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- PDB-4rws: Crystal structure of CXCR4 and viral chemokine antagonist vMIP-II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rws
タイトルCrystal structure of CXCR4 and viral chemokine antagonist vMIP-II complex (PSI Community Target)
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 4/Endolysin chimeric protein
  • Viral macrophage inflammatory protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE / Human chemokine-chemokine receptor complex / GPCR signaling / PSI-Biology / GPCR network / membrane protein / GPCR / CXCR4 / viral antagonist chemokine vMIP-II / membrane / lipidic cubic phase / T4L / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / CXCR chemokine receptor binding / C-X-C chemokine receptor activity / regulation of programmed cell death / positive regulation of vasculature development / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / C-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine binding / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / epithelial cell development / cellular response to cytokine stimulus / small molecule binding / cell leading edge / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / Binding and entry of HIV virion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of cell adhesion / viral release from host cell by cytolysis / coreceptor activity / cardiac muscle contraction / neurogenesis / peptidoglycan catabolic process / ubiquitin binding / response to activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / G protein-coupled receptor activity / brain development / response to virus / neuron migration / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / late endosome / cellular response to xenobiotic stimulus / actin binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / early endosome / response to hypoxia / lysosome / defense response to bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / C-X-C chemokine receptor type 4 / Viral macrophage inflammatory protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Human herpesvirus 8 strain GK18 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Qin, L. / Kufareva, I. / Holden, L. / Wang, C. / Zheng, Y. / Wu, H. / Fenalti, G. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Abagyan, R. ...Qin, L. / Kufareva, I. / Holden, L. / Wang, C. / Zheng, Y. / Wu, H. / Fenalti, G. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Abagyan, R. / Stevens, R.C. / Handel, T.M. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural biology. Crystal structure of the chemokine receptor CXCR4 in complex with a viral chemokine.
著者: Qin, L. / Kufareva, I. / Holden, L.G. / Wang, C. / Zheng, Y. / Zhao, C. / Fenalti, G. / Wu, H. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Abagyan, R. / Stevens, R.C. / Handel, T.M.
履歴
登録2014年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C chemokine receptor type 4/Endolysin chimeric protein
C: Viral macrophage inflammatory protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7462
ポリマ－65,7462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.320, 121.827, 189.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 C-X-C chemokine receptor type 4/Endolysin chimeric protein / CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte- ...CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte-derived seven transmembrane domain receptor / LESTR / LCR1 / FB22 / NPYRL / HM89 / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 56602.484 Da / 分子数: 1
断片: CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
変異: L125W, T240P, D187C, C1054T, C1097T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P61073, UniProt: P00720, lysozyme
#2: タンパク質 Viral macrophage inflammatory protein 2 / Viral macrophage inflammatory protein II / vMIP-II / vMIP-1B


分子量: 9143.729 Da / 分子数: 1 / 変異: W5C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 strain GK18 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF K4 / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q98157
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.5, 28% PEG 400, 120 mM ammonium phosphate dibasic, 2-6% polypropylene P400, Lipidic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B11.0332
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.0332
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2014年3月9日mirrors
PSI PILATUS 6M2PIXEL2014年2月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2ACCEL Fixed Exit Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 16747 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 82.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 80.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3Oe0, PDB entry 2FHT

3oe0

2fht


解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8369 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7998 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2739 767 5.06 %RANDOM
Rwork0.2493 ---
obs0.2505 15153 85.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.8215 Å20 Å20 Å2
2---1.4795 Å20 Å2
3----11.342 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.819 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3953 0 0 0 3953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094057HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.945535HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1806SINUSOIDAL6
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes73HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes594HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4057HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion548SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4597SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 79 4.94 %
Rwork0.2504 1520 -
all0.25 1599 -
obs--85.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3098-0.0287-1.56032.85541.37446.97620.0272-0.1203-0.0917-0.0130.071-0.30340.02350.5794-0.09810.2549-0.0538-0.0028-0.2657-0.0361-0.426999.78942.494947.9252
25.9286-1.36410.9965.49910.54083.55940.10150.2827-0.015-0.76530.0573-0.2909-0.89460.4631-0.15870.6079-0.0860.1059-0.3399-0.055-0.607986.770525.2582.4686
30.96620.1236-0.37829.11265.11558.86860.02630.0019-0.01160.1181-0.05860.2515-0.0536-0.2730.03230.589-0.15260.1134-0.25390.0386-0.4969100.468.097510.0361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|23 - A|303 }A23 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1002 - A|1164 }A1002 - 1164
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|70 }C1 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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