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万見
- PDB-6s8r: D. melanogaster RNA helicase Me31B in complex with GIGYF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8r
タイトルD. melanogaster RNA helicase Me31B in complex with GIGYF
要素
  • ATP-dependent RNA helicase me31b
  • GIGYF family protein CG11148
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Translation / Translational control / mRNA decay / miRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of post-transcriptional gene silencing / sensory dendrite / regulation of olfactory learning / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / regulation of neuron projection arborization / follicle cell of egg chamber development / pole cell formation / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / neuronal ribonucleoprotein granule / positive regulation of mRNA catabolic process ...positive regulation of post-transcriptional gene silencing / sensory dendrite / regulation of olfactory learning / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / regulation of neuron projection arborization / follicle cell of egg chamber development / pole cell formation / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / neuronal ribonucleoprotein granule / positive regulation of mRNA catabolic process / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / habituation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulation of defense response to virus / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / P granule / P-body assembly / muscle cell cellular homeostasis / negative regulation of cytoplasmic translation / stress granule assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron cellular homeostasis / cytoplasmic stress granule / postsynapse / RNA helicase activity / regulation of autophagy / negative regulation of translation / RNA helicase / neuronal cell body / mRNA binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. ...: / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ATP-dependent RNA helicase me31b / GIGYF family protein Gyf
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Peter, D. / Valkov, E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for GIGYF-Me31B complex assembly in 4EHP-mediated translational repression.
著者: Peter, D. / Ruscica, V. / Bawankar, P. / Weber, R. / Helms, S. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase me31b
B: GIGYF family protein CG11148
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0886
ポリマ－22,8522
非ポリマー2364
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.440, 41.960, 122.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase me31b / Maternal expression at 31B


分子量: 20004.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: me31B, CG4916 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23128, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド GIGYF family protein CG11148


分子量: 2847.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG11148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KQM6
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.15 M ammonium chloride, 16% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9996 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42 Å / Num. obs: 7712 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 27.21 Å2 / Rsym value: 0.188 / Net I/σ(I): 8.91
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 9.7 % / Num. unique obs: 522 / Rsym value: 1.06 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ANR

5anr


解像度: 2.41→39.7 Å / SU ML: 0.2761 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.1878
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 326 4.79 %
Rwork0.2028 --
obs0.2056 6800 85.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 16 35 1621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00331616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45922178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6858954
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-3.040.31971360.23022633X-RAY DIFFRACTION71.33
3.04-39.70.23891900.19343841X-RAY DIFFRACTION99.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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