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Yorodumi- PDB-6s0w: The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Stre... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s0w | |||||||||
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Title | The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Streptomyces kanamyceticus in complex with nickel and kanamycin B sulfate | |||||||||
Components | Kanamycin B dioxygenase | |||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / non-heme iron dioxygenase / alpha-ketoglutarate dioxygenase / Kanamycin biosynthesis / KanJ / OXIDOREDUCTASE / kanamycin B | |||||||||
Function / homology | kanamycin B dioxygenase / kanamycin biosynthetic process / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Chem-9CS / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Kanamycin B dioxygenase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptomyces kanamyceticus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.36 Å | |||||||||
Authors | Mrugala, B. / Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
Funding support | Poland, United States, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021 Title: A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)-an enzyme with a broad range of substrates. Authors: Mrugala, B. / Milaczewska, A. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Guzik, M. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s0w.cif.gz | 689.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s0w.ent.gz | 575.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s0w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6s0rC 6s0sC 6s0tSC 6s0uC 6s0vC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
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