PDB-6rlm: Crystal structure of AT1412dm Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rlm

タイトル

Crystal structure of AT1412dm Fab fragment

要素

AT1412dm Fab (Heavy Chain)
AT1412dm Fab (Light Chain)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / CD9-binding / affinity-improvement

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Neviani, V. / Pearce, N.M. / Pos, W. / Schotte, R. / Spits, H. / Gros, P.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of a homo-dimerization site in tetraspanin CD9 targeted by a melanoma patient-derived antibody
著者: Neviani, V. / Pos, W. / Schotte, R. / Wagner, K. / Go, D.M. / Fatmawati, C. / Kedde, M. / Claassen, Y.B. / Kroon-Batenburg, L. / Lutz, M. / Verdegaal, E.M.E. / van der Burg, S.H. / Spits, H. / Gros, P.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rlm.cif.gz	651.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rlm.ent.gz	535.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rlm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rlm_validation.pdf.gz	538.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rlm_full_validation.pdf.gz	565.5 KB	表示
XML形式データ	6rlm_validation.xml.gz	107.3 KB	表示
CIF形式データ	6rlm_validation.cif.gz	148.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rloC 5i1dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mv3-6 6kdi-d 5i1i-d 1t4k-1 5tdp-2 4x80-d 3ojd-d 2adj-d 3ejz-3 6dc7-2 3qpx-d 6rlm-6 3iet-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

B: AT1412dm Fab (Light Chain)

C: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

D: AT1412dm Fab (Light Chain)

E: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

F: AT1412dm Fab (Light Chain)

G: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

H: AT1412dm Fab (Light Chain)

I: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

J: AT1412dm Fab (Light Chain)

K: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

L: AT1412dm Fab (Light Chain)

M: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

N: AT1412dm Fab (Light Chain)

O: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

P: AT1412dm Fab (Light Chain)

ヘテロ分子

389 kDa, 16 ポリマー
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1

A: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

B: AT1412dm Fab (Light Chain)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

D: AT1412dm Fab (Light Chain)

ヘテロ分子

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48.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

F: AT1412dm Fab (Light Chain)

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4

G: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

H: AT1412dm Fab (Light Chain)

ヘテロ分子

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48.6 kDa, 2 ポリマー
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5

I: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

J: AT1412dm Fab (Light Chain)

ヘテロ分子

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48.6 kDa, 2 ポリマー
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6

K: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

L: AT1412dm Fab (Light Chain)

ヘテロ分子

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7

M: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

N: AT1412dm Fab (Light Chain)

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48.5 kDa, 2 ポリマー
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8

O: AT1412dm Fab (Heavy Chain)

P: AT1412dm Fab (Light Chain)

