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Yorodumi- PDB-6e4q: Crystal Structure of the Drosophila Melanogaster Polypeptide N-Ac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e4q | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Drosophila Melanogaster Polypeptide N-Acetylgalactosaminyl Transferase PGANT9A in Complex with UDP and Mn2+ | ||||||
Components | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / O-Glycosyltransferase / GT-A fold catalytic domain / Ricin B-type lectin domain / metal-dependent enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / Golgi cisterna / sexual reproduction / protein O-linked glycosylation / carbohydrate binding / Golgi membrane / Golgi apparatus / membrane / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.799 Å | ||||||
Authors | Samara, N.L. / Tabak, L.A. / Ten Hagen, K.G. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: A molecular switch orchestrates enzyme specificity and secretory granule morphology. Authors: Ji, S. / Samara, N.L. / Revoredo, L. / Zhang, L. / Tran, D.T. / Muirhead, K. / Tabak, L.A. / Ten Hagen, K.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e4q.cif.gz | 818.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e4q.ent.gz | 688.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e4q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6e4q_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6e4q_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 6e4q_validation.xml.gz | 75.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6e4q_validation.cif.gz | 101.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e4q | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 58274.699 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Catalytic domain, Ricin B-type lectin Domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: pgant9, CG30463 / Plasmid: pPICZ alpha A / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / Strain (production host): SMD1168 References: UniProt: Q8MRC9, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase #3: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 5 types, 210 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-UDP / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.38 % / Mosaicity: 0 ° |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 22% PEG3350, 0.2 M sodium malonate,20 mM strontium chloride hexahydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2017 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→19.95 Å / Num. obs: 71031 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 1 % / Biso Wilson estimate: 39.65 Å2 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 71031 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.799→19.954 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.799→19.954 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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