PDB-6s1v: Crystal structure of dimeric M-PMV protease D26N mutant in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s1v

タイトル

Crystal structure of dimeric M-PMV protease D26N mutant in complex with inhibitor

要素

Gag-Pro-Pol polyprotein
PRO-0A1-VAL-PSA-ALA-MET-THR

キーワード

HYDROLASE / Mason-Pfizer Monkey Virus / M-PMV / retrovirus / retropepsin / aspartic protease / dimerization / inhibitor / flap structure

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / dUTPase-like / dUTPase ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Wosicki, S. / Gilski, M. / Jaskolski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Comparison of a retroviral protease in monomeric and dimeric states.
著者: Wosicki, S. / Gilski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2019年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s1v.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s1v.ent.gz	82.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s1v_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s1v_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	6s1v_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	6s1v_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s1uSC 6s1wC 1az5 1bai 1ivp 2fmb 2rsp 3hvp 3liy 3slz 3sqf 4fiv 4hvp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s1u-d 1b11-1 1fiv-1 3ogp-d 5fiv-1 1q5j-1 6fiv-1 4j5j-d 3ixo-d 3s53-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/repod.6499856 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/repod.6499856

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (12) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gag-Pro-Pol polyprotein

B: Gag-Pro-Pol polyprotein

I: PRO-0A1-VAL-PSA-ALA-MET-THR

26.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.947, 29.504, 85.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 108 / Label seq-ID: 1 - 108

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Gag-Pro-Pol polyprotein / Pr180 分子量: 12963.964 Da / 分子数: 2 / 変異: D26N; ENGINEERED MUTATION / 由来タイプ: 組換発現詳細: Gaps in the sequence indicate residues that were not modeled because of poor electron density 由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) 遺伝子: gag-pro-pol / プラスミド: pBPS13ATG 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, DNA- ...参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	PRO-0A1-VAL-PSA-ALA-MET-THR 分子量: 886.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: In the standard definition used by Refmac, the Cgamma atom of the PSA residue is labeled as CA. In the PDB Validation Report this label is interpreted as Calpha causing geometrical alerts. ...詳細: In the standard definition used by Refmac, the Cgamma atom of the PSA residue is labeled as CA. In the PDB Validation Report this label is interpreted as Calpha causing geometrical alerts. These alerts are false and should be ignored. 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.378 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 % / 解説: plate
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein solution: 5.0 mg/mL protein with 1.4-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-0A1-Val-PSA-Ala-Met-Thr (inhibitor), 5 mM TCEP, 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir ...詳細: Protein solution: 5.0 mg/mL protein with 1.4-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-0A1-Val-PSA-Ala-Met-Thr (inhibitor), 5 mM TCEP, 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate buffer, 25% propan-2-ol, 5 mM TCEP;

結晶

マシュー密度: 2.378 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 % / 解説: plate

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein solution: 5.0 mg/mL protein with 1.4-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-0A1-Val-PSA-Ala-Met-Thr (inhibitor), 5 mM TCEP, 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月28日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→48.91 Å / Num. obs: 30408 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.65 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.36
反射シェル	解像度: 1.64→1.74 Å / 冗長度: 3.56 % / R_merge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 4819 / CC_1/2: 0.568 / R_rim(I) all: 0.97 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0232	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S1U, chain A

