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Yorodumi- PDB-6s0t: The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Stre... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6s0t | |||||||||
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| Title | The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Streptomyces kanamyceticus in complex with nickel, sulfate, soaked with iodide | |||||||||
Components | Kanamycin B dioxygenase | |||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / non-heme iron dioxygenase / alpha-ketoglutarate dioxygenase / Kanamycin biosynthesis / KanJ / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationkanamycin B dioxygenase / kanamycin biosynthetic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Streptomyces kanamyceticus (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Mrugala, B. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Cymborowski, M.T. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
| Funding support | Poland, United States, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021Title: A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)-an enzyme with a broad range of substrates. Authors: Mrugala, B. / Milaczewska, A. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Guzik, M. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6s0t.cif.gz | 702.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6s0t.ent.gz | 583.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6s0t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6s0t_validation.pdf.gz | 9.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6s0t_full_validation.pdf.gz | 9.5 MB | Display | |
| Data in XML | 6s0t_validation.xml.gz | 74.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6s0t_validation.cif.gz | 111.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0t | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6s0rSC ![]() 6s0sC ![]() 6s0uC ![]() 6s0vC ![]() 6s0wC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Assembly
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
|
Movie
Controller
Components
About Yorodumi



Streptomyces kanamyceticus (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Poland,
United States, 2items
Citation














PDBj





