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- PDB-6qzh: Structure of the human CC Chemokine Receptor 7 in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qzh
タイトルStructure of the human CC Chemokine Receptor 7 in complex with the intracellular allosteric antagonist Cmp2105 and the insertion protein Sialidase NanA
要素C-C chemokine receptor type 7,Sialidase A,C-C chemokine receptor type 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Chemokine Receptor / Small molecule / Allosteric modulator / Insertion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hypersensitivity / chemokine (C-C motif) ligand 19 binding / chemokine (C-C motif) ligand 21 binding / C-C motif chemokine 19 receptor activity / C-C motif chemokine 21 receptor activity / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process involved in immunological synapse formation / regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / positive regulation of immunological synapse formation / positive regulation of T cell costimulation ...positive regulation of hypersensitivity / chemokine (C-C motif) ligand 19 binding / chemokine (C-C motif) ligand 21 binding / C-C motif chemokine 19 receptor activity / C-C motif chemokine 21 receptor activity / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process involved in immunological synapse formation / regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / positive regulation of immunological synapse formation / positive regulation of T cell costimulation / mature conventional dendritic cell differentiation / positive regulation of humoral immune response / : / lymphocyte migration into lymph node / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / response to prostaglandin E / establishment of T cell polarity / regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / chemokine binding / regulation of type II interferon production / positive regulation of pseudopodium assembly / negative thymic T cell selection / negative regulation of interleukin-12 production / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / C-C chemokine binding / ruffle organization / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / activation of GTPase activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of cell motility / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of cell-matrix adhesion / response to nitric oxide / positive regulation of actin filament polymerization / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of cell adhesion / homeostasis of number of cells / positive regulation of protein kinase activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of interleukin-12 production / cell chemotaxis / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / positive regulation of JNK cascade / chemotaxis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to lipopolysaccharide / membrane => GO:0016020 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / mitochondrion / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 7 / BNR/Asp-box repeat / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / Chemokine receptor family / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family ...CC chemokine receptor 7 / BNR/Asp-box repeat / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / Chemokine receptor family / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / Sialidase superfamily / LPXTG cell wall anchor domain / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JLW / TRIETHYLENE GLYCOL / D(-)-TARTARIC ACID / C-C chemokine receptor type 7 / Sialidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jaeger, K. / Bruenle, S. / Weinert, T. / Guba, W. / Muehle, J. / Miyazaki, T. / Weber, M. / Furrer, A. / Haenggi, N. / Tetaz, T. ...Jaeger, K. / Bruenle, S. / Weinert, T. / Guba, W. / Muehle, J. / Miyazaki, T. / Weber, M. / Furrer, A. / Haenggi, N. / Tetaz, T. / Huang, C.Y. / Mattle, D. / Vonach, J.M. / Gast, A. / Kuglstatter, A. / Rudolph, M.G. / Nogly, P. / Benz, J. / Dawson, R.J.P. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
European Commission701647
Swiss National Science Foundation31003A_159558 スイス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Allosteric Ligand Recognition in the Human CC Chemokine Receptor 7.
著者: Jaeger, K. / Bruenle, S. / Weinert, T. / Guba, W. / Muehle, J. / Miyazaki, T. / Weber, M. / Furrer, A. / Haenggi, N. / Tetaz, T. / Huang, C.Y. / Mattle, D. / Vonach, J.M. / Gast, A. / ...著者: Jaeger, K. / Bruenle, S. / Weinert, T. / Guba, W. / Muehle, J. / Miyazaki, T. / Weber, M. / Furrer, A. / Haenggi, N. / Tetaz, T. / Huang, C.Y. / Mattle, D. / Vonach, J.M. / Gast, A. / Kuglstatter, A. / Rudolph, M.G. / Nogly, P. / Benz, J. / Dawson, R.J.P. / Standfuss, J.
履歴
登録2019年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 7,Sialidase A,C-C chemokine receptor type 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2896
ポリマ－88,3411
非ポリマー9495
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area33210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.124, 128.809, 100.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 C-C chemokine receptor type 7,Sialidase A,C-C chemokine receptor type 7 / CCR-7 / BLR2 / CDw197 / Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled receptor 1 / EBV-induced G- ...CCR-7 / BLR2 / CDw197 / Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled receptor 1 / EBV-induced G-protein coupled receptor 1 / MIP-3 beta receptor / Neuraminidase A / CCR-7 / BLR2 / CDw197 / Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled receptor 1 / EBV-induced G-protein coupled receptor 1 / MIP-3 beta receptor


分子量: 88340.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: CCR7, CMKBR7, EBI1, EVI1, nanA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32248, UniProt: P62575, exo-alpha-sialidase

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非ポリマー , 5種, 154分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-JLW / 3-[[4-[[(1~{R})-2,2-dimethyl-1-(5-methylfuran-2-yl)propyl]amino]-1,1-bis(oxidanylidene)-1,2,5-thiadiazol-3-yl]amino]-~{N},~{N},6-trimethyl-2-oxidanyl-benzamide


分子量: 475.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N5O5S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 200 mM MES pH 6.0, 100 mM ammonium tartrate dibasic, 23-27 % (v/v) PEG 500 MME, 1 mM - 5 mM GSH/GSSG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0, 2.066
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.0661
反射解像度: 2.1→79.3 Å / Num. obs: 31344 / % possible obs: 53.3 % / 冗長度: 27.4 % / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.4 Å / 冗長度: 33.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1568 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.92 / % possible all: 8.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RWS

4rws


解像度: 2.1→54.2 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 --
Rwork0.1877 --
obs-31344 52.76 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5871 0 60 149 6080

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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