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Yorodumi- PDB-6s0s: The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Stre... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s0s | |||||||||
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Title | The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Streptomyces kanamyceticus in complex with nickel, ribostamycin B and 2-oxoglutarate | |||||||||
Components | Kanamycin B dioxygenase | |||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / non-heme iron dioxygenase / alpha-ketoglutarate dioxygenase / Kanamycin biosynthesis / KanJ / OXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate / ribostamycin B | |||||||||
Function / homology | Function and homology information kanamycin B dioxygenase / kanamycin biosynthetic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptomyces kanamyceticus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Mrugala, B. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
Funding support | Poland, United States, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021 Title: A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)-an enzyme with a broad range of substrates. Authors: Mrugala, B. / Milaczewska, A. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Guzik, M. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s0s.cif.gz | 677.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s0s.ent.gz | 566.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s0s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6s0s_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6s0s_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | |
Data in XML | 6s0s_validation.xml.gz | 61.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6s0s_validation.cif.gz | 85.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6s0rC 6s0tSC 6s0uC 6s0vC 6s0wC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
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-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
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