PDB-6qx5: Crystal structure of T7 bacteriophage portal protein, 12mer, clos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qx5

タイトル

Crystal structure of T7 bacteriophage portal protein, 12mer, closed valve

要素

Portal protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / DNA packaging

機能・相同性

Portal protein, Caudovirales / Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging / Portal protein

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T7 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Fabrega-Ferrer, M. / Cuervo, A. / Machon, C. / Fernandez, F.J. / Perez-Luque, R. / Pous, J. / Vega, M.C. / Carrascosa, J.L. / Coll, M.

資金援助

スペイン, 7件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU 2014-54181	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2014-53550-P	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2017-83720-P	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	MDM-2014-0435	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	SEV-2013-0347	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RYC-2011-09071	スペイン
European Commission	653706

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of T7 bacteriophage portal and tail suggest a viral DNA retention and ejection mechanism.
著者: Ana Cuervo / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Cristina Machón / José Javier Conesa / Francisco J Fernández / Rosa Pérez-Luque / Mar Pérez-Ruiz / Joan Pous / M Cristina Vega / José L Carrascosa / Miquel Coll /

要旨: Double-stranded DNA bacteriophages package their genome at high pressure inside a procapsid through the portal, an oligomeric ring protein located at a unique capsid vertex. Once the DNA has been ...

履歴

登録	2019年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qx5.cif.gz	2.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qx5.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qx5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qx5_validation.pdf.gz	556.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qx5_full_validation.pdf.gz	768.9 KB	表示
XML形式データ	6qx5_validation.xml.gz	212.7 KB	表示
CIF形式データ	6qx5_validation.cif.gz	278.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qx5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4667C 4669C 4706C 6qwpSC 6qxmC 6r21C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	30138 7bp0-d 4d2x-d 6tjp-d 5og1-d 5vy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

D: Portal protein

E: Portal protein

F: Portal protein

G: Portal protein

H: Portal protein

I: Portal protein

J: Portal protein

K: Portal protein

L: Portal protein

657 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, microscopy

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.850, 191.330, 260.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 149
2	1	1	1	B	1 - 149
3	1	1	1	C	1 - 149
4	1	1	1	D	1 - 149
5	1	1	1	E	1 - 149
6	1	1	1	F	1 - 149
7	1	1	1	G	1 - 149
8	1	1	1	H	1 - 149
9	1	1	1	I	1 - 149
10	1	1	1	J	1 - 149
11	1	1	1	K	1 - 149
12	1	1	1	L	1 - 149
1	2	1	1	A	156 - 197
2	2	1	1	B	156 - 197
3	2	1	1	C	156 - 197
4	2	1	1	D	156 - 197
5	2	1	1	E	156 - 197
6	2	1	1	F	156 - 197
7	2	1	1	G	156 - 197
8	2	1	1	H	156 - 197
9	2	1	1	I	156 - 197
10	2	1	1	J	156 - 197
11	2	1	1	K	156 - 197
12	2	1	1	L	156 - 197
1	3	1	1	A	206 - 308
2	3	1	1	B	206 - 308
3	3	1	1	C	206 - 308
4	3	1	1	D	206 - 308
5	3	1	1	E	206 - 308
6	3	1	1	F	206 - 308
7	3	1	1	G	206 - 308
8	3	1	1	H	206 - 308
9	3	1	1	I	206 - 308
10	3	1	1	J	206 - 308
11	3	1	1	K	206 - 308
12	3	1	1	L	206 - 308
1	4	1	1	A	310 - 600
2	4	1	1	B	310 - 600
3	4	1	1	C	310 - 600
4	4	1	1	D	310 - 600
5	4	1	1	E	310 - 600
6	4	1	1	F	310 - 600
7	4	1	1	G	310 - 600
8	4	1	1	H	310 - 600
9	4	1	1	I	310 - 600
10	4	1	1	J	310 - 600
11	4	1	1	K	310 - 600
12	4	1	1	L	310 - 600
1	1	2	1	A	150 - 155
2	1	2	1	C	150 - 155
3	1	2	1	D	150 - 155
4	1	2	1	E	150 - 155
5	1	2	1	F	150 - 155
6	1	2	1	G	150 - 155
7	1	2	1	H	150 - 155
8	1	2	1	I	150 - 155
9	1	2	1	J	150 - 155
10	1	2	1	K	150 - 155
11	1	2	1	L	150 - 155

