5.93464513151E-6	0.105599528008	0.0168245245559	0.0209006797434	0.139998159609	0.00727510732185	0.12909647192	6.94492799279	33.6412607602	-1.2865028224
5	0.845697517009	0.0364698920596	0.178848234887	0.290130678729	-0.0361341026287	0.763274358468	0.02418003172	0.0557216522763	-0.12514455619	-0.0695053935525	-0.0472223086008	0.132723563643	-0.00429571223833	-0.166426696054	-0.00013574321609	0.120062421252	0.0058229050969	0.0190629918879	0.16309757455	-0.00626095675845	0.179026843333	-1.70277978472	27.1063961533	-11.4840064131
6	0.0789346410456	-0.179674824372	0.0257433500332	0.429289073969	0.106019384348	1.79990347309	0.0234402798804	0.0795449671691	-0.223520362147	0.0970069350182	-0.130522956286	0.102696624596	0.0123759569124	-0.432301493578	-0.0251705662319	0.117495613056	-0.0615948170262	-0.005405615285	0.248041814135	-0.0504567089623	0.310601790456	-8.47114729311	19.4349210646	-13.0339101793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'E' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'E' and (resid 26 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 89 through 122 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 123 through 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 212 through 296 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 297 through 316 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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