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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s24 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the TgGalNAc-T3 in complex with UDP, manganese and the peptide 3 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / GalNAc-Ts / GalNAc-T3 / long-range glycosylation preference / (glyco)peptides / Molecular dynamics / specificity / enzyme kinetics / FGF23 / phosphate homeostasis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein O-linked glycosylation via threonine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Taeniopygia guttata (キンカチョウ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | de las Rivas, M. / Daniel, E.J.P. / Narimatsu, Y. / Companon, I. / Kato, K. / Hermosilla, P. / Thureau, A. / Ceballos-Laita, L. / Coelho, H. / Bernado, P. ...de las Rivas, M. / Daniel, E.J.P. / Narimatsu, Y. / Companon, I. / Kato, K. / Hermosilla, P. / Thureau, A. / Ceballos-Laita, L. / Coelho, H. / Bernado, P. / Marcelo, F. / Hansen, L. / Lostao, A. / Corzana, F. / Clausen, H. / Gerken, T.A. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Molecular basis for fibroblast growth factor 23 O-glycosylation by GalNAc-T3. 著者: de Las Rivas, M. / Paul Daniel, E.J. / Narimatsu, Y. / Companon, I. / Kato, K. / Hermosilla, P. / Thureau, A. / Ceballos-Laita, L. / Coelho, H. / Bernado, P. / Marcelo, F. / Hansen, L. / ...著者: de Las Rivas, M. / Paul Daniel, E.J. / Narimatsu, Y. / Companon, I. / Kato, K. / Hermosilla, P. / Thureau, A. / Ceballos-Laita, L. / Coelho, H. / Bernado, P. / Marcelo, F. / Hansen, L. / Maeda, R. / Lostao, A. / Corzana, F. / Clausen, H. / Gerken, T.A. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s24.cif.gz | 137.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s24.ent.gz | 102.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s24.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s24 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AF
#1: タンパク質 | 分子量: 72365.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Taeniopygia guttata (キンカチョウ) 遺伝子: GALNT3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: H0ZAB5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1085.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: AT*GAGAGAGTTPGP Note that this is a monoglycopeptide and T* stands for T-O-GalNAc 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 2種, 2分子
#7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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#8: 糖 | ChemComp-NGA / |
-非ポリマー , 5種, 220分子
#3: 化合物 | ChemComp-TAM / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | ChemComp-UDP / | #6: 化合物 | ChemComp-MN / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Morpheus precipitant mix 4, nitrate phosphate buffer and Morpheus buffer System 1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→20 Å / Num. obs: 41413 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4490 / CC1/2: 0.522 / Rpim(I) all: 0.491 / % possible all: 71.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5NQA 解像度: 2.12→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.459 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.609 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.12→19.96 Å
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拘束条件 |
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