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48.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	224.909, 238.594, 209.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	2 - 229	2 - 221
2	1	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	2 - 229	2 - 221
1	2	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	2 - 229	2 - 221
2	2	VAL	VAL	LYS	LYS	E	E	2 - 229	2 - 221
1	3	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	2 - 228	2 - 220
2	3	VAL	VAL	PRO	PRO	G	G	2 - 228	2 - 220
1	4	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	2 - 229	2 - 221
2	4	VAL	VAL	LYS	LYS	I	I	2 - 229	2 - 221
1	5	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	2 - 228	2 - 220
2	5	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	2 - 228	2 - 220
1	6	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	2 - 229	2 - 221
2	6	VAL	VAL	LYS	LYS	M	M	2 - 229	2 - 221
1	7	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	2 - 228	2 - 220
2	7	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	2 - 228	2 - 220
1	8	ILE	ILE	GLY	GLY	B	B	2 - 228	2 - 218
2	8	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	2 - 228	2 - 218
1	9	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	1 - 229	1 - 219
2	9	ASP	ASP	GLU	GLU	F	F	1 - 229	1 - 219
1	10	ILE	ILE	GLY	GLY	B	B	2 - 228	2 - 218
2	10	ILE	ILE	GLY	GLY	H	H	2 - 228	2 - 218
1	11	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	1 - 229	1 - 219
2	11	ASP	ASP	GLU	GLU	J	J	1 - 229	1 - 219
1	12	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	1 - 229	1 - 219
2	12	ASP	ASP	GLU	GLU	L	L	1 - 229	1 - 219
1	13	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	1 - 229	1 - 219
2	13	ASP	ASP	GLU	GLU	N	N	1 - 229	1 - 219
1	14	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	1 - 229	1 - 219
2	14	ASP	ASP	GLU	GLU	P	P	1 - 229	1 - 219
1	15	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	2 - 229	2 - 221
2	15	VAL	VAL	LYS	LYS	E	E	2 - 229	2 - 221
1	16	VAL	VAL	GLU	GLU	C	C	2 - 227	2 - 219
2	16	VAL	VAL	GLU	GLU	G	G	2 - 227	2 - 219
1	17	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	2 - 229	2 - 221
2	17	VAL	VAL	LYS	LYS	I	I	2 - 229	2 - 221
1	18	VAL	VAL	PRO	PRO	C	C	2 - 228	2 - 220
2	18	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	2 - 228	2 - 220
1	19	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	2 - 229	2 - 221
2	19	VAL	VAL	LYS	LYS	M	M	2 - 229	2 - 221
1	20	VAL	VAL	PRO	PRO	C	C	2 - 228	2 - 220
2	20	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	2 - 228	2 - 220
1	21	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	2 - 228	2 - 218
2	21	ILE	ILE	GLY	GLY	F	F	2 - 228	2 - 218
1	22	ILE	ILE	GLU	GLU	D	D	2 - 229	2 - 219
2	22	ILE	ILE	GLU	GLU	H	H	2 - 229	2 - 219
1	23	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	2 - 228	2 - 218
2	23	ILE	ILE	GLY	GLY	J	J	2 - 228	2 - 218
1	24	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	2 - 228	2 - 218
2	24	ILE	ILE	GLY	GLY	L	L	2 - 228	2 - 218
1	25	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	2 - 228	2 - 218
