PDB-5lir: Structure of the SALTY Sigma cross-reacting protein 27A (SCRP-27A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lir

タイトル

Structure of the SALTY Sigma cross-reacting protein 27A (SCRP-27A) from Salmonella typhimurium

要素

Sigma cross-reacting protein 27A (SCRP-27A)

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann fold Class I glutamine amidotransferase-like

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schneider, S. / Mandel, M. / Sieber, S.A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Natural-Product-Inspired Aminoepoxybenzoquinones Kill Members of the Gram-Negative Pathogen Salmonella by Attenuating Cellular Stress Response.
著者: Mandl, F.A. / Kirsch, V.C. / Ugur, I. / Kunold, E. / Vomacka, J. / Fetzer, C. / Schneider, S. / Richter, K. / Fuchs, T.M. / Antes, I. / Sieber, S.A.

履歴

登録	2016年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lir.cif.gz	101.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lir.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lir_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lir_full_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示
XML形式データ	5lir_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	5lir_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vhqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4e7e-4 4x30-d 6a5a-1 6dk9-3 6dka-3 1dlk-1 6bz5-1 3ozi-2 6a5a-2 3iss-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sigma cross-reacting protein 27A (SCRP-27A)

ヘテロ分子

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sigma cross-reacting protein 27A (SCRP-27A)

ヘテロ分子

A: Sigma cross-reacting protein 27A (SCRP-27A)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.662, 99.662, 52.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Sigma cross-reacting protein 27A (SCRP-27A) 分子量: 25732.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: yhbL, STM3327 / プラスミド: pET300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZLR6
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.6 40 % PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.86 Å / Num. obs: 30563 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.65
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 1.7 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / CC_1/2: 0.461 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS	Oct 15, 2015	データ削減
XDS	Oct 15, 2015	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VHQ

1vhq

解像度: 1.75→44.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 5.199 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18666	1409	4.6 %	RANDOM
R_work	0.16603	-	-	-
obs	0.16702	29153	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0.24 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→44.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1614	0	14	87	1715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.103	1.989	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.534	3	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.634	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.335	25.522	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.92	15	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.525	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.168	1.69	894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.167	1.687	893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.65	2.524	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.649	2.526	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.208	1.991	811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.197	1.991	811
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.302	2.865	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.609	14.218	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.61	14.237	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	112	-
R_work	0.376	2104	-
obs	-	-	99.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8008	2.6301	3.8615	4.7716	2.5735	5.9928	0.1024	-0.0343	-0.2408	0.2278	0.0279	-0.076	-0.0609	0.2632	-0.1304	0.0311	-0.0038	0.0295	0.0344	0.0222	0.1438	-12.0569	96.3237	66.5376
2	4.1723	0.2546	1.085	2.6938	0.8266	1.934	0.0665	0.0454	-0.0517	-0.0227	-0.0238	0.3052	-0.002	-0.1553	-0.0427	0.0036	0.0051	0.0116	0.022	0.0277	0.141	-18.3883	92.1395	61.6874
3	3.8669	2.8795	-0.3568	4.7731	-1.0864	0.2998	0.1987	-0.3159	0.2049	0.7627	-0.1167	0.4033	-0.1985	-0.0325	-0.082	0.1643	-0.0084	0.1057	0.0795	-0.0406	0.2011	-18.4506	96.1814	72.3292
4	5.5435	-1.1373	3.5671	2.2134	-1.7595	5.2107	-0.0584	0.1114	0.2868	-0.1741	0.0294	0.3728	-0.2338	-0.3826	0.029	0.0574	0.0463	-0.0314	0.0803	0.0039	0.2424	-20.3224	104.5946	57.4168
5	0.8993	-0.0152	-0.4576	1.9819	1.0037	3.2025	-0.0041	0.1094	0.1544	0.0141	0.0104	0.2453	-0.2477	-0.1497	-0.0063	0.0606	0.0211	-0.0202	0.0224	0.0159	0.173	-11.8286	109.8367	61.7745
6	5.5737	-1.7171	0.0399	6.485	3.9843	10.5909	-0.0477	0.5704	0.5152	-0.2676	-0.0068	0.2805	-0.0093	-0.3222	0.0545	0.1859	0.0066	-0.0503	0.1241	0.066	0.2238	-12.6754	112.5138	47.9172
7	1.562	0.195	0.0462	5.0326	0.2369	2.6417	-0.097	0.1495	-0.0038	-0.279	0.1307	-0.1598	-0.0794	0.1691	-0.0336	0.0221	-0.0198	0.0044	0.0282	0.0068	0.095	-3.3824	100.7922	54.7024
8	8.0907	0.1094	0.4448	7.5984	2.3912	9.6007	-0.0352	-0.4079	0.0272	0.5093	0.0743	-0.2721	-0.1577	0.5002	-0.0391	0.0683	0.0031	-0.0061	0.0579	0.0074	0.0996	1.3457	102.5313	66.929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	65 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	92 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	116 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	160 - 172
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	173 - 211
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	212 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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