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- PDB-6rop: KS-MAT DI-DOMAIN OF MOUSE FAS WITH OCTANOYL COA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rop
タイトルKS-MAT DI-DOMAIN OF MOUSE FAS WITH OCTANOYL COA
要素Fatty acid synthase
キーワードTRANSFERASE / MOUSE FATTY-ACID-SYNTHASE KS-MAT
機能・相同性
機能・相同性情報


Fatty acyl-CoA biosynthesis / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / tissue development / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase ...Fatty acyl-CoA biosynthesis / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / tissue development / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / host-mediated perturbation of viral process / response to caloric restriction / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / acetyl-CoA metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / mammary gland development / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / epithelial cell development / fatty acid synthase activity / lipid biosynthetic process / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to nutrient / cellular response to interleukin-4 / fatty acid biosynthetic process / melanosome / inflammatory response / Golgi apparatus / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1960 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Zinc-binding dehydrogenase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase ...Helix Hairpins - #1960 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Zinc-binding dehydrogenase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Helix Hairpins / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOYL-COENZYME A / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Paithankar, K.S. / Rittner, A. / Grininger, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other governmentLOEWE programm MegaSyn ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Type I fatty acid synthase trapped in the octanoyl-bound state.
著者: Rittner, A. / Paithankar, K.S. / Himmler, A. / Grininger, M.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase
B: Fatty acid synthase
C: Fatty acid synthase
D: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,35510
ポリマ－368,7404
非ポリマー1,6156
水00
1
A: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3292
ポリマ－92,1851
非ポリマー1441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3292
ポリマ－92,1851
非ポリマー1441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3292
ポリマ－92,1851
非ポリマー1441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3674
ポリマ－92,1851
非ポリマー1,1823
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.440, 354.110, 218.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Fatty acid synthase


分子量: 92185.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fasn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19096, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3- ...参照: UniProt: P19096, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific), oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)


分子量: 144.211 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CO8 / OCTANOYL-COENZYME A


分子量: 893.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 % w/v PEG 3350 0.2M Ammonium acteate 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48 Å / Num. obs: 153255 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 7640 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.6 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDS0.5.1データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5my0

5my0


解像度: 2.7→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.203 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.271 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23269 7707 5 %RANDOM
Rwork0.18444 ---
obs0.18688 145548 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 78.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.68 Å20 Å2
3----4.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25662 0 102 0 25764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01326345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01724472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.63535831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2361.56656870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.69453373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53222.3241252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.21154247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.83315159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.23406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0229638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1438.3613519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1438.3613518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.14612.53916883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.14612.53916884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0688.81412826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.0688.81412827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.25413.05618949
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.34799.328126
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.34799.30228127
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 525 -
Rwork0.369 10639 -
obs--98.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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