6s1u

解像度: 1.64→48.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.119 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22018	1004	3.3 %	RANDOM
R_work	0.1787	-	-	-
obs	0.18006	29403	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	-0 Å²	-0.82 Å²
2-	-	-0.76 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1733	0	0	157	1890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.64	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.36	1.574	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.619	5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.882	25.405	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.046	15	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.397	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.754	2.889	876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.749	2.881	875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.144	4.27	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.142	4.28	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.463	3.292	947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.454	3.292	947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.247	4.807	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.846	34.702	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.831	34.274	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3031 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.637→1.679 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	71	-
R_work	0.358	2075	-
obs	-	-	96.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8271	4.531	-0.3473	9.7345	5.6437	4.8207	-0.1221	-0.5033	0.1436	1.046	0.08	0.1448	0.9385	0.3313	0.0422	0.3002	0.1	-0.0246	0.1251	0.0304	0.0435	23.5791	-4.9519	22.1589
2	0.0836	0.1605	-0.3882	0.4614	-0.5449	3.591	0.0211	0.0179	-0.0197	0.0711	-0.0465	-0.0323	0.1564	-0.0146	0.0254	0.1868	-0.0032	0.0139	0.0866	0.0031	0.0399	12.6994	-3.7631	30.2615
3	1.5662	-0.8067	-1.7867	1.2212	0.1831	2.7616	0.1845	0.1291	-0.1497	-0.1302	-0.2075	0.2816	-0.0882	-0.0757	0.023	0.1983	-0.0592	0.0563	0.1365	-0.0746	0.1078	-0.0786	1.9045	33.1028
4	0.686	0.5353	-0.2513	15.2032	-9.7481	6.263	-0.3427	0.0296	0.2029	0.0314	0.4356	0.1876	-0.0679	-0.2748	-0.0929	0.2156	-0.0411	-0.0608	0.1716	0.0146	0.1175	-3.6039	7.3008	24.2011
5	3.87	-0.609	1.5694	1.3532	-0.0106	0.6877	-0.0806	0.1214	0.1054	0.2202	-0.0082	0.0883	0.0182	0.038	0.0888	0.2596	-0.0137	0.0606	0.0447	-0.0323	0.0794	11.4083	3.0724	38.587
6	0.6255	-0.6601	-0.5467	0.818	0.7902	2.2055	0.0086	0.0463	-0.0683	0.1307	0.038	0.1162	-0.1321	0.1819	-0.0466	0.2959	0.0031	0.0732	0.1098	0.0263	0.0636	12.2638	2.4706	27.3876
7	3.1517	1.9947	-4.252	1.3322	-2.7034	5.7421	0.0833	-0.1685	-0.1244	0.1006	-0.2235	-0.04	-0.1144	0.2432	0.1402	0.1115	-0.0707	-0.035	0.2165	-0.0367	0.1418	25.4564	7.8891	19.7223
8	0.07	0.3112	-0.087	1.7495	-0.5586	0.1926	0.0222	0.0167	-0.0145	0.2286	-0.0603	-0.1285	-0.098	0.0298	0.0381	0.0764	-0.0167	0.0049	0.116	0.0088	0.1428	18.4858	9.5329	9.1592
9	0.5331	0.0019	-0.0646	1.061	0.3338	0.7868	0.0569	0.048	0.0834	0.1124	-0.0131	0.1089	-0.0514	-0.1197	-0.0438	0.0285	0.0065	0.0244	0.1355	0.0066	0.1253	10.2973	4.5857	4.11
10	3.1264	-1.3585	2.5321	1.1434	-1.7638	2.8473	0.3315	-0.2267	-0.1352	0.0747	0.0426	0.2844	0.0032	-0.1067	-0.3741	0.1457	-0.1156	0.0753	0.2229	0.0133	0.2061	0.5576	-4.498	9.2141
11	0.9978	-0.0871	-0.4469	0.674	0.3219	0.3335	0.0259	0.0075	-0.1115	0.0028	-0.0407	-0.0134	-0.0185	-0.0535	0.0148	0.0167	0.0089	0.0163	0.13	0.0119	0.1403	14.9135	1.1484	2.334
12	0.3046	0.0344	-0.1248	1.1299	0.5181	0.5992	0.0384	-0.1199	0.01	0.042	0.0176	-0.0043	0.0944	0.095	-0.056	0.0718	0.0005	0.0289	0.1426	-0.0022	0.0931	19.6617	1.1605	14.4333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	31 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	53 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	62 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	81 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 5
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	6 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	20 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	49 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	61 - 88
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	89 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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