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- PDB-2ipb: Crystal structure of T159D mutant of S. Typhimurium PhoN protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ipb
タイトルCrystal structure of T159D mutant of S. Typhimurium PhoN protein
要素Class A nonspecific acid phosphatase PhoN
キーワードHYDROLASE / Class-A bacterial non-specific acid phosphatase / T159D mutant of the PhoN protein
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Acid phosphatase, class A, bacterial, conserved site / Class A bacterial acid phosphatases signature. / Acid phosphatase, class A, bacterial / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Makde, R.D. / Kumar, V.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure and Mutational Analysis of the PhoN Protein of Salmonella typhimurium Provide Insight into Mechanistic Details
著者: Makde, R.D. / Mahajan, S.K. / Kumar, V.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of recombinant class A non-specific acid phosphatase of Salmonella typhimurium
著者: Makde, R.D. / Kumar, V. / Rao, A.S. / Yadava, V.S. / Mahajan, S.K.
#2: ジャーナル: Biomol.Eng. / 年: 2006
タイトル: Protein engineering of class-A non-specific acid phosphatase (PhoN) of Salmonella typhimurium: modulation of the pH-activity profile
著者: Makde, R.D. / Dikshit, K. / Kumar, V.
履歴
登録2006年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN
B: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN
C: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN
D: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6534
ポリマ－104,6534
非ポリマー00
水5,278293
1
A: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN
B: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3272
ポリマ－52,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
2
C: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN
D: Class A nonspecific acid phosphatase PhoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3272
ポリマ－52,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.273, 45.113, 112.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細A dimer is the known biologically active state of the PhoN protein of Salmonella Typhimurium. The entry contains crystallographic asymmetric unit consisting of four chains (two dimers). Chains A and B form one dimer while chains C and D form the other dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Class A nonspecific acid phosphatase PhoN / PhoN protein


分子量: 26163.316 Da / 分子数: 4 / 変異: T159D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: MD6001 isolate / 遺伝子: phoN / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71EB8, acid phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG-6000, 25mM potassium chloride, 5mM magnesium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200HB / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→30 Å / Num. all: 43054 / Num. obs: 43054 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 4944 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345345DTBデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2A96

2a96


解像度: 2.23→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.322 / SU ML: 0.136 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2167 5 %RANDOM
Rwork0.151 ---
all0.154 40837 --
obs0.154 40837 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: Babinet model with mask
原子変位パラメータBiso mean: 29.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å20.63 Å21.43 Å2
2--0 Å20.43 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.271 Å
Luzzati sigma a-0.136 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7012 0 0 293 7305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227208
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9291.9519774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4215872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46223.516364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.062151174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.831560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.33118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.54985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.5661
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.02924479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.10237054
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25123107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.44832720
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.232→2.29 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 133 -
Rwork0.175 2759 -
obs-2759 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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