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- PDB-6qox: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qox
タイトルCrystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 27 (Methyl 2-(hydroxymethyl)-6H-thieno[2,3-b]pyrrole-5-carboxylate)
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA modification / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JA5 / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateCystic Fibrosis Trust Registered Charity No. (England and Wales) 1079049, Registered Charity No. (Scotland) SC040196 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Floto, R.A. / Mendes, V.
履歴
登録2019年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0813
ポリマ－52,8692
非ポリマー2111
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.963, 78.460, 88.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-JA5 / methyl 2-(hydroxymethyl)-6~{H}-thieno[2,3-b]pyrrole-5-carboxylate


分子量: 211.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→88.48 Å / Num. obs: 54370 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 29.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.74-1.8380.79978350.8130.2990.854100
5.5-88.487.30.02419010.9990.0090.02699.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→58.705 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2787 5.13 %
Rwork0.1841 --
obs0.1857 54299 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.55 Å2 / Biso mean: 36.9592 Å2 / Biso min: 18.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→58.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 0 14 287 3526
Biso mean--43.99 45.25 -
残基数----425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.024611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7351225
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7389-1.76890.3081140.276925582672
1.7689-1.80110.30421380.255625502688
1.8011-1.83570.29151510.241325312682
1.8357-1.87320.2571350.214825592694
1.8732-1.91390.27691330.205625442677
1.9139-1.95840.23141270.198325342661
1.9584-2.00740.24361360.186225612697
2.0074-2.06170.21931340.192925512685
2.0617-2.12240.20341400.189325662706
2.1224-2.19090.21131500.191225412691
2.1909-2.26920.23011500.183425552705
2.2692-2.360.22131600.182925272687
2.36-2.46740.22711470.187825732720
2.4674-2.59750.22781330.190925612694
2.5975-2.76030.23241290.202825902719
2.7603-2.97340.23111320.206125892721
2.9734-3.27260.21831380.196426102748
3.2726-3.74610.1981420.174126182760
3.7461-4.71930.19331440.148626402784
4.7193-58.73830.18761540.177327542908
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20190.2983-0.56313.278-0.71642.3897-0.0027-0.26860.02440.32460.09510.0168-0.12320.122-0.11620.20950.00770.00070.2884-0.0270.241335.739693.998214.8897
23.55050.2508-1.96530.02820.05582.1592-0.104-0.0336-0.16010.01460.07290.02880.1375-0.05570.00720.19260.0128-0.01420.18280.02040.204724.331187.461413.2162
31.00870.7503-0.50121.9583-1.25861.3301-0.01820.09550.09050.02540.15340.2419-0.0242-0.4024-0.12690.23420.0225-0.00980.26990.02290.2354-2.687781.881133.0319
43.4461.8661-0.2855.0864-1.64732.23860.0311-0.2760.03460.3587-0.2941-0.6831-0.38880.37120.27330.3361-0.0003-0.01240.3391-0.02330.269716.389296.307937.1069
51.25770.2839-0.71480.9669-0.58262.2497-0.008-0.07260.13530.20630.06590.0557-0.1904-0.0415-0.04360.25550.03930.00280.21150.00670.24219.097798.247227.1266
64.020.9472-1.06190.488-0.30420.2703-0.21250.80270.3317-0.26440.24870.18580.0209-0.1652-0.01160.2802-0.033-0.04180.43780.07450.288323.12797.6486-4.9808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 83 )A0 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 181 )A84 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 227 )A182 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 62 )B0 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 63 through 182 )B63 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 183 through 231 )B183 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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