2	25	ILE	ILE	GLY	GLY	N	N	2 - 228	2 - 218
1	26	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	2 - 228	2 - 218
2	26	ILE	ILE	GLY	GLY	P	P	2 - 228	2 - 218
1	27	VAL	VAL	PRO	PRO	E	E	2 - 228	2 - 220
2	27	VAL	VAL	PRO	PRO	G	G	2 - 228	2 - 220
1	28	VAL	VAL	PRO	PRO	E	E	2 - 228	2 - 220
2	28	VAL	VAL	PRO	PRO	I	I	2 - 228	2 - 220
1	29	VAL	VAL	PRO	PRO	E	E	2 - 228	2 - 220
2	29	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	2 - 228	2 - 220
1	30	VAL	VAL	LYS	LYS	E	E	2 - 229	2 - 221
2	30	VAL	VAL	LYS	LYS	M	M	2 - 229	2 - 221
1	31	VAL	VAL	PRO	PRO	E	E	2 - 228	2 - 220
2	31	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	2 - 228	2 - 220
1	32	ILE	ILE	GLY	GLY	F	F	2 - 228	2 - 218
2	32	ILE	ILE	GLY	GLY	H	H	2 - 228	2 - 218
1	33	ASP	ASP	GLU	GLU	F	F	1 - 229	1 - 219
2	33	ASP	ASP	GLU	GLU	J	J	1 - 229	1 - 219
1	34	ASP	ASP	GLU	GLU	F	F	1 - 229	1 - 219
2	34	ASP	ASP	GLU	GLU	L	L	1 - 229	1 - 219
1	35	ASP	ASP	GLU	GLU	F	F	1 - 229	1 - 219
2	35	ASP	ASP	GLU	GLU	N	N	1 - 229	1 - 219
1	36	ASP	ASP	GLU	GLU	F	F	1 - 229	1 - 219
2	36	ASP	ASP	GLU	GLU	P	P	1 - 229	1 - 219
1	37	VAL	VAL	PRO	PRO	G	G	2 - 228	2 - 220
2	37	VAL	VAL	PRO	PRO	I	I	2 - 228	2 - 220
1	38	VAL	VAL	PRO	PRO	G	G	2 - 228	2 - 220
2	38	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	2 - 228	2 - 220
1	39	VAL	VAL	PRO	PRO	G	G	2 - 228	2 - 220
2	39	VAL	VAL	PRO	PRO	M	M	2 - 228	2 - 220
1	40	VAL	VAL	PRO	PRO	G	G	2 - 228	2 - 220
2	40	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	2 - 228	2 - 220
1	41	ILE	ILE	GLY	GLY	H	H	2 - 228	2 - 218
2	41	ILE	ILE	GLY	GLY	J	J	2 - 228	2 - 218
1	42	ILE	ILE	GLY	GLY	H	H	2 - 228	2 - 218
2	42	ILE	ILE	GLY	GLY	L	L	2 - 228	2 - 218
1	43	ILE	ILE	GLY	GLY	H	H	2 - 228	2 - 218
2	43	ILE	ILE	GLY	GLY	N	N	2 - 228	2 - 218
1	44	ILE	ILE	GLY	GLY	H	H	2 - 228	2 - 218
2	44	ILE	ILE	GLY	GLY	P	P	2 - 228	2 - 218
1	45	VAL	VAL	PRO	PRO	I	I	2 - 228	2 - 220
2	45	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	2 - 228	2 - 220
1	46	VAL	VAL	LYS	LYS	I	I	2 - 229	2 - 221
2	46	VAL	VAL	LYS	LYS	M	M	2 - 229	2 - 221
1	47	VAL	VAL	PRO	PRO	I	I	2 - 228	2 - 220
2	47	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	2 - 228	2 - 220
1	48	ASP	ASP	GLU	GLU	J	J	1 - 229	1 - 219
2	48	ASP	ASP	GLU	GLU	L	L	1 - 229	1 - 219
1	49	ASP	ASP	GLU	GLU	J	J	1 - 229	1 - 219
2	49	ASP	ASP	GLU	GLU	N	N	1 - 229	1 - 219
1	50	ASP	ASP	GLU	GLU	J	J	1 - 229	1 - 219
2	50	ASP	ASP	GLU	GLU	P	P	1 - 229	1 - 219
1	51	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	2 - 228	2 - 220
2	51	VAL	VAL	PRO	PRO	M	M	2 - 228	2 - 220
1	52	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	2 - 228	2 - 220
2	52	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	2 - 228	2 - 220
1	53	ASP	ASP	GLU	GLU	L	L	1 - 229	1 - 219
2	53	ASP	ASP	GLU	GLU	N	N	1 - 229	1 - 219
1	54	ASP	ASP	GLU	GLU	L	L	1 - 229	1 - 219
2	54	ASP	ASP	GLU	GLU	P	P	1 - 229	1 - 219
1	55	VAL	VAL	PRO	PRO	M	M	2 - 228	2 - 220
2	55	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	2 - 228	2 - 220
1	56	ASP	ASP	GLU	GLU	N	N	1 - 229	1 - 219
2	56	ASP	ASP	GLU	GLU	P	P	1 - 229	1 - 219

