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万見
- PDB-6s11: Crystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s11
タイトルCrystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE / Kinase / catalytic domain / phosphorylated
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / amyloid-beta formation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / amyloid-beta formation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / circadian rhythm / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KQE / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.445 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Redondo, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Kinase Scaffold Repurposing in the Public Domain
著者: Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Elkins, J.M. / Ward, S.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9115
ポリマ－84,1632
非ポリマー7483
水7,152397
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4733
ポリマ－42,0821
非ポリマー3922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4382
ポリマ－42,0821
非ポリマー3561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.615, 168.615, 62.154
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 136 through 137 and (name N...
21(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRASNASN(chain A and ((resid 136 through 137 and (name N...AA136 - 13712 - 13
12LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 136 through 137 and (name N...AA134 - 48010 - 356
13LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 136 through 137 and (name N...AA134 - 48010 - 356
14LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 136 through 137 and (name N...AA134 - 48010 - 356
21TYRTYRASPASP(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...BB136 - 17812 - 54
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...BB17955
23TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...BB136 - 48012 - 356
24TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...BB136 - 48012 - 356
25TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...BB136 - 48012 - 356
26TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...BB136 - 48012 - 356
27TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid 136 through 178 or (resid 179...BB136 - 48012 - 356

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-KQE / 6-pyridin-4-yl-3-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]imidazo[1,2-b]pyridazine


分子量: 356.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H11F3N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG6000 -- 10% ethylene glycol -- 0.2M ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→84.31 Å / Num. obs: 37660 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.273 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.29 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 343840 / Scaling rejects: 114
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.547.81.0453304742230.6310.3971.1192.9100
8.82-84.318.60.06574688650.9980.0230.06918.599.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.66 Å84.31 Å
Translation6.66 Å84.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nct

4nct


解像度: 2.445→84.308 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 1897 5.04 %
Rwork0.1708 35736 -
obs0.1728 37633 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.64 Å2 / Biso mean: 36.0879 Å2 / Biso min: 8.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.445→84.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5324 0 53 397 5774
Biso mean--28.32 36.38 -
残基数----673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0387513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.33999
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2919X-RAY DIFFRACTION9.882TORSIONAL
12B2919X-RAY DIFFRACTION9.882TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.445-2.50610.2731370.21925432680
2.5061-2.57390.25461460.20725202666
2.5739-2.64970.24141160.191125392655
2.6497-2.73520.24991170.191225472664
2.7352-2.83290.24121510.189325402691
2.8329-2.94640.19591340.171625332667
2.9464-3.08050.22521310.172525252656
3.0805-3.24290.18281430.169525502693
3.2429-3.44610.21611240.170225602684
3.4461-3.71210.19891260.155825322658
3.7121-4.08570.19741530.146825612714
4.0857-4.67690.18151520.140325452697
4.6769-5.89220.20921270.166325792706
5.8922-84.35760.19421400.187626622802
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.49550.6820.4672.61511.07232.1947-0.0420.115-0.1464-0.13380.401-0.44440.09610.1843-0.17860.22360.01160.00170.2946-0.03990.179379.6172-65.3706-17.9131
21.7008-0.4787-0.12781.0777-0.10261.28230.04430.09170.20830.0615-0.0433-0.0941-0.11090.0934-0.01340.0964-0.01590.01830.1877-0.00370.097774.104-57.8256-11.5096
32.7255-0.446-0.09752.7414-0.33542.92960.034-0.13170.57050.2981-0.0478-0.2472-0.54950.0246-0.01060.1445-0.0758-0.00170.2578-0.04910.153557.4484-51.692-10.6717
40.6685-0.0031-0.01080.2318-0.22251.13740.03530.0275-0.02840.0177-0.03430.0340.05460.08950.00410.1259-0.04260.03090.145-0.01940.132461.9955-57.9504-0.5994
50.5340.24740.23260.8675-0.05950.2854-0.0325-0.0804-0.15640.00170.0653-0.08810.0794-0.0652-0.01570.1295-0.0510.03080.1819-0.01490.100251.2132-71.12956.1238
62.32840.8059-1.59751.3958-0.04692.38380.02040.1161-0.40290.0257-0.0335-0.03090.0023-0.06840.02680.2146-0.0877-0.02030.2073-0.01760.13738.1282-82.55445.0002
70.85160.14520.25490.7863-0.17511.16550.1019-0.14210.03950.2169-0.00030.0067-0.1096-0.0261-0.0320.1439-0.06190.03760.1988-0.02290.102350.5252-63.70117.5104
82.559-0.0141-0.4361.4833-0.64281.44470.0316-0.051-0.5559-0.1648-0.1693-0.28780.07780.31340.09020.211-0.0259-0.06020.349-0.01280.362878.1371-85.175525.9851
90.64510.3479-0.50450.2546-0.31160.39770.0231-0.0668-1.1638-0.40950.10770.24350.6874-0.21180.22350.4663-0.1623-0.25090.35730.1620.987458.5773-102.865333.4208
100.5088-0.3642-0.20521.4692-0.2720.98990.1561-0.7177-0.41980.4576-0.12710.13080.17940.06970.07920.3438-0.0953-0.02520.60790.22690.585559.64-91.350246.3904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 134:157)A134 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 158:198)A158 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 199:219)A199 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 220:321)A220 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 322:382)A322 - 382
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 383:408)A383 - 408
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 412:480)A412 - 480
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 136:308)B136 - 308
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 309:427)B309 - 427
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 428:480)B428 - 480

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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