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.866658, -0.314873, -0.386987), (0.316918, 0.946527, -0.060405), (0.385313, -0.070292, 0.920105)	13.74574, 16.27501, 20.04833
3	given	(0.503067, -0.545413, -0.670409), (0.55518, 0.798436, -0.232969), (0.662343, -0.254999, 0.70447)	12.68721, 34.74511, 42.40779
4	given	(0.005022, -0.621196, -0.783639), (0.650144, 0.597448, -0.469434), (0.759794, -0.507121, 0.406868)	-2.46104, 50.51884, 61.28991
5	given	(-0.493664, -0.530624, -0.68901), (0.576277, 0.393763, -0.716139), (0.651307, -0.750593, 0.1114)	-28.15008, 59.55662, 71.46659
6	given	(-0.862518, -0.290461, -0.414361), (0.352474, 0.242674, -0.903809), (0.363076, -0.925603, -0.106931)	-57.19338, 59.38174, 69.97346
7	given	(-0.998896, 0.030493, -0.035742), (0.040795, 0.185596, -0.981779), (-0.023304, -0.982153, -0.186635)	-81.3335, 50.21046, 57.67261
8	given	(-0.869102, 0.349556, 0.349961), (-0.280219, 0.235077, -0.930707), (-0.407602, -0.906945, -0.106354)	-94.74227, 34.23911, 37.61187
9	given	(-0.51012, 0.57484, 0.639795), (-0.518418, 0.38806, -0.762006), (-0.68631, -0.720395, 0.10005)	-93.88575, 16.10963, 16.24717
10	given	(-0.011922, 0.654879, 0.755639), (-0.615757, 0.590604, -0.521566), (-0.787846, -0.471509, 0.396205)	-79.07475, 0.29867, -2.41777
11	given	(0.490327, 0.563553, 0.664821), (-0.540866, 0.794911, -0.27492), (-0.683405, -0.224779, 0.694573)	-53.89626, -8.69461, -12.70981
12	given	(0.866311, 0.319159, 0.384242), (-0.314212, 0.946184, -0.077497), (-0.388298, -0.053597, 0.919974)	-24.74512, -9.17865, -12.01938
13	given	(1), (1), (1)
14	given	(0.513734, -0.536098, -0.669834), (0.556463, 0.802451, -0.215454), (0.653013, -0.262052, 0.710565)	13.68029, 34.91588, 41.47792
15	given	(0.002171, -0.620679, -0.784062), (0.654292, 0.593823, -0.46827), (0.756239, -0.511988, 0.407395)	-2.74228, 50.83501, 60.78305
16	given	(-0.498561, -0.528886, -0.686816), (0.58102, 0.384109, -0.717549), (0.643314, -0.756796, 0.115792)	-28.76484, 60.1029, 70.47677
17	given	(-0.858473, -0.291278, -0.422114), (0.356745, 0.252156, -0.899528), (0.368452, -0.922808, -0.112557)	-56.32381, 59.33386, 70.64983
18	given	(-0.998746, 0.034656, -0.036132), (0.041995, 0.186971, -0.981467), (-0.027258, -0.981754, -0.188192)	-81.46301, 50.27188, 57.46802
19	given	(-0.868671, 0.342706, 0.357721), (-0.284107, 0.246908, -0.926455), (-0.405826, -0.906416, -0.117117)	-95.20092, 33.18712, 38.66594
20	given	(-0.500862, 0.577382, 0.6448), (-0.516525, 0.398384, -0.757953), (-0.694506, -0.712685, 0.098696)	-94.32053, 15.41677, 15.97742
21	given	(-0.005539, 0.657855, 0.753124), (-0.617459, 0.590163, -0.52005), (-0.786584, -0.467903, 0.40293)	-79.05041, 0.25389, -3.0531
22	given	(0.483504, 0.567749, 0.666247), (-0.539927, 0.792523, -0.283524), (-0.688987, -0.22264, 0.689731)	-53.86355, -8.25709, -12.47769
23	given	(0.862169, 0.332095, 0.382594), (-0.326282, 0.941698, -0.082133), (-0.387564, -0.054021, 0.920259)	-24.48246, -8.90699, -12.09084

#1: タンパク質	Portal protein / Gene product 8 / Gp8 / Head-to-tail connector 分子量: 54738.953 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03728

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 and 30 % (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→49.23 Å / Num. obs: 82010 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 3.6→3.73 Å / Num. unique obs: 5972

