PDB-6s0v: The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Stre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s0v

タイトル

The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Streptomyces kanamyceticus in complex with nickel, neamine and sulfate

要素

Kanamycin B dioxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / non-heme iron dioxygenase / alpha-ketoglutarate dioxygenase / Kanamycin biosynthesis / KanJ / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

kanamycin B dioxygenase / kanamycin biosynthetic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Mrugala, B. / Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Borowski, T.

資金援助

ポーランド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)-an enzyme with a broad range of substrates.
著者: Mrugala, B. / Milaczewska, A. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Guzik, M. / Minor, W. / Borowski, T.

履歴

登録	2019年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2020年11月25日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s0v.cif.gz	660.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s0v.ent.gz	552.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s0v_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s0v_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6s0v_validation.xml.gz	59 KB	表示
CIF形式データ	6s0v_validation.cif.gz	79.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s0rC 6s0sC 6s0tSC 6s0uC 6s0wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s0r-4 1jen-2 6s0s-5 6s0r-6 6s0u-3 4awn-d 2xmr-1 6s0s-1 6s0u-6 6s0w-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kanamycin B dioxygenase

B: Kanamycin B dioxygenase

C: Kanamycin B dioxygenase

D: Kanamycin B dioxygenase

E: Kanamycin B dioxygenase

F: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

195 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.467, 185.250, 110.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	2 - 282	5 - 285
2	1	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	2 - 282	5 - 285
1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	2 - 276	5 - 279
2	2	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	2 - 276	5 - 279
1	3	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	2 - 282	5 - 285
2	3	ALA	ALA	PHE	PHE	D	D	2 - 282	5 - 285
1	4	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	3 - 272	6 - 275
2	4	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	3 - 272	6 - 275
1	5	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	2 - 282	5 - 285
2	5	ALA	ALA	PHE	PHE	F	F	2 - 282	5 - 285
1	6	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 276	4 - 279
2	6	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 276	4 - 279
1	7	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 284	4 - 287
2	7	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 284	4 - 287
1	8	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	3 - 272	6 - 275
2	8	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	3 - 272	6 - 275
1	9	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 284	4 - 287
2	9	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 284	4 - 287
1	10	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	0 - 276	3 - 279
2	10	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	0 - 276	3 - 279
1	11	LEU	LEU	ASP	ASP	C	C	3 - 272	6 - 275
2	11	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	3 - 272	6 - 275
1	12	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 276	4 - 279
2	12	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 276	4 - 279
1	13	LEU	LEU	ASP	ASP	D	D	3 - 272	6 - 275
2	13	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	3 - 272	6 - 275
1	14	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 284	4 - 287
2	14	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 284	4 - 287
1	15	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	3 - 272	6 - 275
2	15	LEU	LEU	ASP	ASP	F	F	3 - 272	6 - 275

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Kanamycin B dioxygenase / Kanamycin biosynthesis protein J 分子量: 31841.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌) 遺伝子: kanJ, kacB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): MAGIC / 参照: UniProt: Q6L732, kanamycin B dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 糖	ChemComp-XXX / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside / (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRA N-3,4-DIOL / NEOMYCIN A / NEAMINE / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucoside タイプ: D-saccharide / 分子量: 322.358 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 of 28% PEG4000 (w/v), 0.5 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.1 M sodium acetate and 15mg/ml protein in 0.05 M bis-tris methane, 0.15 M NaCl; soaked with 0.02 M neamine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97938 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日 / 詳細: Bimorph K-B pair
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.54 Å / Num. obs: 40424 / % possible obs: 90.74 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / R_merge(I) obs: 0.947 / Num. unique obs: 2006 / CC_1/2: 0.661

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 6S0T

6s0t

解像度: 3→48.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 41.197 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.448 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22824	1793	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19973	-	-	-
obs	0.20112	34821	90.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.168 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	-0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13104	0	228	145	13477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	13751
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	12483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.647	18895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.337	1.57	28996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.568	5	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.501	21.547	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.403	15	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.412	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	15166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.584	3.897	6720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.584	3.897	6719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.794	5.837	8386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.794	5.837	8387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.734	4.164	7031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.734	4.165	7032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.752	6.186	10510
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.524	74.487	55909
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.526	74.488	55907
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8703	0.09
1	2	B	8703	0.09
2	1	A	8557	0.09
2	2	C	8557	0.09
3	1	A	8685	0.08
3	2	D	8685	0.08
4	1	A	8492	0.07
4	2	E	8492	0.07
5	1	A	8639	0.09
5	2	F	8639	0.09
6	1	B	8549	0.09
6	2	C	8549	0.09
7	1	B	8624	0.09
7	2	D	8624	0.09
8	1	B	8473	0.07
8	2	E	8473	0.07
9	1	B	8712	0.1
9	2	F	8712	0.1
10	1	C	8622	0.09
10	2	D	8622	0.09
11	1	C	8502	0.08
11	2	E	8502	0.08
12	1	C	8568	0.1
12	2	F	8568	0.1
13	1	D	8501	0.07
13	2	E	8501	0.07
14	1	D	8765	0.09
14	2	F	8765	0.09
15	1	E	8529	0.07
15	2	F	8529	0.07

LS精密化シェル

解像度: 3.002→3.079 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	71	-
R_work	0.292	1532	-
obs	-	-	54.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8973	0.4551	-0.067	2.2808	-0.3981	2.0694	0.1474	-0.068	0.1834	-0.2366	-0.2369	0.1498	-0.0144	-0.0463	0.0895	0.0886	0.0459	0.0655	0.1561	-0.021	0.2386	40.197	44.59	68.486
2	0.5829	-0.1282	0.0654	1.2482	-0.312	0.9514	0.101	0.0534	-0.0953	0.1858	-0.007	0.0848	-0.067	-0.0277	-0.0941	0.1122	-0.015	0.0999	0.0955	-0.0093	0.2304	35.677	22.678	141.224
3	0.4103	0.2867	0.2631	2.2719	0.2688	2.1951	0.0353	0.0913	0.0608	0.5568	-0.0609	-0.1158	0.3085	0.1554	0.0256	0.2626	0.0526	-0.0399	0.0929	-0.0256	0.1667	26.167	65.97	131.544
4	1.3634	-0.0446	0.1525	1.3255	0.0861	1.7588	-0.0555	0.1296	-0.0756	0.1735	-0.008	-0.0742	0.0234	-0.0065	0.0635	0.1031	0.0076	0.1119	0.0711	0.0026	0.1914	2.989	39.764	105.42
5	1.2171	-0.0356	-0.2026	0.5527	-0.0048	2.9727	0.0091	-0.0572	-0.099	0.1063	0.0774	-0.041	-0.2978	0.2604	-0.0865	0.134	-0.0599	-0.0317	0.065	0.0271	0.2071	15.164	6.05	67.158
6	1.3703	-0.9346	0.6764	2.2519	-1.8186	3.9729	0.3439	-0.0067	-0.1721	-0.4408	0.0256	0.2341	0.5882	0.1485	-0.3695	0.1688	0.0071	-0.0298	0.0139	-0.0308	0.2414	11.46	81.657	93.454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 283
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 284
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 273
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 285

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)