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Yorodumi- PDB-6s0r: The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Stre... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s0r | |||||||||
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Title | The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Streptomyces kanamyceticus complex with nickel, sulfate and chloride | |||||||||
Components | Kanamycin B dioxygenase | |||||||||
Keywords | ANTIBIOTIC / non-heme iron dioxygenase / alpha-ketoglutarate dioxygenase / Kanamycin biosynthesis / KanJ / kanamycin OXIDOREDUCTASE | |||||||||
Function / homology | kanamycin B dioxygenase / kanamycin biosynthetic process / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / NICKEL (II) ION / Kanamycin B dioxygenase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptomyces kanamyceticus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Mrugala, B. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Cymborowski, M.T. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
Funding support | Poland, United States, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021 Title: A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)-an enzyme with a broad range of substrates. Authors: Mrugala, B. / Milaczewska, A. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Guzik, M. / Minor, W. / Borowski, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s0r.cif.gz | 677.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s0r.ent.gz | 566.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s0r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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Summary document | 6s0r_validation.pdf.gz | 8.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6s0r_full_validation.pdf.gz | 8.6 MB | Display | |
Data in XML | 6s0r_validation.xml.gz | 63.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6s0r_validation.cif.gz | 90.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0r | HTTPS FTP |
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Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
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