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QWP

6qwp

解像度: 3.6→49.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 212.101 / SU ML: 1.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.942 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33441	4317	5 %	RANDOM
R_work	0.28393	-	-	-
obs	0.28643	82010	89.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 181.058 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.04 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45048	0	0	0	45048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	45732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	43332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.646	61872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.152	1.572	100608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.379	5	5724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.058	22.67	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.933	15	8316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.058	15	348
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	6012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	51120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	9060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.119	12.711	22968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.117	12.711	22967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.554	19.059	28668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.554	19.059	28669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.869	13.236	22764
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.87	13.236	22762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.964	19.657	33204
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7159	19.07
1	1	B	7159	18.06
1	1	C	7159	18.67
1	1	D	7159	17.82
1	1	E	7159	20.31
1	1	F	7159	18.03
1	1	G	7159	20.31
1	1	H	7159	19.25
1	1	I	7159	18.86
1	1	J	7159	19.74
1	1	K	7159	18.99
1	1	L	7159	18.01
2	2	A	78	23.87
2	2	C	78	11.99
2	2	D	78	18.47
2	2	E	78	23.33
2	2	F	78	18.53
2	2	G	78	12.88
2	2	H	78	13.74
2	2	I	78	17.71
2	2	J	78	20.95
2	2	K	78	17.97
2	2	L	78	21.44

