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- PDB-6r0x: The extracellular domain of G6b-B in complex with Fab fragment an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r0x
タイトルThe extracellular domain of G6b-B in complex with Fab fragment and DP12 heparin oligosaccharide.
要素
  • Megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b
  • antibody fab fragment heavy chain
  • antibody fab fragment light chain
キーワードBLOOD CLOTTING / platelets / signaling / ITIM-receptor / G6b-B / heparin
機能・相同性
機能・相同性情報


megakaryocyte differentiation / platelet formation / megakaryocyte development / negative regulation of signal transduction / GPVI-mediated activation cascade / erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / platelet activation / blood coagulation / heparin binding ...megakaryocyte differentiation / platelet formation / megakaryocyte development / negative regulation of signal transduction / GPVI-mediated activation cascade / erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / platelet activation / blood coagulation / heparin binding / membrane => GO:0016020 / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
G6B family / G6b-B extracellular V-set Ig-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Ogg, D.J. / McMiken, H.J. / Howard, T.D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
British Heart FoundationRG/15/13/31673 英国
British Heart FoundationFS/13/1/29894 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Heparan sulfates are critical regulators of the inhibitory megakaryocyte-platelet receptor G6b-B.
著者: Vogtle, T. / Sharma, S. / Mori, J. / Nagy, Z. / Semeniak, D. / Scandola, C. / Geer, M.J. / Smith, C.W. / Lane, J. / Pollack, S. / Lassila, R. / Jouppila, A. / Barr, A.J. / Ogg, D.J. / Howard, ...著者: Vogtle, T. / Sharma, S. / Mori, J. / Nagy, Z. / Semeniak, D. / Scandola, C. / Geer, M.J. / Smith, C.W. / Lane, J. / Pollack, S. / Lassila, R. / Jouppila, A. / Barr, A.J. / Ogg, D.J. / Howard, T.D. / McMiken, H.J. / Warwicker, J. / Geh, C. / Rowlinson, R. / Abbott, W.M. / Eckly, A. / Schulze, H. / Wright, G.J. / Mazharian, A. / Futterer, K. / Rajesh, S. / Douglas, M.R. / Senis, Y.A.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody fab fragment heavy chain
B: antibody fab fragment light chain
C: antibody fab fragment heavy chain
D: antibody fab fragment light chain
E: Megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b
F: Megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7159
ポリマ－128,0376
非ポリマー3,6773
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15400 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area48430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.800, 72.340, 131.042
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 antibody fab fragment heavy chain


分子量: 25761.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): embryonic / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney
#2: 抗体 antibody fab fragment light chain


分子量: 25848.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Embryonic / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Kidney
#3: タンパク質 Megakaryocyte and platelet inhibitory receptor G6b / Protein G6b


分子量: 12408.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallography construct for G6b-B ECD contains the following point mutations to remove glycosylation sites; Asn32->Asp Ser67->Ala Ser68->Ala Ser69->Ala Thr71->Ala
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPIG6B, C6orf25, G6B, G6B-B / Cell (発現宿主): embryonic / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney / 参照: UniProt: O95866
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3[DNeup5Aca2-6]DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2327.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,8,7/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-AltpA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-AltpA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 50 mM MES pH6.2, 10% PEG 550MME, 5% v/v glycerol and 50 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→65.27 Å / Num. obs: 24543 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 68.67 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.13-3.33.11.21436090.4260.8171.46998.4
9.91-65.272.80.0377830.9950.0260.04691.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K2U

4k2u


解像度: 3.13→63.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.46
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1153 4.7 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 24541 97.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 299.99 Å2 / Biso mean: 115.99 Å2 / Biso min: 48.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1025 Å20 Å2-19.1145 Å2
2---12.4772 Å20 Å2
3---16.5797 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.13→63.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7666 0 230 0 7896
Biso mean--158.95 --
残基数----1047
LS精密化 シェル解像度: 3.13→3.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 28 5.7 %
Rwork0.2287 463 -
all0.2304 491 -
obs--97.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21390.7643-2.20433.47883.31533.96890.0548-0.11410.2238-0.056-0.32980.7029-0.1092-0.29750.2750.27330.123-0.02780.3769-0.21680.084935.4615-7.577554.627
22.11660.2436-0.00214.32315.973610.4950.2653-0.17820.5604-0.3774-0.0290.1413-0.5441-0.107-0.23630.2031-0.18260.11790.0852-0.1017-0.000544.28317.585150.3197
35.5415-3.2538-4.11815.36253.81355.6798-0.0334-0.2960.0701-0.2250.3353-0.53740.04580.6345-0.30190.01580.00050.00350.2475-0.0602-0.177186.5821-67.688-20.0021
40.606-0.7316-0.67312.62320.99592.8298-0.518-0.4584-0.54750.13730.0801-0.20920.40530.73830.43790.42930.31330.07380.39330.33610.264580.3321-82.6206-12.5526
511.0781-1.5741-1.6914.80455.446214.58990.18560.27480.24330.180.0587-0.4773-0.14540.3772-0.24430.21170.0934-0.00410.078-0.1261-0.014747.7172-26.664915.7516
66.6585-2.3989-1.87579.98246.613713.398-0.4028-0.10260.15080.19420.2443-0.1701-0.0468-0.07780.15850.09220.1199-0.14780.1319-0.0873-0.039557.2437-46.00055.5315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|20 - A|238 }A20 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|21 - B|234 }B21 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|21 - C|240 }C21 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|21 - D|234 }D21 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|20 - E|1003 }E20 - 1003
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|19 - F|1003 }F19 - 1003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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