NCSアンサンブル:

#1: 抗体	AT1412dm Fab (Heavy Chain) 分子量: 24311.205 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	AT1412dm Fab (Light Chain) 分子量: 24233.760 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 400, potassium chloride, TRIS

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→163.66 Å / Num. obs: 192872 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.845 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 1251551 / Scaling rejects: 1277

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.5-2.54	4.6	3.138	41700	9123	0.23	1.594	3.538	0.5	96.1
13.69-163.66	6	0.057	7907	1315	0.587	0.037	0.069	23.2	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データ削減
Aimless	0.6.3	データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I1D

5i1d

解像度: 2.5→163.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 18.633 / SU ML: 0.339 / SU R Cruickshank DPI: 0.3634 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.259
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	9439	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2423	-	-	-
obs	0.2436	182773	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.84 Å² / B_iso mean: 73.815 Å² / B_iso min: 37.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→163.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26540	0	4	0	26544
B_iso mean	-	-	78.93	-	-
残基数	-	-	-	-	3466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	27212
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	24152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.641	37054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.178	1.57	56345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.849	5	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.079	22.924	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.783	15	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.512	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	30538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5674

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6284	0.05
1	2	C	6284	0.05
2	1	A	6281	0.06
2	2	E	6281	0.06
3	1	A	6251	0.06
3	2	G	6251	0.06
4	1	A	6274	0.06
4	2	I	6274	0.06
5	1	A	6216	0.05
5	2	K	6216	0.05
6	1	A	6278	0.06
6	2	M	6278	0.06
7	1	A	6019	0.06
7	2	O	6019	0.06
8	1	B	6525	0.05
8	2	D	6525	0.05
9	1	B	6676	0.04
9	2	F	6676	0.04
10	1	B	6602	0.04
10	2	H	6602	0.04
11	1	B	6621	0.05
11	2	J	6621	0.05
12	1	B	6667	0.04
12	2	L	6667	0.04
13	1	B	6617	0.05
13	2	N	6617	0.05
14	1	B	6612	0.05
14	2	P	6612	0.05
15	1	C	6252	0.05
15	2	E	6252	0.05
16	1	C	6240	0.05
16	2	G	6240	0.05
17	1	C	6260	0.06
17	2	I	6260	0.06
18	1	C	6191	0.05
18	2	K	6191	0.05
19	1	C	6263	0.05
19	2	M	6263	0.05
20	1	C	6029	0.06
20	2	O	6029	0.06
21	1	D	6568	0.05
21	2	F	6568	0.05
22	1	D	6603	0.04
22	2	H	6603	0.04
23	1	D	6599	0.04
23	2	J	6599	0.04
24	1	D	6552	0.06
24	2	L	6552	0.06
25	1	D	6590	0.05
25	2	N	6590	0.05
26	1	D	6548	0.06
26	2	P	6548	0.06
27	1	E	6221	0.06
27	2	G	6221	0.06
28	1	E	6366	0.07
28	2	I	6366	0.07
29	1	E	6192	0.06
29	2	K	6192	0.06
30	1	E	6249	0.06
30	2	M	6249	0.06
31	1	E	6040	0.06
31	2	O	6040	0.06
32	1	F	6513	0.05
32	2	H	6513	0.05
33	1	F	6692	0.04
33	2	J	6692	0.04
34	1	F	6743	0.04
34	2	L	6743	0.04
35	1	F	6669	0.04
35	2	N	6669	0.04
36	1	F	6587	0.06
36	2	P	6587	0.06
37	1	G	6230	0.05
37	2	I	6230	0.05
38	1	G	6236	0.05
38	2	K	6236	0.05
39	1	G	6210	0.06
39	2	M	6210	0.06
40	1	G	6038	0.06
40	2	O	6038	0.06
41	1	H	6529	0.05
41	2	J	6529	0.05
42	1	H	6522	0.06
42	2	L	6522	0.06
43	1	H	6536	0.05
43	2	N	6536	0.05
44	1	H	6535	0.05
44	2	P	6535	0.05
45	1	I	6175	0.07
45	2	K	6175	0.07
46	1	I	6297	0.05
46	2	M	6297	0.05
47	1	I	6001	0.07
47	2	O	6001	0.07
48	1	J	6696	0.04
48	2	L	6696	0.04
49	1	J	6698	0.03
49	2	N	6698	0.03
50	1	J	6621	0.05
50	2	P	6621	0.05
51	1	K	6154	0.07
51	2	M	6154	0.07
52	1	K	6029	0.06
52	2	O	6029	0.06
53	1	L	6664	0.04
53	2	N	6664	0.04
54	1	L	6599	0.06
54	2	P	6599	0.06
55	1	M	6011	0.07
55	2	O	6011	0.07
56	1	N	6638	0.05
56	2	P	6638	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.441	639	-
R_work	0.453	12919	-
all	-	13558	-
obs	-	-	95.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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