LS精密化シェル

解像度: 3.603→3.697 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.556	220	-
R_work	0.492	4170	-
obs	-	-	62.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9625	1.5512	-0.7614	2.5842	-1.2209	2.1426	0.2747	0.0897	0.0824	-0.5048	-0.2218	-0.0976	0.3148	0.7857	-0.0529	0.4141	0.2129	0.0555	0.3696	-0.0187	0.7667	-9.3999	-34.0818	32.6472
2	2.0763	1.5022	0.3883	7.4818	-1.5678	1.0834	-0.1876	0.1488	0.1806	-0.3213	-0.2461	-0.1213	-0.1976	0.3194	0.4337	0.5138	0.0358	0.0032	0.5232	0.0873	0.575	-9.6341	12.7468	29.2636
3	2.7522	1.1914	-1.9496	1.6129	-1.115	3.5703	0.0626	0.4146	-0.1654	-0.7398	-0.0153	0.1096	0.3839	0.2202	-0.0473	0.5645	0.1967	-0.1643	0.2025	-0.0428	0.5967	-31.1613	-41.2653	23.5904
4	0.3449	0.1228	1.0883	7.1594	0.7852	3.8255	-0.1972	0.1212	0.0607	0.1225	0.1567	0.1748	-0.3133	0.3279	0.0405	0.5043	0.0246	0.1416	0.3737	0.1135	0.6609	-17.8483	3.3709	17.7238
5	2.0648	0.5585	-1.1424	1.5236	-0.8849	2.9215	0.1375	0.4501	-0.0138	-0.8027	0.0434	0.4115	0.5425	0.0304	-0.1809	0.5777	0.1057	-0.386	0.1333	-0.0007	0.9207	-55.7914	-40.4228	23.966
6	6.142	0.4338	-0.2806	2.1803	2.6312	4.6326	-0.6045	1.266	0.603	-0.8982	-0.0213	-0.1726	-0.6856	-0.0847	0.6258	0.9447	0.0353	-0.0442	0.2927	0.1435	0.9813	-32.1859	-2.0372	10.8163
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8	7.3888	-0.3528	2.0957	0.1603	0.3544	2.0767	0.4619	1.6555	0.3322	-0.115	-0.0853	-0.2114	-0.2999	0.5041	-0.3766	0.8231	0.0186	-0.1952	0.3895	0.1783	0.9562	-48.9467	-1.8601	10.3419
9	1.2583	-0.0082	0.7736	1.1077	-0.7339	3.9522	0.1475	-0.0029	0.2262	-0.2028	0.0259	0.7149	-0.0772	-0.5615	-0.1735	0.0862	0.0458	-0.0732	0.1048	-0.0858	1.4339	-88.517	-17.6903	49.8187
10	3.748	1.0679	-2.9589	3.3241	-1.7779	5.7504	0.1948	0.1402	0.0335	-0.5666	0.1271	-0.1832	-0.2001	-0.2886	-0.3218	0.4567	0.0362	-0.1181	0.3371	0.1	0.7228	-63.6283	3.4422	16.0793
11	1.497	-0.6258	1.1612	1.3276	-0.9065	3.0379	0.1426	-0.083	0.0822	0.0106	-0.016	0.8484	-0.1623	-0.4947	-0.1266	0.0874	0.0342	0.245	0.1129	-0.137	1.7667	-87.7357	-2.026	68.6691
12	6.0597	1.8962	-0.0254	1.1042	-1.5386	4.8681	-0.5782	0.2609	0.5262	0.0664	0.1935	0.0674	-1.1952	-0.5354	0.3847	0.8955	0.4216	-0.117	0.2848	0.1943	1.3103	-72.2447	12.5787	26.8221
13	1.8481	-1.2692	0.7428	1.8775	-1.0983	2.698	0.1453	0.068	0.2147	0.3887	-0.1945	0.5437	-0.6769	-0.3316	0.0492	0.3617	0.0273	0.3871	0.1211	-0.2069	1.5325	-74.7226	11.1258	84.8683
14	2.4502	-1.5891	3.3185	2.4554	-0.847	7.685	0.2021	0.0967	0.2698	-0.8666	-0.4653	-0.0954	-1.0385	0.1411	0.2631	0.7992	0.0838	-0.1616	0.2026	0.0444	1.1876	-72.4672	23.1631	39.5378
15	1.2997	-1.0713	0.7733	2.0354	-0.697	2.0704	0.0614	-0.2783	0.1882	0.3572	-0.1168	0.4801	-0.6033	-0.2201	0.0553	0.6304	-0.1591	0.3566	0.1723	-0.2414	1.2814	-53.0213	18.281	94.0024
16	2.2532	-0.039	-0.3297	2.4485	1.3329	0.8069	-0.1108	0.5095	0.4051	-1.0276	-0.1157	0.1461	-0.5747	-0.1518	0.2265	0.8098	0.1949	-0.0355	0.2035	0.0925	1.2507	-64.5131	32.3099	50.7222
17	1.312	-1.2503	0.0814	2.6386	-0.3194	1.5093	0.0884	-0.2459	0.4659	0.6161	-0.1764	0.0863	-0.576	0.2883	0.088	0.5896	-0.3151	0.0703	0.2055	-0.1788	1.0854	-28.3364	17.2799	93.9703
18	0.0966	-0.0687	0.1361	7.1422	-0.2802	0.3347	0.004	0.1801	0.3642	-1.1388	-0.4558	-0.4673	-0.2674	0.4623	0.4518	1.0298	-0.116	0.0143	0.8797	0.4376	1.5013	-50.1379	37.7591	57.7826
19	0.7339	0.0822	-0.0845	4.5178	-0.412	0.7436	0.1839	-0.2413	0.5196	0.3717	-0.2395	-0.2889	-0.2934	0.5316	0.0556	0.283	-0.3071	-0.0854	0.4618	-0.0482	0.824	-7.2815	8.7931	84.4954
20	3.6641	-3.5035	3.9757	7.2093	-1.4958	5.7108	-0.0813	0.3122	0.5518	-0.2843	-0.2708	-1.081	-0.4257	0.3942	0.352	0.6567	-0.3109	0.0208	0.1738	0.0556	1.2612	-33.4219	37.8936	58.5287
21	0.9358	0.5062	-0.0613	3.2929	-0.4251	0.9612	0.0079	0.0206	0.364	-0.0725	-0.0743	-0.5023	-0.141	0.7168	0.0664	0.0363	-0.1182	-0.0519	0.5555	0.0519	0.8689	4.5608	-5.3081	68.0867
22	2.9455	-3.7313	1.7296	7.2978	-2.4404	2.834	0.1611	0.238	0.3313	-0.7528	-0.3619	-0.6101	-0.3965	-0.1445	0.2007	0.6782	-0.229	0.0767	0.3724	-0.0159	0.931	-18.5549	32.539	52.6717
23	1.2006	1.1534	-0.6381	3.8563	-0.9848	1.4135	0.2841	-0.0467	0.2055	-0.1059	-0.3132	-0.3596	-0.0393	0.8033	0.0291	0.1299	0.0672	0.051	0.5662	0.1008	0.7072	3.7901	-21.0619	48.9379
24	0.9047	0.2602	0.9682	6.8082	-0.6632	1.9314	0.0539	0.125	0.2513	0.0181	-0.2897	-0.0121	-0.3506	-0.1713	0.2358	0.4746	-0.0749	0.0937	0.4839	0.0445	0.699	-9.8188	23.3436	42.0647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 428
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	429 - 600
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	429 - 600
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 428
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	429 - 600
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 428
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	429 - 600
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1 - 428
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	429 - 600
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	1 - 428
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	429 - 600
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	1 - 428
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	429 - 600
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	1 - 428
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	429 - 600
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	1 - 428
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	429 - 600
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	1 - 428
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	429 - 600
21	X-RAY DIFFRACTION	21	K	1 - 428
22	X-RAY DIFFRACTION	22	K	429 - 600
23	X-RAY DIFFRACTION	23	L	1 - 428
24	X-RAY DIFFRACTION	24	L	429 - 600

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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