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- PDB-3ozi: Crystal structure of the TIR domain from the flax disease resista... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ozi
タイトルCrystal structure of the TIR domain from the flax disease resistance protein L6
要素L6tr
キーワードPLANT PROTEIN / plant TIR domain / Signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / ADP binding / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Disease resistance protein Roq1-like, winged-helix domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Disease resistance protein Roq1-like, winged-helix domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / L6tr / Flax rust resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Linum usitatissimum (アマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ve, T. / Bernoux, M. / Williams, S. / Valkov, E. / Warren, C. / Hatters, D. / Ellis, J.G. / Dodds, P.N. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Analysis of a Plant Resistance Protein TIR Domain Reveals Interfaces for Self-Association, Signaling, and Autoregulation.
著者: Bernoux, M. / Ve, T. / Williams, S. / Warren, C. / Hatters, D. / Valkov, E. / Zhang, X. / Ellis, J.G. / Kobe, B. / Dodds, P.N.
履歴
登録2010年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L6tr
B: L6tr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9133
ポリマ－46,8542
非ポリマー591
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: L6tr
ヘテロ分子

B: L6tr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9133
ポリマ－46,8542
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1570 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.941, 102.241, 58.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

CO

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要素

#1: タンパク質 L6tr


分子量: 23427.186 Da / 分子数: 2 / 断片: TIR domain (UNP RESIDUES 29-229) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Linum usitatissimum (アマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40254, UniProt: Q9XEH0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 36% PEG 200, 0.1M sodium acetate, pH 5.2, 10mM hexammine cobalt(III) chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953693 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→55.415 Å / Num. all: 18088 / Num. obs: 18088 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.4270.3470.3212.31830926060.1290.3470.3216.799.8
2.42-2.577.40.2850.2652.81800724450.1040.2850.2658.199.7
2.57-2.757.40.2090.1943.81711823280.0760.2090.19410.499.8
2.75-2.977.30.1610.154.91570721450.0590.1610.1512.699.9
2.97-3.257.30.1160.1086.71462420050.0430.1160.10816.1100
3.25-3.647.20.0770.0719.71328518340.0290.0770.07122.299.9
3.64-4.27.10.060.05611.81155816220.0230.060.0562899.8
4.2-5.1470.0510.04712.4960713810.0190.0510.04732.8100
5.14-7.276.70.0560.05212748411090.0220.0560.05226.999.9
7.27-19.5316.50.0360.03315.439786130.0140.0360.03332.594.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 75.13 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.53 Å
Translation2.5 Å19.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JRN

3jrn


解像度: 2.3→19.296 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 918 5.09 %
Rwork0.1738 --
obs0.1766 18032 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.416 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.81 Å2 / Biso mean: 23.8765 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0834 Å20 Å2-0 Å2
2--0.3705 Å20 Å2
3----0.4539 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2796 0 1 183 2980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0013851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6771089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.42120.23941320.177324122544100
2.4212-2.57250.25351350.18472377251299
2.5725-2.77060.24011460.182224032549100
2.7706-3.04850.24511200.184324222542100
3.0485-3.48740.23031290.172424452574100
3.4874-4.38520.20381450.155224542599100
4.3852-19.29640.23061110.17882601271299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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