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Yorodumi- PDB-6e4r: Crystal Structure of the Drosophila Melanogaster Polypeptide N-Ac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e4r | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Drosophila Melanogaster Polypeptide N-Acetylgalactosaminyl Transferase PGANT9B | ||||||
Components | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / O-Glycosyltransferase / GT-A fold catalytic domain / Ricin B-type lectin domain / metal-dependent enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / Golgi cisterna / sexual reproduction / protein O-linked glycosylation / carbohydrate binding / Golgi membrane / Golgi apparatus / membrane / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.061 Å | ||||||
Authors | Samara, N.L. / Tabak, L.A. / Ten Hagen, K.G. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: A molecular switch orchestrates enzyme specificity and secretory granule morphology. Authors: Ji, S. / Samara, N.L. / Revoredo, L. / Zhang, L. / Tran, D.T. / Muirhead, K. / Tabak, L.A. / Ten Hagen, K.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e4r.cif.gz | 434.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e4r.ent.gz | 354 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e4r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6e4r_validation.pdf.gz | 492.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6e4r_full_validation.pdf.gz | 506.1 KB | Display | |
Data in XML | 6e4r_validation.xml.gz | 44.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6e4r_validation.cif.gz | 65.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6e4qC 1xhbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 57936.137 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: pgant9, CG30463 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / Strain (production host): SMD1168 References: UniProt: Q8MRC9, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase #2: Sugar | |
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-Non-polymers , 4 types, 726 molecules
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20% PEG3350 and 0.18 M ammonium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 4, 2017 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.06→20.07 Å / Num. obs: 76401 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 1 % / Biso Wilson estimate: 27.84 Å2 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 76401 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1XHB Resolution: 2.061→20.07 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.89 Å2 / Biso mean: 37.1941 Å2 / Biso min: 11.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.061→20.07 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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